“娜迦”和“娜雅”在分離33年后再一次相見。雙方再續(xù)完久后，“娜迦”帶著“娜雅”去參觀了“曼陀羅”大本營的全貌，并且將自己最新的科研成果展示給“娜雅”。隨著地心通道進行開啟，一個巨大的培養(yǎng)罐被投放下去。

“這里面裝的是什么？”“娜雅”問道?！澳儒取被卮稹斑@就是我們的新科技—泰坦型BOW—霸剛！融合了哥斯拉，戴斯特洛伊亞，絕滅孽龍3種泰坦巨獸的基因。有了這一種新的怪獸。人類就可以奪回自己屬于地球的唯一統(tǒng)治地位！”

隨著培養(yǎng)罐的打開，之前那一只怪獸又走了出來，只不過……它比之前更大了！通過“霸剛”身上的追蹤器，可以看見霸剛的第一視角。霸剛向著地心深處走去，一只雌性諾祖奇突然向霸剛沖過來，但是被霸剛一把抓住。隨后，霸剛像吃辣條那樣，一下扯下了雌性諾祖奇的頭部，隨后大快朵頤起來……隨著霸剛的進食，它的體型也越來越大。傳回來的資料顯示，霸剛的身高已經(jīng)超過150米了！

但是，隨著另外一種咆哮聲，一只雄性諾祖奇向“霸剛”襲來！見次情況，“娜迦”連忙控制霸剛返回培養(yǎng)罐。但是，雄性諾祖奇已經(jīng)將霸剛圍了起來，發(fā)動了“死亡纏繞”！就當(dāng)所有人以為霸剛會載在這里的時候，霸剛突然全身發(fā)光，使用了從來沒有見過的招式—從全身釋放出閃電！成功將雄性諾祖奇逼退。隨后雙方展開了激烈的戰(zhàn)斗！最后，霸剛掰開了雄性諾祖奇的嘴，使用“毀滅死光”直接“口頭教育”！但是，這一場戰(zhàn)斗，也使得霸剛精疲力盡……

與此同時，“娜雅”也向姐姐展示了“芹澤蓮”創(chuàng)造的“奧卡”原型機。隨著“奧卡”原型機發(fā)出聲音，在培養(yǎng)罐中的“霸剛”突然發(fā)狂，沖出培養(yǎng)罐！并向姐妹倆所在的控制室啟動“毀滅死光”！但是被雌性哥斯拉擋住。而在一旁的哥斯拉看見這種情況，直接沖入了實驗室，暴打霸剛……好在“娜雅”即時關(guān)掉了“奧卡”，“娜迦”也命令霸剛進入培養(yǎng)罐。雌性哥斯拉也通過咆哮，使哥斯拉“平靜下來”。

然而，就利用這個空檔，“地球防衛(wèi)軍”的部隊突然沖入“曼陀羅”大本營、并且發(fā)生火力沖突！同時，“芹澤博士”和“芹澤蓮”也趕到了姐妹倆這里。

“芹澤蓮”通過“奧卡”試圖去和哥斯拉交流。在“地球守護者”和“雌性哥斯拉”的選擇中，哥斯拉不知所措。最后，哥斯拉在望向雌性哥斯拉，轉(zhuǎn)身向著海邊跑去，一路上迎著“地球防衛(wèi)軍”的火力，潛入深海，不知去向……

同時，一旁的“芹澤博士”也在和“娜迦”爭論關(guān)于“娜雅”的事情，一方認(rèn)為自己作為30多年的導(dǎo)師，讓“娜雅”在“帝王計劃”會更好。一方認(rèn)為自己做為“娜雅”的血親，讓其留在“曼陀羅”會有家的感覺……面對這種情況，“娜雅”也選擇了逃避……

隨后，“曼陀羅”的常規(guī)部隊被“地球防衛(wèi)軍”打的節(jié)節(jié)敗退，“芹澤博士”也利用自己的閱歷豐富，在知識層面碾壓了“娜迦”。

面對這種情況，“娜迦”命令雌性哥斯拉攻擊“地球防衛(wèi)軍”。同時，也讓“霸剛”吸收所有的能量迅速長出完全體?！暗弁跤媱潯币才懦隽藱C甲—杰格，去對抗雌性哥斯拉。由于雌性哥斯拉的綜合作戰(zhàn)實力遠不及哥斯拉，和“杰格”55開一段時間后，被“地球防衛(wèi)軍”聯(lián)合“杰格”一起打倒。而，“娜迦”在撤離的途中，單練兩只“軍獾”后，向雌性哥斯拉發(fā)布最后的命令—進入第二階段！

突然間，“曼陀羅”大本營的防護罩大開，四根聚能柱將早已準(zhǔn)備好的宇宙輻射抽入雌性哥斯拉體內(nèi)。最后，隨著一只“熾熱的血液”的注射，雌性哥斯拉雙目變紅，頭部，雙肩，尾巴上面都長出了結(jié)晶，體型也飛速增長！雌性哥斯拉變成了“太空哥斯拉”！