DESI-MS脂質(zhì)代謝組學精準探究視網(wǎng)膜母細胞瘤調(diào)節(jié)治療作用
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01
研究背景
視網(wǎng)膜母細胞瘤(RB)是一種兒童眼內(nèi)腫瘤,如果不治療,會導致完全失明,并在晚期嚴重時死亡,近年來科學家通過開發(fā)針對RB細胞的靶向治療來拯救患兒的視力和生命。視網(wǎng)膜主要由甘油磷脂組成,進一步可分類為乙醇胺磷脂(PE)和磷脂酰膽堿(PC)。用質(zhì)譜成像技術(DESI MS)進行脂質(zhì)成像檢測是精確測量組織代謝產(chǎn)物和研究正常和癌變組織之間脂質(zhì)變化的強有力的手段之一。基于DESI MS的脂質(zhì)成像有助于視網(wǎng)膜疾病的研究,本篇文章主要以視網(wǎng)膜母細胞瘤(RB)作為研究對象,通過DESI-MS和免疫組學等技術,更深入地探究了NCL-APT核糖核酸酶適體對RB的調(diào)節(jié)治療作用。
02
前言
Kamalnayan Bajaj視力和眼科研究的Subramanian Krishnakumar教授在Molecular Therapy—Nucleic Acids發(fā)表的題為 “Nucleolin-aptamer therapy in retinoblastoma: molecular changes and mass?spectrometry–based imaging?”(IF:11.454)的研究成果,通過DESI-MS成像技術、流式細胞術、qPCR、免疫組織化學、免疫印跡分析等技術,發(fā)現(xiàn)了核仁適體(NCL-APT)治療RB特征,探究了NCL-APT調(diào)節(jié)RB機理,描繪了NCL-APT的DESI-MS脂質(zhì)成像圖譜,為NCL-APT的RB靶向治療提供了理論依據(jù)。
03
研究思路
04
研究方法
研究材料:
雌性裸鼠(Hsd:無胸腺nude-Foxn1nu/Foxn1nu),動物隨機分為四組(n=6),治療劑量12.5nmol,皮下注射或腹腔注射21天。
研究技術:
(1)體內(nèi)實驗:蛋白質(zhì)陣列分析、整合體分析
(2)蛋白印跡:分析RB組織和正常視網(wǎng)膜
(3)流式細胞術: NCL在RB細胞系和腫瘤細胞的表達
(4)qPCR: SYBR?green-based方法
(5)MTT: 研究NCL-APT對Y79、WERI-Rb1、MIO-M1細胞系影響
(6)DESI MS:研究siNCL和NCL-APT對脂質(zhì)譜變化影響
05
研究結(jié)果
1.?RB中NCL的表達和NCL-APT的攝取
通過qPCR、免疫組織化學、流式細胞術和免疫印跡分析RB腫瘤樣本的NCL,發(fā)現(xiàn)RB細胞系Y79和WERI-Rb1和RB腫瘤細胞質(zhì)中的NCL均顯著上調(diào)。RB腫瘤細胞質(zhì)和細胞表面的NCL水平升高,可有助于攝取RB腫瘤細胞中的NCL-APT。NCL-APT周期變化中,WERI-Rb1的G0-G1期增加,Y79的S期停滯。表明NCL在RB細胞和細胞系中差異表達,NCL-APT產(chǎn)生周期性變化(圖1)。
圖1 核仁素在RB腫瘤樣本和細胞系中的表達
2.?NCL-APT調(diào)節(jié)RB中的致癌miRNA
作者研究NCL-APT對RB的miRNA表達影響。通過微陣列分析,顯示miRNA顯著下調(diào)。NCL-APT處理后miRNA仍下調(diào),qPCR在WERI-Rb1細胞中作用顯著。說明miRNA譜中其他下調(diào)的miRNA表達變化也得到了驗證(圖2)。
3.?NCL-APT在體外和體內(nèi)干擾RB:對miRNA、凋亡蛋白的影響
作者采用MTT研究RB、MIO-M1細胞系中NCL-APT生長和增殖。但細胞分裂的抑制導致細胞毒性,使RB細胞系的生存能力降低。通過RB和MIO-M1細胞系的細胞活力測試,證實了NCL-APT活性的特異性(圖3)。
圖3?NCL-APT對細胞增殖的影響
NCL-APT和LNA-NCL-APT在Y79異種移植小鼠的腫瘤部位附近皮下(皮下)治療,顯示腫瘤生長減少。說明不同治療中切除的腫瘤大小差異明顯(圖4)。
?圖4?NCL-APT和LNA-NCL-APT的Y79異種移植物模型
采用微陣列觀察NCL-APT處理的miRNA,發(fā)現(xiàn)miRNA在異種移植的腫瘤組織中被下調(diào)。表明NCL-APT對miRNA的影響導致腫瘤發(fā)生變化。實驗通過正常裸鼠血清miRNA與Y79異種移植小鼠血清相比,顯示miR-18a和miR-19b-1表達水平升高。NCL-APT皮下注射和LNA-NCL-APT腹腔注射組比較發(fā)現(xiàn),所有治療組中miR-18a表達受影響程度相似。免疫印跡分析顯示,不同模式下FOXM1表達不同,但表達均下調(diào)。說明體外和體內(nèi)NCL-APT治療對RB生長的抑制是由mRNA、致癌miRNA和凋亡標志物進行整合調(diào)節(jié)介導的(圖5)。
圖5?Y79異種移植物上NCL-APT和
LNA-NCL-APT治療后的分子變化
4.?LNA-NCL-APT介導的凋亡標志物變化和細胞因子水平:整合體分析
LNA-NCL-APT處理的異種移植物中腫瘤凋亡蛋白和細胞因子發(fā)生變化。蛋白質(zhì)陣列用PBS和LNA-NCL-APT處理的腫瘤組織研究凋亡標記物,顯示外源性和內(nèi)源性途徑介質(zhì)的顯著差異。LNA-NCL-APT治療中,趨化細胞因子和促有絲分裂細胞因子混合表達。LNA-NCL-APT腹腔注射治療組織的IHC研究也顯示細胞核PCNA表達水平下降。綜合網(wǎng)絡建模和分析,揭示了關鍵途徑、基因等在NCL-APT治療過程中的變化(圖5)。
5.?異種移植組織的脂質(zhì)譜分析
通過MS/MS和數(shù)據(jù)庫檢索,在DESI ?MS中不同RB細胞系中觀察到的高強度峰,與未處理組相比有顯著差異(圖6)。NCL-APT和LNA-NCL-APT治療Y79異種移植物,分析皮下注射和腹腔注射的脂質(zhì)質(zhì)譜。腫瘤切片分析顯示NCL-APT皮下注射的脂質(zhì)強度降低,少數(shù)組織區(qū)域變化不明顯(圖7)。說明脂質(zhì)水平的變化與適體有關,因為脂質(zhì)合成的抑制或水平的降低直接影響細胞增殖。
圖6 RB細胞系DESI MS成像
06研究結(jié)論
通過免疫組學、質(zhì)譜成像(DESI-MS)等技術,探究NCL-APT對視網(wǎng)膜母細胞瘤(RB)的表達和治療。通過體外、體內(nèi)NCL-APT對RB的影響,說明通過調(diào)節(jié)mRNA、致癌miRNA和凋亡標志物可抑制RB生長。脂質(zhì)合成的抑制或水平的降低也直接影響RB的細胞增殖。同時,也進一步證實了NCL-APT治療RB的有效性,也為RB的靶向治療提供新思路。
研究通過qPCR、免疫組織化學、流式細胞術、免疫印跡分析、質(zhì)譜成像(DESI-MS)等技術,探究了RB的調(diào)節(jié)途徑和治療方法。在這篇文章,質(zhì)譜成像(DESI MS)揭示了治療后細胞系和腫瘤組織的磷脂酰膽堿水平變化,展示了強大的分析及信息挖掘能力。作者的研究結(jié)果為NCL-APT靶向治療RB提供新策略。
關注
鹿明生物提供優(yōu)質(zhì)的空間代謝組服務
空代儀器平臺
已搭建2套AFADESI-MSI質(zhì)譜成像系統(tǒng)+1套Waters DESI-MSI質(zhì)譜成像系統(tǒng)
項目執(zhí)行
已落地執(zhí)行項目百余項、檢測組織樣本類型20+;
定性算法經(jīng)過多維校準
定性結(jié)果同時考慮物質(zhì)表達空間情況、加和離子及同位素峰表達強度相似性、同位素表達空間分布相似性、非靶向質(zhì)譜數(shù)據(jù)和空代自建數(shù)據(jù)庫進行校準。
項目實測結(jié)果
可實現(xiàn)定性代謝物數(shù)量:1000-3000個代謝物
無偏好性檢測代謝物::70%為700Da以下的小分子物質(zhì),30%為脂質(zhì)類物質(zhì),更加適合代謝組學研究方向;
上海鹿明生物科技有限公司是歐易生物旗下從事蛋白質(zhì)組及代謝組質(zhì)譜檢測的專業(yè)質(zhì)譜組學服務公司。公司建有國內(nèi)第一個空間代謝組商業(yè)服務平臺,深耕質(zhì)譜組學檢測分析,具體包括空間代謝組、雙平臺代謝組、靶向代謝組、TMT標記定量蛋白組、翻譯后修飾蛋白組、4D-DIA蛋白組、單細胞及超微量蛋白組、空間蛋白組等。創(chuàng)新質(zhì)譜組學平臺廣泛應用于機制解析、分型診斷、標志物篩選、藥靶發(fā)掘等多個領域。公司并先后獲得高新技術企業(yè)、上海市專精特新企業(yè)并建有院士專家工作站,自有包括tims tof pro2在內(nèi)的各類大型質(zhì)譜近二十臺套,年服務項目超2000項。鹿明生物協(xié)助合作伙伴發(fā)表SCI論文近千篇,成功打造以硬數(shù)據(jù)、好服務為基礎,以空間代謝組為特色的質(zhì)譜組學檢測服務公司品牌。
小妮子?撰文
嫣然?解讀
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