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時(shí)空日報(bào) | scRNA-seq技術(shù)的進(jìn)展及其在癌癥研究中的應(yīng)用

2023-08-28 20:38 作者:華大時(shí)空  | 我要投稿



大家好,歡迎觀看《時(shí)空日報(bào)》第44期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)6篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要,并輔以人工審核,供了解參考。



1、scRNA-seq技術(shù)的進(jìn)展及其在癌癥研究中的應(yīng)用

Advances in single-cell RNA sequencing and its applications in cancer research

Journal of Hematology and Oncology; IF:28.500; DOI: 10.1186/s13045-023-01494-6

內(nèi)容概要:介紹了scRNA-seq技術(shù)的基本過程和發(fā)展,并探討了其在癌癥研究和臨床實(shí)踐中的應(yīng)用。癌癥是一組異質(zhì)性疾病,scRNA-seq技術(shù)可以幫助我們理解腫瘤異質(zhì)性和腫瘤微環(huán)境,從而更好地了解腫瘤發(fā)生、進(jìn)展、轉(zhuǎn)移和藥物耐受性的機(jī)制。


2、內(nèi)源性腺嘌呤介導(dǎo)糖尿病模型的腎損傷并預(yù)測患者的糖尿病腎病

Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients

Journal of Clinical Investigation; IF:15.900; DOI: 10.1172/JCI170341

內(nèi)容概要:研究了糖尿病患者中內(nèi)源性腺嘌呤的作用,發(fā)現(xiàn)尿腺嘌呤/肌酐比值(urine adenine/creatinine ratio,UAdCR)可能是末期腎?。╡nd-stage kidney disease,ESKD)的機(jī)制生物標(biāo)志物。此外,腺嘌呤通過哺乳動(dòng)物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycinm,mTOR)刺激腎小管細(xì)胞中的基質(zhì)生成,并在小鼠腎臟中刺激mTOR。


3、肺泡巨噬細(xì)胞的訓(xùn)練免疫通過KLF4-MERTK介導(dǎo)的吞噬作用增強(qiáng)損傷修復(fù)

Trained immunity of alveolar macrophages enhances injury resolution via KLF4-MERTK-mediated efferocytosis

Journal of Experimental Medicine; IF:15.300; DOI: 10.1084/jem.20221388

內(nèi)容概要:通過轉(zhuǎn)錄組分析和功能實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),經(jīng)過細(xì)菌內(nèi)毒素或銅綠假單胞菌預(yù)處理的肺泡巨噬細(xì)胞(alveolar macrophages,AMs)表現(xiàn)出更強(qiáng)的抵抗病原體誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡的能力。AMs的重編程通過轉(zhuǎn)錄因子KLF4介導(dǎo)了吞噬作用受體MERTK的表達(dá)上調(diào)。將這些訓(xùn)練后的AMs移植到暴露于致命銅綠假單胞菌的受體小鼠中,可以限制炎癥性肺損傷。


4、臨床介導(dǎo)的CD8+?T細(xì)胞和NK細(xì)胞中的焦亡作用通過單細(xì)胞和bulk測序揭示黑色素瘤的異質(zhì)性

Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+?T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence

Cell Death and Disease; IF:9.000; DOI: 10.1038/s41419-023-06068-5

內(nèi)容概要:通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和bulk RNA-seq的綜合分析,發(fā)現(xiàn)黑色素瘤組織中免疫細(xì)胞(如CD8+?T細(xì)胞和NK細(xì)胞)的存在減少可能會(huì)降低焦亡的能力,從而對抗黑色素瘤的能力也會(huì)降低。此外,研究還構(gòu)建了一個(gè)預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型和個(gè)性化診斷圖表,表明焦亡相關(guān)基因在惡性黑色素瘤預(yù)防中可能發(fā)揮重要作用。


5、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示重癥肌無力危象中的高細(xì)胞介質(zhì)癥的外周免疫景觀

Peripheral immune landscape for hypercytokinemia in myasthenic crisis utilizing single-cell transcriptomics

Journal of Translational Medicine; IF:7.400; DOI: 10.1186/s12967-023-04421-y

內(nèi)容概要:利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和免疫庫測序技術(shù),發(fā)現(xiàn)在危機(jī)期和危機(jī)后,存在一種名為單核細(xì)胞3(FCGR3B單核細(xì)胞)的獨(dú)特亞群,其表達(dá)了顯著的促炎癥信號通路。此外,年齡相關(guān)的B細(xì)胞和CD4、CD8 T細(xì)胞存在自身免疫活性和持續(xù)的T細(xì)胞疲勞。這些結(jié)果表明,肌無力危象中的先天免疫激活與高細(xì)胞介質(zhì)癥有關(guān)。


6、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示急性髓性白血病患者化療后外周血單核細(xì)胞的免疫細(xì)胞異質(zhì)性

Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy

Cellular Oncology; IF:6.600; DOI: 10.1007/s13402-023-00853-2

內(nèi)容概要:使用scRNA-seq技術(shù),發(fā)現(xiàn)急性髓系白血?。╝cute myeloid leukaemia,AML)患者的T細(xì)胞、NK細(xì)胞、單核細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞(dendritic cells,DCs)和造血干細(xì)胞祖細(xì)胞(haematopoietic stem cell progenitors,HSC-Prog)的亞群簇多樣性存在顯著差異。NK細(xì)胞和單核細(xì)胞-DCs在轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)和染色體拷貝數(shù)變異(chromosome copy number variation,CNV)方面表現(xiàn)出顯著變化。HSC-Prog細(xì)胞中的CNV和細(xì)胞間相互作用網(wǎng)絡(luò)也存在顯著的異質(zhì)性。


《時(shí)空日報(bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊,推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo),共享最新時(shí)空知識,助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。

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