近期SHELX變更
英文原文來源于SHELX主頁(http://shelx.uni-goettingen.de/)Recent SHELX changes(近期SHELX變更):http://shelx.uni-goettingen.de/changes.php
近期SHELX變更
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新的小分子結(jié)構(gòu)解析程序SHELXT已發(fā)布。一般來說,它會(huì)給出比SHELXD或SHELXS更完整的解析解,但對(duì)于非常大的等原子或?qū)\晶結(jié)構(gòu),仍建議使用SHELXD。SHELXT可讀取與SHELXD或SHELXS相同的name.hkl和name.ins文件,并通過以下方式從命令行啟動(dòng):
?shelxt name
?SHELXT使用擴(kuò)展到P1的數(shù)據(jù)通過一種新的雙空間方法來解析結(jié)構(gòu),然后使用P1相位來確定空間群。它只需要晶胞尺寸、Laue群和存在的元素列表;該信息從.ins文件中提取。該程序高度并行,在多CPU計(jì)算機(jī)上運(yùn)行良好。其它選項(xiàng)可通過命令行開關(guān)獲得,但除了-a(在找到合理的解析解后不要停止,而是測(cè)試假設(shè)的Laue群中的所有空間群)和-L15(嘗試所有三方和六方空間群),它們很少需要。有關(guān)詳細(xì)信息,請(qǐng)輸入不帶數(shù)據(jù)文件名的shelxt,并參閱“教程和演講”和“wiki和手冊(cè)”。
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其它SHELX程序中的變更
?下面列出了近期變更,首先是每個(gè)程序中的最新變更。關(guān)于2013年發(fā)布的SHELXL相對(duì)于SHELXL-97的廣泛變更的PDF討論可在此處找到。
?包含嵌入式.hkl和.res的SHELXL-2013 ? CIF文件現(xiàn)可用于提交給Acta ? Cryst的論文。以及許多其它期刊,以及CheckCIF、PLATON、COD和CCDC。根據(jù)IUCr政策,.hkl文件在讀取到SHELXL之前不應(yīng)合并,因?yàn)檫@會(huì)阻止SHELXL計(jì)算CIF文件所需的一些數(shù)字。IUCr顯然仍需LIST 4 ? .fcf文件,但CheckCIF的PLATON實(shí)施不需要。.fcf文件的缺點(diǎn)是被合并到一個(gè)特定的點(diǎn)群中,并且已經(jīng)刪除了它們的系統(tǒng)消光的衍射點(diǎn),這使得驗(yàn)證空間群的正確性變得更加困難,因此不應(yīng)將其用于歸檔和發(fā)表目的。
?巴伐利亞州立圖書館非常友好地將一些SHELX相關(guān)論文放在其開放存取Leibniz門戶網(wǎng)站上。單擊“Sheldrick”查找它們。為避免可能誤解,我應(yīng)該補(bǔ)充一點(diǎn),哥廷根不在巴伐利亞州,也沒有計(jì)劃將其遷移到那里。
?SHELXC中的變更
?2016/1版
1. ? 2015/2版中引入的強(qiáng)度數(shù)據(jù)合并的嚴(yán)重問題已得到解決。
?2015/2版
1. ? 診斷表已擴(kuò)展到包括衍射點(diǎn)多重度R(pim)和R(anom)。
?2. ? 對(duì)于SAD實(shí)驗(yàn),SHELXC編寫一個(gè)name_sad.cif文件。這可使用CCP4實(shí)用工具cif2mtz直接轉(zhuǎn)換為mtz文件,并包含合并的本地?cái)?shù)據(jù)、反常散射差值和free_R標(biāo)志。SHELXC指令“FREE ? 5”(若未給出FREE指令,則為默認(rèn)值)將指定隨機(jī)選擇的5%衍射點(diǎn)應(yīng)標(biāo)記為用于計(jì)算自由R。在薄殼中,“FREE -7”將標(biāo)記7%。若SAD數(shù)據(jù)中存在衍射點(diǎn),但NAT數(shù)據(jù)中不存在,則對(duì)其進(jìn)行縮放和包括;這提高了本地?cái)?shù)據(jù)的完整度,并且當(dāng)與SAD相比更短的NAT波長導(dǎo)致NAT文件中缺少一些低角度衍射點(diǎn)時(shí)十分有用。
?3.輸入到SHELXC的所有已識(shí)別的SHELXD指令現(xiàn)在都寫入name_fa.ins文件,供SHELXD使用。
?2014/2版
1. ? 計(jì)算完整度時(shí)的一個(gè)嚴(yán)重錯(cuò)誤已修復(fù)。其效果是將所有系統(tǒng)消光的衍射點(diǎn)都計(jì)算在內(nèi),就好像它們?cè)趦?nèi)部分辨率殼層中一樣,無論它們應(yīng)該在哪個(gè)殼層中。其它計(jì)算不受此影響。
?2014/1版
1. ? 在沒有命令行參數(shù)的情況下啟動(dòng)SHELXC時(shí),命令摘要輸出中的格式錯(cuò)誤已被糾正。
?2013/1版
1. ? 低分辨率數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)輸出得到了改進(jìn)。
?2. ? 當(dāng)(例如,MAD或SIRAS)讀入多個(gè)數(shù)據(jù)集時(shí),SHELXC檢查它們是否已索引一致,必要時(shí)根據(jù)需要重新索引數(shù)據(jù),在這種情況下會(huì)出現(xiàn)一些額外的輸出。若讀入本地?cái)?shù)據(jù),則將其用作索引標(biāo)準(zhǔn)。檢查并非詳盡無遺,但應(yīng)涵蓋所有常見情況。
?3. ? 作為對(duì)可能孿晶的快速檢查,為每個(gè)數(shù)據(jù)集輸出<|E2-1|>。
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SHELXD中的變更
?2013/2版
1. ? 2013/1版中的變更2不幸具有副作用,若未指定NTRY,則會(huì)過早停止。現(xiàn)已經(jīng)修復(fù)這一問題,若未設(shè)置NTRY,程序?qū)凑瘴臋n中的規(guī)定永久運(yùn)行。然而,它仍可通過在運(yùn)行程序的目錄中創(chuàng)建同名.fin文件來終止。
?2013/1版
1. ? 若可用,現(xiàn)在總是使用多個(gè)CPU,沒有特殊的shelxd_mp版本。
2. ? 以前的版本在不同線程之間平均分配試驗(yàn)次數(shù)(NTRY)。若其它程序也在運(yùn)行,這可能會(huì)導(dǎo)致一個(gè)或多個(gè)線程花費(fèi)比其它線程更長的時(shí)間來完成。測(cè)試現(xiàn)在是動(dòng)態(tài)分布的,這樣所有線程均可在同一時(shí)間完成,從而使程序更快。
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SHELXE中的變更
?近期版本的SHELXE包含Isabel ? Uson教授(巴塞羅那)的主要貢獻(xiàn)。
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2019/1版
1. ? 時(shí)間參數(shù)-t的默認(rèn)值現(xiàn)在是-t1,它很快,對(duì)于具有強(qiáng)相位信號(hào)的相當(dāng)高分辨率數(shù)據(jù)工作良好,但對(duì)于更困難的結(jié)構(gòu)可能表現(xiàn)不佳。-t2至-t5增加了初始肽和(若設(shè)置了-q或-Q)α螺旋搜索的時(shí)間。除了增加時(shí)間之外,-t6到-t10使用更慢但更有效的追蹤算法。若默認(rèn)值-t1失敗,則可嘗試-t6、-q(或-Q)和-B,但追蹤速度會(huì)慢一個(gè)數(shù)量級(jí)。
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2. ? 一個(gè)涉及-h的錯(cuò)誤已修復(fù),-z應(yīng)比以前更不穩(wěn)定,它可能非常有效,但應(yīng)謹(jǐn)慎使用。
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3. ? 長命令行可能會(huì)導(dǎo)致緩沖區(qū)溢出,這種情況不應(yīng)再發(fā)生。
4. ? (.pda)中的輸入片段可與實(shí)驗(yàn)相位(MRSAD)組合如下:shelxe ? xx.pda xx_fa?;蛘?,密度圖中的相位可與子結(jié)構(gòu)中的相位組合:shelxe ? xx.phi xx_fa)。在這兩種情況下,本地?cái)?shù)據(jù)xx.hkl都用于追蹤。然后可使用以下選項(xiàng):-z0將組合輸入子結(jié)構(gòu)和密度圖或片段的實(shí)驗(yàn)相位。相對(duì)位移和反演由程序確定。-z將根據(jù)密度修改之前從密度圖或片段計(jì)算的交叉傅里葉來確定位置,并結(jié)合兩個(gè)來源。若沒有輸入-z,則使用密度圖或片段中的相位進(jìn)行密度修改,然后計(jì)算交叉傅里葉以從實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中找到位置。修改后的位置將輸出到xx.hat。
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5. ? 與以前的版本不同,此版本的SHELXE不再具有有效期。
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2018/2版
1. ? 來自HA位點(diǎn)(-n)的NCS派生現(xiàn)應(yīng)可正常工作,在2017版中,命令摘要中缺少它,偶爾會(huì)導(dǎo)致分段錯(cuò)誤。在2018/2版中,它更強(qiáng)勁,速度更快。建議在CCP4 ? gere測(cè)試中,NCS僅由例如-n6指定,該測(cè)試對(duì)總共12個(gè)重原子具有六重正確NCS。替代品-n206(見近期變更2014/3)仍有效,但沒有真正的優(yōu)勢(shì),若有很多重原子,它可能會(huì)慢得多。
??2. ? 一個(gè)局部影響-K的錯(cuò)誤已被移除,該錯(cuò)誤導(dǎo)致固定片段中的原子被錯(cuò)誤標(biāo)記或丟失。
?3. ? 修復(fù)了種子精修中影響原子權(quán)重的錯(cuò)誤。
?4. ? 低分辨率的螺旋幾何理想化為-Q(通常適用于卷曲螺旋)。
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2018/1版
1. ? 鏈追蹤算法已改進(jìn),現(xiàn)應(yīng)在低分辨率下更好地工作。
2. ? 有效期目前為2019年1月1日。
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2017/1版
1. ? 不帶數(shù)字的-a執(zhí)行多達(dá)30個(gè)全局追蹤循環(huán),但若更早發(fā)生,則在CC值超過30%后停止三個(gè)循環(huán)。
2. ? 讀取.pda文件時(shí),命令行選項(xiàng)-v的默認(rèn)值將更改為-v0。
3. ? 用于輸入片段的剛性基團(tuán)精修的選項(xiàng)-O和-Z已被撤回,這通過分子替換程序更好地執(zhí)行。
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4. ? 若設(shè)置了-x(將相位與從參考PDB文件生成的相位進(jìn)行比較),則.ent文件中的參考結(jié)構(gòu)也用于估計(jì)溶劑含量以及α螺旋和β鏈的百分比。
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5. ? 在2016/3版中引入的使用-x計(jì)算某些罕見立方空間群的原點(diǎn)偏移的另一個(gè)錯(cuò)誤已被修復(fù)。
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6. ? 程序現(xiàn)應(yīng)產(chǎn)生相同相位等,無論是否設(shè)置了-x。
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7. ? -z似乎表現(xiàn)不穩(wěn)定,因此應(yīng)謹(jǐn)慎使用。
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8. ? 程序不應(yīng)再以肽占有率變?yōu)樨?fù)值的消息終止。
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9. ? 當(dāng)使用-o選項(xiàng)通過消除殘基來改進(jìn)試驗(yàn)結(jié)構(gòu),并且在.pda文件中定義了NCS副本時(shí),對(duì)每個(gè)NCS相關(guān)片段進(jìn)行相同更改。
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10. ? 命令行選項(xiàng)-q(默認(rèn)-q7)接受-q7和-q14之間的值,以使用7到15個(gè)氨基酸的聚丙氨酸螺旋進(jìn)行種子主鏈追蹤。較長的螺旋線和受限的精修旨在追蹤分辨率低于2 ?的結(jié)構(gòu)。
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11. ? 使用命令行選項(xiàng)-Q代替-q,限制螺旋種子在除最后一個(gè)周期外的所有周期中的螺旋延伸。這用于追蹤分辨率低于2 ?的卷曲螺旋。
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12. ? 命令行選項(xiàng)-B使用兩個(gè)絞合的β表來種子主鏈追蹤。-B1使用反平行、-B2平行和-B3兩種模板。這是為了追蹤分辨率低于2 ?或從較差相位開始的β片結(jié)構(gòu)。
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2016/3版
1. ? 有效期數(shù)據(jù)已延長至2018年1月1日。
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2016/2版
1. ? 使用-x選項(xiàng)計(jì)算平均相位誤差有時(shí)會(huì)給出不太常見的空間群F23的錯(cuò)誤答案。這一問題現(xiàn)已得到解決,其它空間群不應(yīng)受影響。
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2. ? (使用name.pda和name_fa.hkl的)MRSAD計(jì)算中的嚴(yán)重錯(cuò)誤已修復(fù)。
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2016/1版
1. ? SHELXE從CA追蹤到CA,但一直將末端作為單獨(dú)的殘基進(jìn)行計(jì)數(shù),結(jié)果是每條鏈的殘基數(shù)過高。這一點(diǎn)已得到糾正。
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2. ? 輸出.pdb文件已被整理。用于定相的重原子(若設(shè)置了-h)現(xiàn)在首先出現(xiàn),但放在鏈Z中。軌跡放在鏈A到Y中(除非設(shè)置了-K,否則.pda文件中的原子都在鏈A中)。對(duì)鏈進(jìn)行排序,以便首先給出最長的鏈。若這允許有更多鏈,則剩余的短跡線填充到鏈Y中,在單獨(dú)的鏈之間有一個(gè)殘基間隙。
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3.修復(fù)了幾個(gè)小錯(cuò)誤。
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2014/4版
1. ? 針對(duì)SAD相位,改進(jìn)了密度修正。對(duì)于20個(gè)測(cè)試結(jié)構(gòu),這導(dǎo)致平均相位誤差平均提高約4度。
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2. ? 已更正在最終輸出.pdb文件中計(jì)算殘差的錯(cuò)誤。
3. ? 現(xiàn)可在.pda文件中指定NCS,以便從部分結(jié)構(gòu)進(jìn)行追蹤:
REMARK 299 NCS ? GROUP BEGIN
應(yīng)在每個(gè)單體之前插入。單體通過下一個(gè)此類GROUP ? BEGIN記錄或通過以下方式終止:
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REMARK 299 NCS ? GROUP END
每個(gè)單體應(yīng)以相同順序包含相同原子名稱,但鏈ID和殘基數(shù)可能不同。NCS運(yùn)算符是從.pda文件中單體的坐標(biāo)導(dǎo)出的,并在追蹤過程中應(yīng)用。無需-n命令行開關(guān),NCS的順序由單體的數(shù)量定義。
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2014/3版
1. ? 用于從重原子位置推斷NCS的-n命令行開關(guān)現(xiàn)采用以下形式:對(duì)于每個(gè)單體中有一個(gè)重原子的N重NCS,為-n102、-n103、-n104等;對(duì)于每個(gè)單體內(nèi)有兩個(gè)重原子的N重NCS,為-n202、-n203、-n204等。這兩個(gè)選項(xiàng)都需要適當(dāng)?shù)?/strong>NCS。-n2、-n3、-n4等規(guī)定每個(gè)單體具有3個(gè)或更多個(gè)具有適當(dāng)或不適當(dāng)NCS的重原子。
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2. ? 改進(jìn)了使用-x和PDB格式參考文件name.ent的原點(diǎn)偏移和平均相位誤差的“動(dòng)態(tài)”計(jì)算。以前,若平均相位誤差很大,它可能是不穩(wěn)定的。
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3. ? 對(duì)于實(shí)驗(yàn)定相,原點(diǎn)偏移也用于識(shí)別參考.ent文件中的哪些原子最接近重原子位置,同時(shí)考慮對(duì)稱性。
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2014/2版
1. ? 新的-K選項(xiàng)導(dǎo)致新的追蹤與輸入片段重疊?,F(xiàn)在,NOGO密度圖被用來防止這種情況發(fā)生。
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2. ? 程序無意中不接受-k。這一點(diǎn)已得到糾正。
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3. ? -B選項(xiàng)已被刪除,但仍無法正常工作。
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2014/1版
1. ? -zN將重原子的總數(shù)限制為N,之前在臨界情況下,它傾向于增加太多噪音峰。
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2. ? 若由-e設(shè)置,則-IN使用自由發(fā)射衍射點(diǎn)對(duì)全局循環(huán)1進(jìn)行N次循環(huán)密度修改。后續(xù)循環(huán)與之前一樣使用-m設(shè)置。在適合自由發(fā)射的情況下,可嘗試?yán)?/span>-I200或更多。
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3. ? -KN保留前N個(gè)全局循環(huán)的起始片段,然后將其丟棄。若-K不帶數(shù)字或該數(shù)字大于-a,則初始(刪減)片段仍會(huì)輸出到.pdb。片段不一定是多肽。
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2013/3版
1. ? 已進(jìn)行一些小改進(jìn),影響了MR解析的實(shí)驗(yàn)定相和擴(kuò)展。在某些情況下,這些可能會(huì)在結(jié)構(gòu)解析與否之間產(chǎn)生差異!
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2. ? 若指定-x,并提供擴(kuò)展名為.ent的PDB格式文件,則分別計(jì)算所有衍射點(diǎn)和中心衍射點(diǎn)的平均相位誤差(MPE)和加權(quán)平均相位誤差(wMPE)。此外,α碳位置與參考位置進(jìn)行比較。使用對(duì)所有空間群都有效的算法,可以“快速”找到必要的原點(diǎn)偏移。衍射數(shù)據(jù)仍需與.ent文件中的坐標(biāo)一致地進(jìn)行指標(biāo)化(在空間群中,如P31等)。
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3. ? 對(duì)于實(shí)驗(yàn)定相,應(yīng)在適用的情況下使用-z(用于精修重原子)和-n(NCS)。NCS運(yùn)算符是在對(duì)重原子位置進(jìn)行精修后得出的。注意,NCS目前僅在可以從重原子位置推斷算符時(shí)才適用,而不是從相位或MR解析開始時(shí)。
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2013/2版
1. ? 上一次β測(cè)試版本2013/1中出現(xiàn)的影響MRSAD和MR模型擴(kuò)展的幾個(gè)嚴(yán)重問題已得到解決。
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SHELXL中的變更
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Anna ? Lübben編寫的新程序PDB2INS現(xiàn)可用于將PDB文件轉(zhuǎn)換為.ins文件以輸入SHELXL。它將SHELXL中的新設(shè)施用于鏈ID,因此SHELXL可使用與其它精修程序相同的殘基編號(hào)。它還自動(dòng)插入DISP指令和所需的幾何限制,并嘗試處理插入代碼等。它可直接從PDB下載PDB和衍射數(shù)據(jù)(若可用)。自2008年以來,PDB中存儲(chǔ)的約95%的X射線結(jié)構(gòu)可直接使用SHELXL進(jìn)行精修,而無需編輯PDB2INS創(chuàng)建的.ins文件。
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2018/3版
1. ? 當(dāng)AFIX或HFIX代碼的最后一位是8(例如AFIX ? 148)時(shí),CIF文件中的條目現(xiàn)在總是“_refine_ls_hydrogen_treatment mixed”。以前它可能有一個(gè)值“contr”,CheckCIF用嚴(yán)厲的A級(jí)警告懲罰了它。
2. ? 已糾正技術(shù)錯(cuò)誤,該錯(cuò)誤通??此茻o效,但有時(shí)會(huì)導(dǎo)致分段錯(cuò)誤。
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3. ? 元素Cf和Bk的默認(rèn)散射因子中的誤差已被糾正。其它元素未受影響。
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4. ? 新指令“PAIR ? d”計(jì)算分辨率達(dá)d埃的數(shù)據(jù)的R1和R1(free),但SHEL規(guī)定的限制內(nèi)的所有數(shù)據(jù)仍用于精修。來自這種成對(duì)精修的R1和(free)可用于決定以何種分辨率用SHEL截?cái)鄶?shù)據(jù)['paired ? refinement', Karplus & Diederichs (2012) Science 336, 1030-1033]。
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5. ? 默認(rèn)TWST值已從0改為1。這使得能夠“正確”計(jì)算TWIN或HKLF ? 5精修的Friedel覆蓋率。
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6. ? 除非ACTA指令中使用了TAGS關(guān)鍵字,否則表示PART編號(hào)的標(biāo)記^a等不再輸出到.cif文件。注意,CIF格式不允許原子具有相同的原子和殘基名稱,但SHELX、PDB和mmCIF格式允許這樣做,前提是它們具有不同的PART編號(hào)(PDB格式中的替代位點(diǎn)標(biāo)志),這大大簡化了對(duì)無序殘基的限制的使用,并允許使用更短的原子名稱。因此,SHELX用戶只應(yīng)將具有相同原子和殘基名稱的原子用于將與PDB一起存儲(chǔ)的大分子,而不應(yīng)用于需要存儲(chǔ)CIF文件的小分子。
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2018/1版
1. ? SAME_XYZ有時(shí)錯(cuò)誤地使用殘基0和殘基XYZ。這種情況不應(yīng)再發(fā)生了。
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2. ? 一個(gè)涉及將鏈ID與SAME一起使用的問題已解決。
3. ? 諸如SIMU_XYZ的限制僅影響兩個(gè)原子都在XYZ類型的相同殘基內(nèi)的原子對(duì),而不影響涉及兩個(gè)不同殘基的原子對(duì)。這對(duì)于程序邏輯來說是必要的,但造成了一些混亂。
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4. ? 由于鏈ID和顯示為^a等的PART編號(hào)占用了額外的空間,因此必須在多個(gè)位置進(jìn)行更改。以防止可能的緩沖區(qū)溢出。
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5. ? 在長期被棄用的“行式打印機(jī)繪圖”(PLAN -N)中,對(duì)稱等效代碼已被恢復(fù),輸出略有整理。
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6. ? 前段時(shí)間,為避免誤導(dǎo)性錯(cuò)誤消息,FREE和BIND被更改為只接受兩個(gè)原子名稱。
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2017/2版
1. ? 現(xiàn)存儲(chǔ)了所有元素的散射因子,直到并包括锎(Cf)。對(duì)于其它元素,仍需使用SFAC指令的長格式。
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2. ? 輸入時(shí),長度超過80個(gè)字符的輸入行被截?cái)酁?/span>80,結(jié)果無法預(yù)測(cè)。2017/1版中的一個(gè)修復(fù)程序在第80列用于合理用途時(shí)出現(xiàn)了問題。識(shí)別這種情況的方法現(xiàn)已得到改進(jìn),現(xiàn)應(yīng)只對(duì)真正超過80個(gè)字符的行顯示警告。
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3. ? RIGU通常為每個(gè)原子對(duì)產(chǎn)生三個(gè)限制。在2017/2版中,若兩個(gè)原子的原子數(shù)相差超過三個(gè)單位,則不應(yīng)用沿連接兩個(gè)原子(表示為zz)的線的運(yùn)動(dòng)限制,但仍應(yīng)用其它兩個(gè)強(qiáng)制垂直于該線的相對(duì)運(yùn)動(dòng)的限制。對(duì)于技術(shù)要求,若指定NEUT,則所有三個(gè)RIGU限制均與之前相同。仍可通過使用DELU來抑制沿著該線的相對(duì)運(yùn)動(dòng)。
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4. ? 當(dāng)沒有連接非氫原子的鍵時(shí)(這實(shí)際上是CIF的一個(gè)設(shè)計(jì)弱點(diǎn),因?yàn)?/span>CIF沒有“循環(huán)結(jié)束”標(biāo)志),應(yīng)該不再可能生成一個(gè)空的CIF循環(huán),這會(huì)破壞CIF語法。然而,在這種情況下,仍可使用HTAB計(jì)算氫鍵,例如對(duì)于冰或固態(tài)氨。
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5. ? SADI指令上的零長度鍵現(xiàn)被視為錯(cuò)誤;它們總是錯(cuò)別字。
6. ? 用于對(duì)稱運(yùn)算的$n代碼的允許數(shù)量(例如由HTAB使用)已增加到999。
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7. ? BIND指令可用于強(qiáng)制將氫原子的特定鍵包含到連通性表中,以便它們也用于幾何參數(shù)的輸出;例如BIND O2 ? H2。這可能對(duì)BOND $H產(chǎn)生大量輸出的大型結(jié)構(gòu)有用。
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8. ? 若指定,涉及_+和_-的限制等現(xiàn)應(yīng)始終適用,在以前的版本中,它們有時(shí)會(huì)被忽略。
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9. ? 其它一些很小的問題也得到了解決。
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2017/1版
1. ? 允許的殘基編號(hào)范圍現(xiàn)在從-999到9999。這對(duì)于pdb2ins生成的文件是需要的,因?yàn)?/span>PDB文件通常包含N端His標(biāo)簽的負(fù)殘基編號(hào)。
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2. ? 殘基名稱現(xiàn)可以數(shù)字開頭,因?yàn)?/span>PDB中也允許這樣做。然而,它們必須至少包含一個(gè)字母,以便程序能夠?qū)⑺鼈兣c殘基編號(hào)區(qū)分開來。
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3. ? 全局SAME指令(如SAME_THF O1 > C4)的操作現(xiàn)在獨(dú)立于其在.ins文件中的位置(請(qǐng)參見2014/2第8項(xiàng),但之前未完全實(shí)現(xiàn))。
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4. ? 使用WPDB生成輸出PDB文件的過程已完成。例如,它現(xiàn)在不應(yīng)輸出偽裝成鎢原子的差值圖峰列表,現(xiàn)應(yīng)正確設(shè)置TER指令。
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5. ? 若結(jié)構(gòu)中沒有氫原子,BOND指令上的$H將被忽略,而不是被視為致命錯(cuò)誤。
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6. ? _geom_hbond_publ_flag已添加到由HTAB在CIF文件中生成的氫鍵表中,且相應(yīng)數(shù)據(jù)值設(shè)為yes(因此,除非改為no,否則Acta Cryst.會(huì)自動(dòng)打印這些數(shù)據(jù)值)。
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7. ? 重復(fù)的原子名稱現(xiàn)在總是在相應(yīng)的錯(cuò)誤消息中正確命名。
8. ? RTAB D2CG ...現(xiàn)在還將質(zhì)心的坐標(biāo)寫入.lst文件。
9. ? -c命令行參數(shù)解釋錯(cuò)誤,導(dǎo)致錯(cuò)誤消息?,F(xiàn)應(yīng)可正常工作。在任何情況下,很少需要此選項(xiàng)。
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10. ? HTAB可能產(chǎn)生的氫鍵列表現(xiàn)應(yīng)更加完整。
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11. ? 類似HTAB_1 O12_0 O3_$3的指令,可能通過使用沒有任何原子名稱的HTAB指令自動(dòng)生成,旨在確保氫鍵涉及殘基0中的原子O12,而不是殘基1中的原子O2。這項(xiàng)工作不正常,但現(xiàn)已修復(fù)。HTAB_1 O12 O3_$3仍計(jì)算連接殘基1中O12和殘基1中對(duì)稱等效的O3的氫鍵的細(xì)節(jié)。
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12. ? 涉及AFIX ? 12N無序甲基的不同組分的角度不應(yīng)再出現(xiàn)在CIF文件中。
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13. ? 連接在特殊位置原子上的AFIX約束的氫的CIF輸出已被整理并去除重復(fù)項(xiàng)。
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14. ? 對(duì)于非中心對(duì)稱結(jié)構(gòu)的最終結(jié)構(gòu)因子計(jì)算,多年來,該程序一直報(bào)告的參數(shù)數(shù)量精修為2,而不是正確值0。這可能是先前估算Flack參數(shù)方法的遺留問題。對(duì)于中心對(duì)稱和非中心對(duì)稱結(jié)構(gòu),現(xiàn)在報(bào)告為0。
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15. ? 當(dāng)?shù)诙€(gè)原子是對(duì)稱等效原子時(shí),FREE指令現(xiàn)應(yīng)可正常工作。
16. ? LIST 8輸出包括正常和自由R衍射點(diǎn)。新選項(xiàng)LIST ? 9現(xiàn)僅列出自由R衍射點(diǎn),LIST ? 10僅列出非自由R衍射點(diǎn)。LIST 8、9和10使用相同格式。
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17. ? .ins文件中長度超過79個(gè)字符的指令在讀入時(shí)被截?cái)?。這樣的指令現(xiàn)在會(huì)產(chǎn)生錯(cuò)誤消息。
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18. ? RESI 0預(yù)定義為具有空白的殘基名稱,這是默認(rèn)值,直到讀取.ins文件時(shí)遇到RESI指令。嘗試使用其它名稱重置RESI ? 0導(dǎo)致了問題,現(xiàn)已被禁止。
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19. ? 對(duì)SADI、ISOR、NCSY和CONN的處理進(jìn)行了改進(jìn)。
20. ? ^a、^b等現(xiàn)應(yīng)根據(jù)需要顯示在連通性表中。
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21. ? 殘基名稱而非鏈ID在輸入時(shí)被轉(zhuǎn)換為大寫。
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22. ? 代碼的并行部分的內(nèi)存分配已被重新組織,以使其更加有效和健壯。
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23. ? 對(duì)于多線程來說,不同操作的時(shí)間列表現(xiàn)應(yīng)更準(zhǔn)確。這需要組合結(jié)構(gòu)因子計(jì)算時(shí)間和構(gòu)建最小二乘矩陣(因?yàn)檫@些操作可由不同線程同時(shí)執(zhí)行),但現(xiàn)在單獨(dú)輸出最終結(jié)構(gòu)因子計(jì)算的時(shí)間。
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24. ? 沒有任何原子名稱的HTAB現(xiàn)應(yīng)為所有氫鍵(包括^a、^b等)生成EQIV和HTAB指令,以根據(jù)需要指定PART編號(hào)。
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25. ? 現(xiàn)在每個(gè)FREE或BIND指令只能指定一對(duì)原子。這避免了當(dāng)許多這樣的指令組合在一行中時(shí)由于缺少原子而導(dǎo)致的問題。
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2016/6版
1. ? 輸出PDB文件中的格式錯(cuò)誤已修復(fù),TER插入到每個(gè)鏈的末尾,元素名稱包含在列77/78中。
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2. ? .res文件開頭的“時(shí)間戳”仍給一些老式程序帶來了問題。它必須遵循TITL指令,因?yàn)轱@然有些程序假定SHELX ? .res文件必須以TITL開頭(實(shí)際上TITL總是可選的)。使用REM注釋會(huì)導(dǎo)致每次運(yùn)行SHELXL時(shí)這些行都會(huì)累積起來,盡管SHELXL標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行多年,但以一個(gè)空格開頭的注釋也會(huì)打亂一些老式程序。“時(shí)間戳”現(xiàn)在緊跟在TITL之后,由兩行組成(以避免文件名路徑過長的問題),每行以四個(gè)空格開頭。
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3. ? 由沒有任何參數(shù)的HTAB指令創(chuàng)建用于重新輸入的HTAB和EQIV指令有時(shí)缺少EQIV指令。這一問題已解決,但請(qǐng)注意,在使用該設(shè)施時(shí),不應(yīng)刪除或修改現(xiàn)有的EQIV指令。
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4. ? ANIS指令有時(shí)不起作用,現(xiàn)在應(yīng)會(huì)更好。
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5. ? 某些期刊對(duì)大分子結(jié)構(gòu)臭名昭著的“表1”所要求的r.m.s.鍵長和角度偏差,使用DFIX和DANG限制進(jìn)行估算。
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6. ? 根據(jù)流行要求,在“推薦權(quán)重方案”(見2016/5版第7項(xiàng))中,g的閾值已改回0.2,若高于此閾值,則還輸出精修值以供參考。精修值高于0.1通常表明數(shù)據(jù)質(zhì)量較差(或大分子數(shù)據(jù))。
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7. ? 通常.ins文件中的指令不區(qū)分大小寫。然而,鏈ID(見2016/4版第2項(xiàng))有例外,即PDB現(xiàn)在區(qū)分大小寫字母,允許多達(dá)63個(gè)不同的鏈(2016/4和2016/5版中未正確實(shí)施)。
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2016/5版
1. ? 對(duì)于具有不同PART編號(hào)的原子,附加“_a”或“b”等可能不明確,現(xiàn)已停止。當(dāng)有兩個(gè)或多個(gè)原子具有相同原子名稱和殘基編號(hào)但具有不同的PART編號(hào)時(shí),例如當(dāng)兩個(gè)這樣的無序組分與不同的原子形成氫鍵時(shí),仍可能需要引用具有特定PART編號(hào)的原子。現(xiàn)在,這可通過^a、^b等分別在PART ? 1和PART ? 2的殘基標(biāo)識(shí)符之前或之后完成,例如C1_2^b。若所有的無序原子都有不同的名稱或殘基編號(hào),這就不再需要了。當(dāng)不使用該設(shè)施時(shí),限制等適用于具有匹配名稱和殘基編號(hào)的所有原子。由于此更改,符號(hào)“^”可能不再用于原子名稱中。
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2. ? HTAB在2016/4版中生成的一些EQIV指令不完整,.cif文件中的氫鍵列表中存在多余的對(duì)稱運(yùn)算符。兩者均已修復(fù)。
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3. ? 為殘基設(shè)置小寫名稱的RESI指令在2016/4版中無法正常工作。這些名稱現(xiàn)在在輸入時(shí)轉(zhuǎn)換為大寫,以便與其它指令兼容。
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4. ? 若波長在0.5136的0.001范圍內(nèi),則識(shí)別為InKα。已識(shí)別出以下波長(也在0.001范圍內(nèi)):1.5418 ? (CuKα)、1.3414(GaKα)、0.7107(MoKα)和0.5609(AgKα)。這在.cif文件中報(bào)告,并相應(yīng)地設(shè)置f'、f“和μ。
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5. ? BOND $H現(xiàn)在在鍵長和角度表中包括對(duì)稱等效氫原子,例如,處于2次軸的水分子。
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6. ? 對(duì)稱等效原子(以_$N表示,其中N是整數(shù))的處理得到了改進(jìn)。
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7. ? 當(dāng)程序無法提出任何更好的建議時(shí),程序建議的“推薦權(quán)重方案”現(xiàn)在默認(rèn)為WGHT 0.1 0,而非WGHT 0.2 0,以與不存在WGHT指令時(shí)的默認(rèn)值保持一致。
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8. ? 為改進(jìn)錯(cuò)誤診斷,原子名稱不能用作RTAB標(biāo)簽。
9. ? .cif文件不應(yīng)再包含對(duì)稱等效的鍵長,以前這些鍵長可用于包含對(duì)稱等效原子的鍵。
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10. ? 由PLAN指令設(shè)置的最大可能Q峰數(shù)已從999增加到3599。
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11. ? 氫鍵的HTAB分析已改進(jìn)。
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12. ? “行式打印機(jī)繪圖”(來自遙遠(yuǎn)過去的遺跡)已被整理,不應(yīng)再包含任何問號(hào)。
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2016/4版
1. ? 2016/3版中引入的一個(gè)錯(cuò)誤,涉及特定空間群的特殊位置約束的格式化,導(dǎo)致程序崩潰,已修復(fù)。
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2016/3版
1. ? 殘基編號(hào)已被擴(kuò)展以允許使用一個(gè)字符鏈ID,例如,當(dāng)在RESI指令上使用時(shí)以及在使用殘基編號(hào)的任何地方使用A:1234。鏈ID可以是大寫或小寫字母、數(shù)字或空格(默認(rèn))。因此,有63個(gè)可能的鏈ID,與PDB格式兼容。這只適用于殘基編號(hào),而不適用于類別,即不允許Z:JUNK。Anna ? Lübben編寫的新程序PDB2INS能夠使用這種符號(hào)將PDB文件轉(zhuǎn)換為SHELXL ? .ins文件。
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2. ? CIF指令從.hkl文件末尾傳輸?shù)?/span>.cif文件(見下文2014/4)現(xiàn)應(yīng)可正常工作。
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3. ? 固定原子坐標(biāo)現(xiàn)在作為0.333333和0.666667輸出到.cif文件,而非0.3333和0.6667等。這僅對(duì)CheckCIF是必要的,SHELXL使用SPEC指令設(shè)置的公差來檢測(cè)原子是否位于特殊位置。
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4. ? 注意,shelXle和pdb2ins均可用于生成任何波長的DISP指令,例如同步輻射數(shù)據(jù)。使用正確的值很重要;例如,具有CuKa輻射的Ni的f'為-3,這可能導(dǎo)致鎳原子被錯(cuò)誤地識(shí)別為錳,并且需要正確的f"值來確定Flack參數(shù)。
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5. ? 許多錯(cuò)誤消息和警告已得到改進(jìn)。
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2014/7版
1. ? 修復(fù)了幾個(gè)輕微的CIF格式問題。
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2. ? 在SHELXL-2014/7編寫的.cif文件中data_段的開頭,出現(xiàn)以下兩條記錄:
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_audit_creation_method ? 'SHELXL-2014/7'
_shelx_SHELXL_version_number ? '2014/7'
在SHELXL下游處理CIF文件的程序可能會(huì)更改_audit_creation_method,但它們不應(yīng)更改任何以“_shelx_”開頭的CIF條目,因?yàn)榇祟?/span>CIF條目是為SHELX程序保留的。Acta ? Cryst. C網(wǎng)站最近的CIF包含了幾個(gè)示例,其中_shelxl_version_number已被修改,并且通常變得無用。由于這些程序可能只將以_shelx_開頭的項(xiàng)視為保留項(xiàng),而不將以_shelxl_開頭的項(xiàng)作為保留項(xiàng),因此已棄用_shelxl_version_number,并將其替換為_shelx_SHELXL_version_number。
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3. ? 為處理其它CIF處理程序持續(xù)損壞SHELXL版本號(hào)的情況,它現(xiàn)在也作為備注包含在.res文件中(以空格開頭,而不是REM,以便不會(huì)累積)。然后將其嵌入SHELXL的最終.cif中,在那里它是“校驗(yàn)和保護(hù)”的!我很感謝Ton ? Spek提出了這個(gè)優(yōu)雅的解決方案。
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4. ? 在SHELXL編寫的.cif文件中,若默認(rèn)的_diffrn_reflns_theta_full大于_diffrn_reflns_theta_max,則將其設(shè)為等于它。我有充分的證據(jù)表明,CheckCIF將不再將其報(bào)告為A級(jí)警告。
5. ? Parsons商中使用的衍射點(diǎn)的拒絕標(biāo)準(zhǔn)略有修改(由Simon ? Parsons提出)。
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6. ? 在.lst文件中的鍵長和角度三角形表中,根據(jù)PART規(guī)則不允許的角度現(xiàn)在應(yīng)替換為空白。
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2014/6版
1. ? 在涉及先前合并數(shù)據(jù)的某些情況下,可能會(huì)生成損壞的.cif文件。這一問題現(xiàn)已得到解決。
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2014/5版
1. ? 2014/4版可插入多余的“;”到.cif輸出文件,會(huì)產(chǎn)生嚴(yán)重后果?,F(xiàn)已修復(fù)這一問題,并借此機(jī)會(huì)整理了一些主要影響.cif文件的其它條目(見下文)。
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2. ? 在.lst輸出文件中正確描述了很少使用的權(quán)重因子e.sin(θ/λ),但在.cif文件和一些文檔中沒有正確描述?,F(xiàn)應(yīng)一致。
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3. ? 使用EXYZ可能會(huì)導(dǎo)致.cif文件中缺少某些鍵。它們現(xiàn)應(yīng)出現(xiàn)。
4. ? 除非設(shè)置ACTA ? TABS,否則.cif文件中的扭轉(zhuǎn)角現(xiàn)不應(yīng)與不同PART的“_a”標(biāo)記等一起出現(xiàn),并且現(xiàn)在對(duì).cif文件中使用CONF生成的扭轉(zhuǎn)角更嚴(yán)格地強(qiáng)制執(zhí)行PART規(guī)則。
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5. ? ANIS C1 C3>C6也錯(cuò)誤地使C2各向異性,這一點(diǎn)現(xiàn)已解決。
6. ? 當(dāng)NEUT用于設(shè)置中子散射因子時(shí),現(xiàn)在計(jì)算線性吸收系數(shù)并輸出到.lst和.cif文件。以前,當(dāng)指定NEUT當(dāng)未指定DISP時(shí)輸出為零。
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2014/4版
1. ? SHELXL和其它程序從.hkl文件讀取衍射點(diǎn),直到遇到h=0、k=0和l=0的衍射點(diǎn)或空行。這意味著可以在此行之后添加特定于.hkl文件的有用信息。例如,SADABS 2014/4版生成的文件結(jié)尾如下:
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0 -3 41 4.85301 ? 3.01063 26
0 0 0 0.00 0.00 ? 0
?
_exptl_absorpt_process_details ? 'SADABS 2014/4'
_exptl_absorpt_correction_type ? multiscan
_exptl_absorpt_correction_T_max ? 0.7489
_exptl_absorpt_correction_T_min ? 0.7208
_exptl_special_details
;
The following ? wavelength and cell were deduced by SADABS from the
direction ? cosines etc. They are given here for emergency use only:
CELL 0.71072 ? 6.100 18.294 20.604 90.006 89.992 90.000
;
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SHELXL現(xiàn)在使用.hkl文件結(jié)尾處的CIF條目來替換它本應(yīng)給定值“?”的條目。它忽略所有其它條目。也允許使用分號(hào)分隔的文本值,但不檢查CIF語法。因此,在本例中,前四個(gè)CIF條目找到了它們的路徑(左對(duì)齊)到.cif輸出文件中,但盡管“_exptl_special_details”是合法的CIF條目,但它不包含在CIF條目中,因?yàn)樵?/span>CIF標(biāo)識(shí)符不會(huì)被輸出。但是,它仍然作為嵌入式.hkl文件的一部分包含在.cif文件中,因此信息不會(huì)丟失。不幸的是,由于CIF設(shè)計(jì)的一個(gè)基本弱點(diǎn)(測(cè)試項(xiàng)目的開頭和結(jié)尾都使用相同的字符“;”),SHELXL必須替換“;”,在本例中,嵌入.hkl文件時(shí)使用“)”,SHREDCIF ? 2014/1版或更高版本通過將空白行中的前導(dǎo)“)”改為“;”來修復(fù)損壞。
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在本例中,_exptl_special_details后面的晶胞與.ins文件中使用的晶胞不同,因?yàn)?/span>HKLF 4指令上有一個(gè)重新定向矩陣,用于將指數(shù)轉(zhuǎn)換為空間群的常規(guī)P21212設(shè)置。但若.hkl文件成為孤立文件,保留它仍很有用。
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2. ? 一些HFIX或AFIX錯(cuò)誤產(chǎn)生了亂碼錯(cuò)誤消息。它們現(xiàn)在應(yīng)該更清楚了。
3. ? 根據(jù)用戶的要求,若TWIN矩陣具有負(fù)行列式并且不是-1 0 ? 0 0 -1 0 0 0 -1,則孿晶分?jǐn)?shù)不再作為Flack參數(shù)報(bào)告。在這種情況下,現(xiàn)在沒有估算Flack參數(shù)。
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4. ? 現(xiàn)應(yīng)再次正確計(jì)算AFIX ? 123等的氫位置。
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2014/3版
1. ? 2014/2版中影響甲基的嚴(yán)重錯(cuò)誤(AFIX ? 33等)已修復(fù)。
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2014/2版
1. ? 若ACTA指令中存在關(guān)鍵字“TAGS”,則“_a”等標(biāo)記現(xiàn)在僅輸出到.cif文件(請(qǐng)參見下面的2014/1)。它們?nèi)韵褚郧耙粯虞敵龅?/span>.lst文件。
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2. ? AFIX、HFIX和HTAB對(duì)PART的處理得到了改進(jìn),并修復(fù)了幾個(gè)錯(cuò)誤。
3. ? 當(dāng)HFIX ? 33或37用于乙腈分子時(shí)產(chǎn)生的無意義錯(cuò)誤信息已變得合理。因?yàn)?/span>CCN單元是線性的,所以不能使用幾何標(biāo)準(zhǔn)來放置氫,但HFIX ? 137應(yīng)該起作用。
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4. ? CONN指令實(shí)施中的一個(gè)錯(cuò)誤已修復(fù)。
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5. ? WIGL之后可能是位置以?為單位的rms偏移(如前所述),然后是U或Uij的rms百分比變化除以100(新)。若未指定值,則使用0.2 ?和0.2。若其中一個(gè)給定為負(fù),兩個(gè)隨機(jī)偏移都是隨機(jī)化的(即每次程序運(yùn)行時(shí)都不同)。
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6. ? 如文件中多年所述,AFIX ? 12N組中的所有六個(gè)氫必須具有相同的PART編號(hào);這有很好的技術(shù)原因。然而,現(xiàn)可從HFIX/AFIX ? 123等開始,然后在下一個(gè)作業(yè)中將其分成兩個(gè)具有不同PART編號(hào)的AFIX ? 37組。
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7. ? 盡管AFIX指令旨在放置氫原子,但也可使用AFIX 30、120或130來建立理想的CF3基團(tuán)。然而,由于氟原子對(duì)計(jì)算出的結(jié)構(gòu)因子的貢獻(xiàn)比碳原子大得多,因此這些可能無法用騎式模型進(jìn)行精修;該精修將是不穩(wěn)定的。建議使用DFIX或SADI,例如。
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DFIX ? 1.328 C1 F1 C1 F2 C1 F3
DFIX ? 2.125 F1 F2 F1 F3 F2 F3
SADI ? 0.1 C2 F1 C2 F2 C2 F3
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請(qǐng)注意,對(duì)下一個(gè)原子的SADI限制相對(duì)較軟,以允許CF3基團(tuán)稍微傾斜?;蛘?,若不涉及第二構(gòu)象,則可使用AFIX ? 6或AFIX ? 9剛性基團(tuán)。如有必要,可添加上述SADI指令。
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C2 ? ...
AFIX ? 9
C1 ? ...
AFIX ? 135
F1 ? 3 0 0 0
F2 ? 3 0 0 0
F3 ? 3 0 0 0
AFIX ? 0
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8. ? 在RESI中使用SAME仍然存在一些困惑,這是由于實(shí)施中的一個(gè)錯(cuò)誤而加劇的。該錯(cuò)誤現(xiàn)已修復(fù)。SAME_XYZ(其中XYZ是殘基名稱)現(xiàn)在的操作方式與SAME_N(其中N是殘基編號(hào))或沒有殘基編號(hào)的SAME不同,這兩個(gè)殘基編號(hào)后面必須緊跟著與SAME指令相同順序的原子(忽略H原子)。SAME_XYZ不再使用緊隨原子,而是應(yīng)用于名稱為XYZ的所有殘基,因此每個(gè)殘基中的原子必須以相同的順序具有相同的名稱,以便程序知道哪些是等效的。例如,若我們有六個(gè)THF溶劑分子應(yīng)以這種方式加以限制,則THF分子前面有“RESI ? 1 THF”、“RESI ? 2 THF”、…、“RESI ? 6 THF”,并且每個(gè)后面跟著RESI ? 0(若緊接著另一個(gè)RESI指令,則可省略)。在這種情況下,每個(gè)THF殘基中的THF原子應(yīng)具有相同的名稱,順序相同。只需要兩條SAME指令,并且可能(現(xiàn)在)出現(xiàn)在.ins文件的任何位置:
??
?
?
?
SAME_THF ? O1 > C4
SAME_THF ? O1 C4 < C1
?
氫原子可稍后通過一條指令添加:
?
?
HFIX_THF ? 23 C1 C2 C3 C4
?
或者,“SAME_1 ? O1 > C4”和“SAME_1 ? O1 C4 < C1”可以插入每個(gè)THF殘基的第一個(gè)原子之前,在第一個(gè)原子之后,這將不那么優(yōu)雅,但不需要在每個(gè)THF殘基中使用相同的原子名稱。由于氫原子被SAME忽略,因此H2O應(yīng)使用SADI而非SAME?!?/span>SAME_WAT ? OW HW1 HW2”將不會(huì)產(chǎn)生任何影響,即使每個(gè)水分子位于單獨(dú)的殘基中,其名稱為“WAT”,原子為OW ? HW1和HW2,但:
?
?
?
SADI_WAT ? OW HW1 OW HW2
SADI_WAT ? HW1 HW2
?
或:
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DFIX_WAT ? 0.84 OW HW1 OW HW2
DFIX_WAT ? 1.33 HW1 HW2
?
應(yīng)起作用。這些示例說明了如何使用殘基使.ins文件更簡單、更易于理解。然而,請(qǐng)注意,由于PLATON/CheckCIF的設(shè)計(jì)限制,原子名稱中的字符數(shù)加上殘基編號(hào)中的字符數(shù)量(若設(shè)置了ACTA ? TABS,則加上兩個(gè))不應(yīng)大于7。
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?
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2014/1版
1. ? 在.cif輸出文件中,“_a”已添加到對(duì)PART ? 1原子的所有引用中,“_b”添加到PART ? 2原子等,但對(duì)于PART編號(hào)為負(fù)的原子則不添加。這可防止在原子具有相同名稱和殘基編號(hào)但PART編號(hào)不同的結(jié)構(gòu)上運(yùn)行CheckCIF時(shí)出現(xiàn)大量A級(jí)警告。這是SHELXL和PDB規(guī)范所允許的,對(duì)于將相同限制應(yīng)用于多個(gè)構(gòu)象非常方便。
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2. ? 在.pdb輸出文件中,第77/78列中添加了元素名稱,末尾添加了END指令,以與PYMOL兼容。
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3. ? 已更正影響輸出到.pdb文件的(等效)各向同性B值的小錯(cuò)誤。
4. ? HFIX現(xiàn)應(yīng)與NEUT一起正常工作。然而,對(duì)于氘原子,仍需要手動(dòng)更改原子名稱和散射因子編號(hào)。
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5. ? “+filename”從文件中讀取指令,但不會(huì)將其復(fù)制到.res文件中。這對(duì)于閱讀標(biāo)準(zhǔn)限制的長列表很有用?!?/span>++filename”還從指定文件中讀取指令,但在適當(dāng)?shù)那闆r下將它們復(fù)制到.res文件中。此類包含文件可使用“+filename”調(diào)用其它文件,但不能使用“++filename”。若“+filename”位于.ins文件中,則會(huì)將“+filename”回顯到.res文件中;但若位于“+”或“++”文件中,將不會(huì)回顯“++filename”。
6. ? 如指令所述,沒有參數(shù)的XNPD現(xiàn)在默認(rèn)為+0.001。
7. ? CONF現(xiàn)不應(yīng)在.cif文件中創(chuàng)建空循環(huán),這會(huì)導(dǎo)致一些讀取CIF的程序出現(xiàn)問題。這種循環(huán)可能會(huì)出現(xiàn),因?yàn)?/span>CONF現(xiàn)在使用中心鍵長度和角度作為測(cè)試,以消除不必要的扭轉(zhuǎn)角。
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8. ? 元素名稱現(xiàn)在只能在SFAC指令中出現(xiàn)一次。然而,H和D都可能存在,并將導(dǎo)致H和D原子的特殊處理(除非在SFAC之前指定了NEUT)。
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9. ? 修復(fù)了一個(gè)錯(cuò)誤,該錯(cuò)誤可能導(dǎo)致涉及對(duì)稱等效原子的HTAB指令無法識(shí)別。
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10. ? AFIX在生成氫原子方面做了一些小的改進(jìn),一個(gè)有時(shí)阻止生成連接到PART ? 0原子上的PART ? n氫的錯(cuò)誤已修復(fù)。
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11. ? 現(xiàn)在,使用Julian ? Holstein設(shè)計(jì)的改進(jìn)幾何結(jié)構(gòu)(C-F ? 1.328 ?,F…F ? 2.125 ?),使用全球相位等級(jí)服務(wù)器生成CF3基團(tuán)(使用AFIX ? 37等)。以這種方式生成CF3基團(tuán)后,似乎值得在單獨(dú)的作業(yè)中使用碳原子之前的AFIX ? 6(但不使用AFIX ? 35)進(jìn)行剛體精修,以便CF3基團(tuán)可以傾斜但保持這些尺寸。
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12. ? 現(xiàn)允許SAME_n加上原子名稱,其中n是殘基編號(hào)。然而,請(qǐng)注意,這只會(huì)使兩個(gè)殘基相等;對(duì)于包含例如許多定義不明確的THF溶劑分子的結(jié)構(gòu),單個(gè)SAME_THF加上原子名稱將使所有THF分子等效,前提是它們具有相同的原子名稱。
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13. ? 現(xiàn)在,.cif文件中的_diffrn_reflns_Laue_measured_fraction_full不可能大于1.000。以前,當(dāng)不同孿晶組分的衍射d值略有不同(HKLF ? 5格式或使用TWIN矩陣的贗缺面孿晶)時(shí),它可能略大于1.000。
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14. ? 指令“RTAB ? D2CG atom1 atom2 ...”計(jì)算atom1到列表中剩余原子的未加權(quán)質(zhì)心的距離(及其esd)。
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15. ? 若一個(gè)非標(biāo)準(zhǔn)空間群不被識(shí)別,即它的名稱不能從LATT和SYMM中推導(dǎo)出來,那么這個(gè)名稱現(xiàn)在在.cif文件中被給定為?而非'?'('?'擾亂了一些CIF解析器)。
16. ? “BIND ? m n”(其中m和n是PART編號(hào))允許PART ? m中的原子與PART ? n中的原子鍵合。這為通常的PART規(guī)則提供了一個(gè)補(bǔ)充,從而可以更容易地精修無序內(nèi)部的無序。m和n可以是正的或負(fù)的。
17. ? 若ACTA指令中存在“NOHKL”,則.hkl和(若相關(guān)).fab文件不包含在.cif文件中。這僅適用于精修的中間階段;不得用于存儲(chǔ)和歸檔。這一改變是在一些用戶對(duì)我更好判斷的壓力下做出的;存放和歸檔原始衍射數(shù)據(jù)是很好的科學(xué),新設(shè)施可能會(huì)導(dǎo)致這些數(shù)據(jù)丟失(意外或故意)。最終的.res文件始終包含在.cif文件中,仍可使用shredcif提取。
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18. ? 若使用TWIN和BASF精修的孿晶因子值超出0到1的范圍,則Fc2可能變?yōu)樨?fù)值,并在.fcf文件中正確報(bào)告。不幸的是,這給某些診斷程序帶來了麻煩,因此Fc2的負(fù)值現(xiàn)在在.fcf文件中被零替換。注意,這種精修Flack參數(shù)的方法現(xiàn)在僅適用于具有中間孿晶分?jǐn)?shù)的真正外消旋孿晶,因此在實(shí)踐中很少需要。
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2013/4版
1. ? 缺失的PART ? 0指令產(chǎn)生了相當(dāng)誤導(dǎo)性的錯(cuò)誤消息“Cannot ? find .res file to insert it into .cif”(無法找到插入.cif中的.res文件)。更有用的消息“Bad ? AFIX 33 connectivity, C107_a bonds to no atoms”(不良AFIX 23連通性,C107_a不與原子鍵合)現(xiàn)在在所討論的情況下輸出。該程序試圖查找缺失的AFIX ? 0指令,但缺失的PART ? 0指令幾乎不可能檢測(cè)到,這會(huì)打亂連通性表。
2. ? 設(shè)置第四個(gè)L.S.參數(shù)可能導(dǎo)致Flack參數(shù)被確定為太接近零,esd非常小。為了避免誤用,已通過最多允許三個(gè)L.S.參數(shù)來解決此問題。
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3. ? .cif文件中使用的衍射點(diǎn)數(shù)量計(jì)數(shù)并不總是準(zhǔn)確的,主要是由于涉及分辨率限制的舍入誤差。這現(xiàn)在應(yīng)該更可靠了。
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4. ? 對(duì)于使用NEUT指令對(duì)中子數(shù)據(jù)進(jìn)行精修,當(dāng)原子與非H/D原子恰好形成三個(gè)鍵時(shí),CHIV指令現(xiàn)在可用作X射線數(shù)據(jù),在這種情況下,與H或D的進(jìn)一步鍵被忽略。若一個(gè)原子總共形成三個(gè)鍵,包括H或D鍵,則可使用默認(rèn)值為零的CHIV指令來抑制平面性,例如-NH-、-NH2、-ND-和-ND2酰胺或芳香族-CH-和-CD-基團(tuán)。將NEUT與AFIX一起使用具有類似的效果,但起到了約束作用。
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2013/3版
1. ? 若(出于任何原因)TWIN和BASF定義的Flack參數(shù)精修到明顯負(fù)值,這有時(shí)會(huì)導(dǎo)致非常大的“Q峰”,這是某些計(jì)算強(qiáng)度為負(fù)值的間接結(jié)果。這一點(diǎn)現(xiàn)已確定,但從Parsons商(不含TWIN和BASF)獲得的值通常應(yīng)該被引用,參見Parsons, ? Flack and Wagner, Acta Cryst. B69 (2013) 249-259。
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2. ? 在一些復(fù)雜的無序情況下,影響EADP使用的一個(gè)錯(cuò)誤已修復(fù)。
3. ? CONF后跟明確原子名稱,現(xiàn)應(yīng)不再有識(shí)別原子的問題。沒有原子名稱的CONF從來沒有問題。
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4. ? HTAB現(xiàn)在更加嚴(yán)格地遵循PART規(guī)則。
5. ? 現(xiàn)可在同一次運(yùn)行中使用負(fù)MORE、從.fab文件輸入和輸出到.pdb文件的任何組合(之前三者使用相同的單元編號(hào))。
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6. ? 空間群Cmc21現(xiàn)在正確地報(bào)告在.cif文件中,以前從LATT+SYMM推導(dǎo)空間群時(shí),它與Pmc21混淆。
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7. ? “most ? disagreeable reflections”(顯著不匹配衍射點(diǎn))表的標(biāo)題現(xiàn)在更加明確了。
8. ? 用于在.cif文件中報(bào)告權(quán)重方案的格式已改回SHELXL-97使用的格式,以與制表模板的某些本地版本兼容。
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9. ? 對(duì)連接到同一個(gè)原子上的兩組或多組氫原子(具有不同的PART編號(hào))的精修現(xiàn)應(yīng)可正常工作。類似地,CH3/CF3無序現(xiàn)允許AFIX ? 33、37或38用于任一基團(tuán)。
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2013/2版
1. ? 該程序現(xiàn)在不應(yīng)該再稱自己為“β測(cè)試版”。
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2. ? .cif文件中對(duì)shelxl_2012的引用已更改為shelxl_2013。
3. ? 現(xiàn)允許TWST ? 0,并已設(shè)為默認(rèn)值。這使得所有的孿晶組分均被用于生成完整度和Friedel覆蓋率統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。TWST ? 1僅為此使用第一個(gè)組分。
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4. ? 完整度和Friedel覆蓋率計(jì)算中的一個(gè)小誤差(<=1衍射點(diǎn))已被糾正。無人注意到。
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2013/1版
1. ? 許多小錯(cuò)誤已被消除。
2. ? 若可用,現(xiàn)在總是使用多個(gè)CPU,沒有特殊的shelxl_mp版本。
3. ? 鑒于液態(tài)鎵陽極的數(shù)據(jù)質(zhì)量令人印象深刻,GaKα已添加到該程序認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)輻射中(除了CuKα、MoKα和AgKα)。
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SHELXT中的變更
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2018/2版
1. ? 若命令行上未使用-T或-t來指定用于并行操作的線程數(shù),則將其設(shè)為可用的最大數(shù)量。以前,P1擴(kuò)展階段的線程數(shù)設(shè)置為4或更少,某些操作忽略了-t設(shè)置。
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2. ? 現(xiàn)允許元素Am、Cm、Bk和Cf與SHELXL和CheckCIF一致。
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3. ? -d和-e的默認(rèn)值現(xiàn)在都是0.8。這會(huì)使程序稍慢,但會(huì)提高成功率。
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4. ? SHELXT編寫的.res文件現(xiàn)在包含BOND而非BOND $H。
5. ? 現(xiàn)在報(bào)告了系統(tǒng)消光的衍射點(diǎn)的平均I/σ(I)(其中至少記錄了10個(gè)),并拒絕了大于5.0的空間群。
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6. ? 現(xiàn)在對(duì)解析解進(jìn)行了排序,只保存了最好的五個(gè)。這可防止程序在前26個(gè)文件名之后用完文件名,這意味著文件名為*_a的解析解更有可能是正確的解析解。
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2014/5版
1. ? 輸出.hkl中的衍射列表現(xiàn)在以衍射點(diǎn)0,0,0和空行結(jié)束。過去40年中,SHELX的所有程序都接受了其中一項(xiàng),但Olex2沒有。
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2. ? 在沒有指定文件名的情況下,對(duì).lzt輸出和命令摘要輸出進(jìn)行了一些小的更改。
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2014/4版(首次正式發(fā)布)
1. ? 不再有到期日。
2. ? 程序高度并行。它將使用所有可用線程,除非使用-tN將其限制為N個(gè)線程。
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3. ? 所發(fā)現(xiàn)的結(jié)構(gòu)現(xiàn)在應(yīng)該最佳地居中在晶胞中。
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4. ? 將原始TITL轉(zhuǎn)換為REM,并生成新的TITL,給出SHELXT找到的文件名和空間群。結(jié)構(gòu)解析解的進(jìn)一步精修如REM所示。
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5. ? 對(duì)元素分配進(jìn)行了一些小的改進(jìn)。
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6. ? 列表文件現(xiàn)稱為.lxt,以使其不太可能被覆蓋。
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7. ? 若必須重新定義軸以獲得所選空間群的常規(guī)設(shè)置,則現(xiàn)在根據(jù)需要轉(zhuǎn)換ZERR指令。沒有一個(gè)測(cè)試人員報(bào)告了這個(gè)錯(cuò)誤!
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8. ? 根據(jù)β測(cè)試人員的建議,ANIS和RIGU不再插入.res文件中。
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9. ? 在SHELXT編寫的.hkl文件中,最后一個(gè)衍射點(diǎn)之后是空白行和從原始.hkl文件中轉(zhuǎn)入的CIF條目,然后是:
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_computing_structure_solution ? 'SHELXT 2014/4 (Sheldrick, 2014)'
因此,若SHELXL使用SHELXT的.hkl文件,則所有這些CIF條目將自動(dòng)合并到SHELXL編寫的.cif文件中。
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SHREDCIF中的變更
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2014/4版
1. ? 當(dāng)SHELXL將.hkl、.res或.fab文件嵌入.cif文件時(shí),它將替換以“;”開頭的行否則以“)”開頭的行為空。SHREDCIF現(xiàn)在將其反轉(zhuǎn),并將“)”替換為“;”否則為空白行。
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2. ? 嵌入的.res文件保留在分解的CIF文件中,因?yàn)樗蛔C明對(duì)CheckCIF(和審稿人)非常有用,但嵌入的.hkl和.fab文件被剝離。
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2014/3版
1. ? 當(dāng)SHREDCIF在沒有文件名的情況下運(yùn)行時(shí),它會(huì)輸出其版本號(hào),后跟簡短描述。為避免混淆可能正在調(diào)用SHREDCIF的其它程序,當(dāng)指定文件名時(shí),若沒有錯(cuò)誤消息,則標(biāo)準(zhǔn)輸出與以前版本相同,因此不包括版本號(hào)。
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2. ? 校驗(yàn)和現(xiàn)可出現(xiàn)在它們所應(yīng)用的數(shù)據(jù)之前或之后的相同data_段中的任何位置。很明顯,一些CIF處理軟件有一個(gè)攪亂CIF文件的習(xí)慣!
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3. ? 改進(jìn)了錯(cuò)誤診斷。例如,若校驗(yàn)和給定為'?'(可能是由試圖“改進(jìn)”CIF文件的用戶放置的),SHREDCIF現(xiàn)在報(bào)告錯(cuò)誤的校驗(yàn)和并繼續(xù),而不是報(bào)告損壞的CIF文件并終止。
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CIFTAB中的變更
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2014/2版
1. ? 修復(fù)了導(dǎo)致每個(gè)表標(biāo)題的第一行被截?cái)嗟腻e(cuò)誤。這是2014/1版中#1變更的間接副作用。
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2014/1版
1. ? RTF輸出(用于Microsoft ? Word或Open ? Office的輸入)中空間群名稱的格式有所改進(jìn)。無需更改ciftab.rta和ciftabr.tm模板文件。
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2013/2版
1. ? 當(dāng)兩個(gè).cif文件合并時(shí),“data_”后面的名稱現(xiàn)在不再轉(zhuǎn)換為小寫。
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概述
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1. ? 現(xiàn)可在下載服務(wù)器上以及通過主頁上的鏈接獲得測(cè)試數(shù)據(jù)。
2. ? 現(xiàn)可通過iPhone查看主頁并注冊(cè)。
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致謝
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我非常感謝以下用戶報(bào)告錯(cuò)誤:Chris ? Anson、John ? Bacsa、Andrei ? Batsanov、Christine ? Beevers、Paul ? Boyle、Bill ? Brennessel、Bill Clegg、Fabio ? Dall'Antonia、Antonio ? DiPasquale、Oleg ? Dolomanov、Alan ? Downward、Paul ? Emsley、Louis ? Farrugia、Jim ? Fettinger、Stu ? Fisher、Tim ? Grüne、Ilia ? Guzei、Klaus ? Harms、Larry ? Henling、Regine ? Herbst-Irmer、Julian ? Holstein、H?kon ? Hope、J?rg ? K?rcher、Daniel ? Kratzert、Florian ? Kraus、Lennard ? Krause, Tony Linden、Martin Lutz、Joel ? Mague, Curtis Moore、Peter Müller、Bruce ? Noll、Marilyn ? Olmstead、Holger ? Ott、Sean ? Parkin、Brian ? Patrick、Bob ? Pike、Tullio ? Pilati、Horst ? Puschmann、Kris ? Radaki、Carmen ? Ramirez、Nigam ? Rath、Joe ? Reibenspies、Frank ? Rominger、Amy ? Sarjeant、Thomas ? Schneider、Ton ? Spek、Simon ? Teat、Jens ? Thomas、Andrea ? Thorn、Karl ? T?rnroos、Isabel ? Usón、Hubert ? Wadepohl、Hilke ? Wolf、Christoph ? Wolper、Qingping ? Xu、Peter ? Zavalij、Matt ? Zeller、Joe ? Ziller和其他許多人。
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我要特別感謝以下人士對(duì)SHELX主頁的幫助:Lee ? Daniels、Tim ? Grüne、Regine ? Herbst-Irmer、Julian ? Holstein、Christian ? Hübschle、Daniel ? Kratzert、Peter ? Müller、Bruce ? Noll、Roland ? Pfoh和Andrea ? Thorn。
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