左右雙側(cè)條形圖展示基因本體論BP、CC、MF三合一富集分析結(jié)果C、MF三合一富集分析結(jié)果
基因本體論（Gene Ontology，GO）計劃（http://www.geneontology.org）為注釋基因、基因產(chǎn)物和序列開發(fā)了一套結(jié)構(gòu)化的、受控詞匯表。它被分成三部分：分子功能（Molecular Function，MF）、生物過程（Biological Process，BP）和細胞組分（Cell Component，CC）。
GO功能富集分析結(jié)果，一般都會包含至少4列：GO term，基因數(shù)，P值和類別。今天給大家?guī)硪粡埛浅Ｖ庇^，顏值也頗高的GO富集結(jié)果可視化圖。
1，打開繪圖頁面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開GO BP、CC、MF三合一雙側(cè)條形圖繪制頁面，左側(cè)為常見作圖導航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191
圖1.可視化頁面
2，示例數(shù)據(jù)
點擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括4列：
第1列是GO term名字；
第2列是分類（分類名必需是Biological process、Cellular component、Molecular function，且按照順序排列）；
第3列是Pvalue（或者FDR、qvalue等，程序會默認自動將其轉(zhuǎn)化成-log10值，因此p值不能為0），每個類別之內(nèi)的條目可以按照P值從小到大，或者從大到小排列；
第4列是基因數(shù)；
注意：你需要參考示例數(shù)據(jù)，將自己的富集結(jié)果在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。
圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復制示例數(shù)據(jù)中的ABCD 4列數(shù)據(jù)，然后粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)哦。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。
圖3. 必需輸入
4，修改參數(shù)，并提交
我們設(shè)置了圖片尺寸，顏色等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用。如需更高級的定制，請聯(lián)系我們。
部分參數(shù)詳解：
顏色：這里我們還是使用Nature Publishing Group的配色。
左側(cè)最大值：用來控制左側(cè)的柱子距離左邊界的距離，請使用可整除的整數(shù)
右側(cè)最大值：用來控制右側(cè)的柱子距離右邊界的距離，請使用可整除的整數(shù)
這兩個值需要與圖片長寬配合著使用，以保證零點位置不是0.0。
圖4. 顏色等可調(diào)參數(shù)
5，提交出圖
輸入數(shù)據(jù)粘貼好，參數(shù)調(diào)整好后，點擊提交按鈕，約3秒后，在頁面右側(cè)會出現(xiàn)結(jié)果預覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。
圖左側(cè)表示GO term的統(tǒng)計p值（-log10轉(zhuǎn)化），p值越小，條形越長；并且按照顏色區(qū)分三部分；
圖右側(cè)表示富集的基因數(shù)，基因數(shù)越多，條形越長。
點評：與氣泡圖相比，該圖的優(yōu)點在于一眼就能分辨出那個term的基因數(shù)最多，P值最小。因為人們對于顏色的分辨程度要低于對尺寸的分辨程度，特別是在顏色差別不大的情況下。
圖5.預覽與下載
沒有預覽就是沒有出圖，這時請參考示例數(shù)據(jù)，檢查輸入數(shù)據(jù)格式。
遇到文字截斷，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，使用scape軟件。
