簡稱“金大”，誕生于1888年（清光緒十四年）的美國基督教會美以美會（衛(wèi)斯理會，Methodist Church）在南京創(chuàng)辦的教會大學，同美國康奈爾大學為姊妹大學。當時社會評價為“中國最好的教會大學”，享有“江東之雄”、“鐘山之英”之美譽。厲麟似、胡小石、賽珍珠等著名學者都曾在金大任教。

1928年金陵大學首先向教育部注冊并批準。在美國加利福尼亞大學對外人在華所辦大學編類中，金陵大學是中國教會大學中唯一的A類，持有金大學位的畢業(yè)生有資格直接進入美國大學的研究生院。

金陵大學有文理農三院，英語文學和中國文化研究成就卓著，聞名世界。尤其農林學科堪稱中國之先驅，享譽海內外。其他方面亦有發(fā)展，如開創(chuàng)中國電影教育、首開中國醫(yī)科七年制教育和博士教育。

金大培養(yǎng)大批優(yōu)秀人才分布于海內外,在各個領域內發(fā)揮所長，使金大飲譽國內外，在中國近代教育史上具有重要影響。為中國現(xiàn)代大學教育的建立與發(fā)展、現(xiàn)代科學技術的引進、新的人才培養(yǎng)模式的開創(chuàng)、優(yōu)秀人才的輸送都做出了突出貢獻。

1951年，私立金陵大學與私立金陵女子文理學院合并為公立金陵大學。

1952年院系調整，金陵大學被撤銷建制，文、理學院等并入南京大學合并，部分院系參與組建中國其他高校。其歷史檔案劃歸南京大學。南京大學將校址從四牌樓舊址遷至金陵大學鼓樓校址。

金陵大學原是一所美國基督教會創(chuàng)辦的私立大學，始建于1888后（清光緒十四年）。它是國內歷史悠久、規(guī)模較大的著名教會大學之一，是南京地區(qū)創(chuàng)辦最早的一座教會大學。新中國成立后，由政府接辦，改建為公立金陵大學。到1952年與南京大學合并為止，金陵大學共有64年歷史。

金陵大學前身是1888年在南京成立的匯文書院（Nanking University 1888～1910），書院設博物館（文理科）、醫(yī)學館（醫(yī)科）和神道館（神學科）。1890年設成美館為中學部。匯文書院是金陵大學最早的源頭，由美國教會美以美會創(chuàng)辦，院址在南京干河沿（今金陵中學校址）。它是南京地區(qū)最早建立的一所新式學堂，辦學20余年，為金陵大學的成立奠定了基礎。匯文書院是南京地區(qū)之有新式學堂的嚆矢，也是國內早期創(chuàng)辦的高等學校之一。

匯文書院穩(wěn)步發(fā)展的時候，被傳教士視為重鎮(zhèn)的南京又增添了另外兩所教會書院：基督書院和益智書院。1907年，兩書院合并為宏育書院（Union Christian College），以基督書院為院址，由美在中任院長，文懷恩任副院長。

基督書院（Nanking Christian College）由美國教會基督會于1891年創(chuàng)辦。創(chuàng)辦人是美國基督會傳教士美葛斯（F.Rank E.Meigs）。他是美國紐約人，父母務農，篤信基督教。他受美國基督教國外傳教團的委派于1887年1月抵達南京，立志以身許中國，故自號曰“在中”。起初美在中住宿在基督醫(yī)院醫(yī)士馬林家中。其時，雖然“南京皈依基督教者日眾”，但他認為“信仰雖新，智識依舊，深怕無智識之信仰，易生魔障，非灌輸智識，無以羽教旨”。于是他請求基督會捐款，在南京鼓樓西南建造基督書院。美在中被舉為院長。開辦時學生20人。數(shù)年后，達到200余人。

益智書院（The Presbyterian Academy）是美國教會長老會于1894年創(chuàng)辦的，院址在南京戶部街。創(chuàng)辦人是長老會傳教士賀子夏（美籍），后由文懷恩（J.E.Williams）繼任。文懷恩和美在中同時來華，曾一起創(chuàng)辦基督書院。

1910年至1927年為金陵大學建立與發(fā)展時期。1910年，美國教會合并匯文書院、宏育書院成立金陵大學堂（1915年隨京師大學校改名為金陵大學校），美國人包文任校長，文懷恩任副校長，著名書法家、兩江師范學堂監(jiān)督李瑞清題寫校名。

金陵大學始以匯文書院為校址，后遷入鼓樓西南坡的新校舍（今南京大學鼓樓校區(qū)校址北園）。在美國紐約州教育局立案，以美國大學教育制度為藍本，逐步發(fā)展成為一所具有一定規(guī)模的綜合性大學。

20世紀初期，中國官辦大學日益發(fā)展，除京師大學堂外，各省也紛紛創(chuàng)辦大學堂。南京三江師范學堂就是在這時開辦的。中國新式大學堂的發(fā)展，刺激了教會學校，教會開始 “擔心政府在教育方面的競爭”，“除非集中力量，否則官辦學校就會超過他們。教會學校如果再不增加完備的實驗室和圖書館，不聘請更多更好的教師的話，那么優(yōu)秀學生將被政府學校吸引去”。于是許多著名傳教士竭力主張聯(lián)合書院，擴大規(guī)模，建成名符其實的大學，“以期成為國立大學的榜樣”。

在聯(lián)合的過程中，由于教會內部意見不一，曾出現(xiàn)各種爭論，因此聯(lián)合大都幾經(jīng)周折，但最后都獲得了成功。當時聯(lián)合建成的大學，除金陵大學而外，有北京匯文大學（燕京大學前身），上海圣約翰大學、滬江大學，杭州之江大學，山東基督教共和大學（齊魯大學前身），成都華西協(xié)合大學等。這些大學后來都發(fā)展成為著名教會大學。

金陵大學是匯文書院和其他兩個書院：基督書院和益智書院合并建立的。該三書院在南京城內鼎足而三。三書院都是男生學校，辦學宗旨相同，辦法亦大同小異。

美在中首先倡議合并書院。他認為“孤往，則精力分散而收效淺；共作，則菁華聚而成功多。且祖國教會聚金委辦教育事業(yè)，當化畛域而屈群策，以最少經(jīng)費謀最大功效，不然則獲罪于天矣！”1906年將益智書院之高年級并入基督書院。1907年，又有匯文書院與宏育書院合并之議，因匯文書院院長師圖爾持有異議未能成功。

匯文書院新任院長包文是一位熱心教育事業(yè)的傳教士。他是美國伊利諾州之離盤塞人，畢業(yè)于美國訥克司大學文學系。于1897年（光緒二十三年）來華。他“勇于任事，尤具遠見卓識”。他以為，“中國之困亟矣，非以教育新民智不足以自振救，而教育之宗旨宜純正，規(guī)模宜遠大，組織設備宜健全完美，然后始可以言得人才為社會用，今南京一隅設三校，其政不相謀，課程多重復，且為經(jīng)費限，不得備其設施，勢必至于因循茍且，徒勞而無功，吾不知其有何益于中國，其亦大背吾人辦學之旨矣！”包文與美在中皆主張合并書院，建立完備大學。但合并辦法，“彼此初甚齟齬”。經(jīng)過反復協(xié)商，始決以宏育并入?yún)R文，定名為金陵大學堂(The University of Nanking)。推舉包文任學堂監(jiān)督（校長），文懷恩副之，美在中任大學圣經(jīng)部主任兼附中校長。大學部設于干河沿匯文書院院址，附中設于宏育書院院址，小學設于益智書院院址。

合并三書院建立金陵大學，旨在建成一所完備高等學府。合并后，美以美會、基督會、北長老會在美國紐約聯(lián)合組成托事部。該部是學校最高權力機構，掌管大部份行政權力，學校的重要決定均需得到托事部的批準，包括校長、副校長的任命，學校經(jīng)費的保管與監(jiān)督。同時也承擔籌募經(jīng)費的責任。托事部的首任會長是美國著名學者及宗教領袖史密爾博士。與此同時，在南京成立董事會（相當于托事部的駐寧辦事機構）。

由大學校長、有關行政管理人員及聯(lián)合公會的代表組成。董事會的主要職責：監(jiān)察審議學校所有進行事宜，包括任命大學行政管理人員，起草學校年度預算報托事部批準，任免中國教職員，批準學校開設的課程等等。

起初，董事會所有董事（包括校長、副校長以及行政管理人員）都是外國人，并且都是基督徒。后修改董事會章程，增加了同學會（校友會）的代表，于是便有了中國董事。如任駐德公使的黃榮良、任綏遠省實業(yè)廳長的韓安、任國立東南大學教授的陶行知均以校友身份擔任金大董事會的董事。

金大的行政管理人員除校長、副校長外，還有司庫（會計）、校長秘書、房屋和場地總管、學監(jiān)等，他們分別負責學校各方面的行政事務，學校的教學行政單位為科。金大初創(chuàng)時，僅設文科，數(shù)理化等科附設文科，均授文學士學位。包文兼任文科科長。

學校的經(jīng)費，1910年經(jīng)各聯(lián)合教會協(xié)議，由每個差會交付相當于4萬美元的土地、房屋、設備、現(xiàn)金，提供3名教師，每年出捐助費0.24萬美金。后來，在此基礎上有所增加，到1922年時，提供教師數(shù)增加為5名，年捐款數(shù)增加為0.4萬美金。

金陵大學在完成其行政管理組織以后，作為一所完備大學，尚需得到政府認可。但當時教會學校在行政上與中國政府毫無關系。清政府一向認為外國教會在中國設立的學校，是以外國人的資格和條約上的權利為依據(jù)而設立的，非國內教育事業(yè)，因此采取不干預的態(tài)度，不考慮學校辦理立案之類的手續(xù)，當時也無立案的明文規(guī)定。這樣教會學校便不認為對中國負有什么責任。因此，金陵大學成立后，立即向美國紐約州教育局申請立案。

1911年4月，金陵大學便接到美國紐約州教育局局長和紐約大學校長簽署的特別許可證，正式同意金陵大學在美國紐約教育局立案，并承認金陵大學為一完全大學，得以享受“泰西凡大學應享之權利”，金陵大學畢業(yè)生可同時接受紐約大學的學位文憑，并和美國康乃爾大學結為姊妹大學。

自此，金陵大學的畢業(yè)文憑就改由紐約大學校董會簽發(fā)，然后轉致金陵大學堂監(jiān)發(fā)畢業(yè)生。畢業(yè)生持此文憑便可不經(jīng)考試直接升入國外有關大學研究院深造，并獲得學位。關于中國教會大學在美國立案，上海圣約翰大學校長卜舫濟在1900年中華教育會第六屆會議上曾坦白地承認：“立案后的中國大學便變成為中國土地上的美國附屬學校?！边@可以說是一種特殊的治外治權原則的擴充。

與金陵大學同在美國紐約州立案的教會大學有：華西協(xié)合大學、華南女子大學以及在1913年成立的金陵女子大學等。

金陵大學初創(chuàng)，無論課堂宿舍、圖書設備以及師資力量均簡陋缺乏，不敷使用。而大學開辦后，學生人數(shù)歲有增加，校務呈蒸蒸日上之勢。因此，無論校舍之擴大，師資之補充，設備之改善均十分緊迫。包文校長制定了宏大的建校規(guī)劃。規(guī)劃的第一步便是購置土地，重建校舍。雖然“經(jīng)濟窘困，人為之憂”，可他毫不猶豫顧忌，胸有成竹。他派員攜其手訂之計劃，回美國赴托事部以募捐及增添教師為請。他與文懷恩副校長也多次親自回美籌劃經(jīng)費，請求捐款。當時美國正處在第一次世界大戰(zhàn)前夕的景氣時期，募捐比較容易，慷慨解囊之富商不少。歷數(shù)年之苦心經(jīng)營，終于獲得巨額資金，使金大重建校舍的計劃得以實施。這是包、文兩校長為金大日后的發(fā)展所建立的首功。

1910年，金大在鼓樓之西南坡購得大片土地作為新校址，這地方名曰“西山”，隨即又從從美國請來測繪師和建筑師規(guī)劃、設計校舍建筑。全部工程由美國芝加哥一家公司承包，建筑材料除屋頂?shù)牧鹆呒盎就聊就?，也大都從國外進口。新校舍從1911年開始設計，1915年科學館落成，至1921年便全部竣工。校舍基地面積達2300余畝，地勢由北向南傾斜。建成的校舍，規(guī)模宏大，計有行政樓、科學館、醫(yī)科診室、禮堂、課堂宿舍等共有大樓11座。1924年得美國洛氏基金社中國醫(yī)學委員會與美國仕女的贊助，又建農林館一座，名“裴以理樓”。這些樓房中西合璧，宏偉壯麗，與鼓樓平峙，為當時南京最高大的建筑。

金陵大學建立與發(fā)展時期 （1910-1937）

金陵大學自1916年起，便陸續(xù)遷入新校舍。干河沿舊址改設附屬中學。1911年，金陵大學又以4萬美元購置了與金大校園相毗聯(lián)的舊宅一座。該宅名陶園（或桃園），是清朝一位俞姓貴族的住宅，三層樓房，屋宇精美，地址寬闊，風景優(yōu)美，適合兒童課余游息。同年秋，便將設在城南戶部街的小學移設于此。后來在三層樓下，“深鑿其底，建筑底層”，建成地下室，作為學生的習藝場所。

學校初辦，教師數(shù)量少，且“其學術水平高下不齊，難以傳授高深學問”。包文向美托事部請求增聘教師。學校組織了聘任委員會，審查教師資格。于是，文理農醫(yī)等各方面專家學者來校者日眾，學校氣象逐漸更新。

改革時期

1927年至1937年為金陵大學改革時期。在全國收回教育權運動的沖擊下，金陵大學率先改組，成立由中國人占多數(shù)的校董會，由中國人擔任校長，向政府辦理立案，校務及宗教方面也隨之進行重大改革，學校事業(yè)發(fā)展進入了全盛時期。

一、非基督教運動和收回教育權運動

受“五四”運動的影響，從1922年到1926年，在中國爆發(fā)了一場基督教運動及由此而引發(fā)的收回教育權運動，使在華基督教勢力受到嚴重挑戰(zhàn)，迫使教會學校在大發(fā)展以后進入了改革時期。

在這一時期中，金大的基督徒膽顫心驚，祈禱會等宗教活動不得不偷偷在凌晨或黑夜進行，參加禮拜的人數(shù)也愈來愈少。1927年3月北伐軍攻占南京時，金大有五幢住宅被燒毀，文懷恩副校長在住宅遭劫時，被流彈打中殞命。西籍教職員倉惶逃離回國，學生也離校返家，學校停課。1927年4月14日金大理事會召開第23次會議，包文以“老病告退”，正式選舉過探先、陳裕光、劉國鈞、陳中凡、陳嶸、李德毅、李漢生等七位教授組成校務委員會，過探先為該委員會主席。負責管理金大。該委員會在時局變動時，在維持學校工作中發(fā)揮了不少作用。

二、改組與立案經(jīng)過

1927年7月，國民政府正式宣告成立，收回教育權。1927年11月10日，金大理事會在上海開會，文理科科長陳裕光博士當選為金大校長。1928年3月，美國托事部打來賀電，表示認可。于是陳裕光就任金大第一任中國校長。他也是國內任教會大學校長的第一位中國人。

陳裕光上任后，十分注重中國教育主權，不僅在行政管體制上進行卓有成效的改革，而且在教學上推行“三一制”，即教學、科研和推廣三合一制度。

1934年，金大被美國紐約州立大學承認了與其他國際間之大學同等學術地位，并能頒發(fā)獲國際認可之學士和碩士學位。

西遷復校時期

1937年至1949年，因抗戰(zhàn)爆發(fā)，金陵大學舉校西遷，在四川成都華西壩艱苦辦學。12月，金陵大學南京校園被“南京安全區(qū)國際委員會”列為難民區(qū)收容所，涌進了大批的難民。1941年，汪偽國民政府在金陵大學原址興辦（汪偽）中央大學。1945年返寧，金陵大學駐寧人員接收汪偽中央大學。同年9月，學校在南京復課，學校規(guī)模有所發(fā)展。復員后，學校基本上處于穩(wěn)定階段。

西遷入川與東還復校時期（1937-1949）

與此同時，留守南京的副校長、歷史系教授貝德士等教職員與在寧的外籍教授、專家醫(yī)生、職員等組織了“南京國際安全區(qū)”，盡力收容、保護中國難民和放下武器的士兵。金陵大學校園當時成為南京市民避難所?，F(xiàn)珍藏在美國耶魯神學院的“貝德士文獻”，就是真實記錄當年日軍罪行的原始檔案。當年德國西門子公司駐華總代表拉貝也以日記的形式記錄了侵華日軍的樁樁暴行。

轉折時期

1949年至1952年為金陵大學的轉折時期。新中國成立，金陵大學獲得新生。1951年9月，斷絕與美國教會的聯(lián)系后，李方訓任校長，私立金陵大學與私立金陵女子文理學院（原金陵女子大學）合并為公立金陵大學。

轉折期（1949-1952）

1952年，全國高等學校院系調整，金陵大學等西方教會大學撤銷建制，金陵大學文學院、理學院與原國立中央大學（后改名為南京大學）文、理學院合并組建新的南京大學（原國立中央大學文、理學院從中央大學舊址遷出至金陵大學鼓樓校址，原國立中央大學最大主體工學院保留在舊址四牌樓校區(qū)，其它院系包括農學和師范學院相繼遷出）。從此金陵大學校名取消，在金陵大學鼓樓校址由兩校文理學院合并組建新的南京大學。

金陵大學教育系、農學院、農學院林學系、理學院電機系、化工系、水利系等系科分出，和南京大學等有關大學相關院系組建了南京師范學院（南京師范大學）、南京農學院（南京農業(yè)大學）、南京林學院（南京林業(yè)大學）、南京工學院（電機系在今東南大學，化工系在今南京工業(yè)大學）、華東水利學院（河海大學）等校。電影與廣播專修科遷至北京組建電影學校（今北京電影學院）。另有部分院系（經(jīng)濟系，銀行系，管理系，文理科系）調至上海復旦大學等高校。

1952年院系調整金陵大學具體情況：

1、金陵大學文學院全部及理學院主體——與原南京大學文、理學院合并組建新的南京大學，校址位于金陵大學鼓樓校址

2、金陵大學教育系——并入南京師范學院（今南京師范大學）

3、金陵大學農學院主體——并入南京農學院（今南京農業(yè)大學）

4、金陵大學農學院林學系——并入南京林學院（今南京林業(yè)大學）

5、金陵大學理學院電機系——并入南京工學院（今東南大學）

6、金陵大學理學院化工系——先并入南京工學院化工系，后參與組建南京化工學院（今南京工業(yè)大學）

7、金陵大學附屬金陵中學——南京市第十中學——南京大學實驗中學（今金陵中學）

8、金陵大學附屬鼓樓醫(yī)院——南京市人民鼓樓醫(yī)院——南京市鼓樓醫(yī)院（1987年成為南京大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院）

9、金陵大學電影與廣播專修科——北京電影學院?

匯文書院的校園起初建在南京干河沿，第一座建筑名曰“鐘樓”，由首任校長福開森設計，當時被南京人稱為“三層樓洋行”。陸續(xù)建造的還有禮拜堂、青年會堂等，以后作為中學部，現(xiàn)為金陵中學校園。

1910年合并改名金陵大學后，由美國教會募集資金在鼓樓西南坡購地2340畝建造新校舍，同時中國政府以金大教授裴義理主持華洋義賑有功贈地百畝，1913年由紐約建筑師克爾考里（C. X. C）完成校園規(guī)劃，之后由美國建筑師司斐羅、芝加哥珀金斯費洛斯與漢密爾頓（Perkins, Fellows & Hamilton）建筑師事務所的測繪師莫爾負責建造，1921年建成后作為大學部。1952年金陵大學和南京大學合并，金陵苑成為南京大學校園。

金陵苑采用了中國傳統(tǒng)的建筑樣式。由當時的校董福開森策劃，教務主任、美國傳教士魏特琳著手實施，采用中式造型和裝飾。以塔樓為中心，形成不完全對稱的布局，造型和裝飾為中式，材料和構架為西式，許多建筑材料由美國進口，質料上乘，將民族樣式與西方先進的建筑技術結合，建造了首批融入西方風格的中國民族建筑。

金陵大學在1910－1937年之間規(guī)劃建造了大批中西合璧、宏壯華麗的建筑群。這些建筑體現(xiàn)了中西文化的碰撞和交融，極具時代特色。金陵大學具有代表性的建筑有北大樓、東大樓、西大樓、東北大樓、禮拜堂、小禮堂、圖書館和學生宿舍等十余幢建筑。這些建筑一律都是青磚墻面，歇山頂，上覆灰色筒瓦，建筑造型嚴謹對稱，進深較大，窗戶較小，顯得封閉穩(wěn)重，體現(xiàn)了中國北方官式建筑的特征。最高處北大樓與鼓樓平峙，由北向南，順坡而下，充分利用地勢起伏來布局規(guī)劃。構思處，既渾成一體，又錯落有致，巧妙融入四周環(huán)境中，有天然渾成之美。整個建筑群隱于森森樹木，含珠四季花草之中，春夏不同，景色各異，而百年不變的老建筑，更顯沉穩(wěn)儒雅的風范。

北大樓（塔樓，現(xiàn)南京大學鼓樓校區(qū)行政樓），南京大學標志性建筑，也是南大的象征。北大樓建于1917年，1919年落成，由美國建筑師司邁爾（A. G. Small）設計，磚木結構，地上2層，地下1層，建筑面積3473平方米。屋頂為中國建筑常用的歇山頂，灰色筒瓦，青磚厚墻，設小窗，主體建筑兩層，塔樓五層，高聳突兀。塔樓為四面歇山頂，頂脊有小獸。這是中國傳統(tǒng)建筑中最復雜的屋頂樣式。門南向，闊踏道，兩側有抱鼓石。門廳繪有飛鶴圖案，掛有水晶宮燈。這幢樓造型獨特，糅合了東西方的建筑風格，雖不高大，卻雄偉仕觀。它的四周綠樹掩映．門前如茵的草坪平整開闊，樓后是純凈的藍天，墻體爬滿茂密的藤蔓，像披了一件綠風衣，身姿莊重而不失飄逸，成為校園一大景觀。南大將行政樓搬至仙林校區(qū)后，北大樓則改作博物館使用。北大樓作為南京大學地標性建筑，2005年入選“新金陵48景”名單，2012年再次入選。

禮拜堂（現(xiàn)為南京大學大禮堂），由美國芝加哥帕金斯建筑事物所于1917年3月28日完成設計，陳明記營造廠承建，1918年竣工。1958年在大門入口加筑了一座門廳。它是金陵大學現(xiàn)存最早的建筑物。建筑造型仿照古代的廟宇。地上二層，磚木結構，主建筑歇山頂，附屬建筑硬山頂，屋頂裝飾由青磚砌筑，覆蓋蝴蝶瓦，清水磚刻線腳。屋頂側面的山墻上有磚雕山花，為圓形萬字如意紋吉祥圖案。屋檐飾有精美的花飾。外墻用明代城墻磚砌筑，城磚上仍留有銘文印記，厚重而有歷史感。正門突出附帶四頂小樓，兩兩前后分立兩側，毗連著正面三開大門。整個大禮堂采用的是單層大空間的巴西利卡式教堂建筑式樣。大禮堂南北兩面檐角各有壽字如意紋，花紋團在中央，細看卻各個不同。如意紋下面正中有磚雕蝙蝠，意寓福到。硬山墻上，依然是紅色木質小墻體和一溜排列成花邊狀的灰瓦，其外部色調與建造式樣與東、西、北大樓遙相呼應。大禮堂內部天棚飾有彩繪，頭頂紅冠，修頸長腿、步履輕盈、優(yōu)雅多姿的丹頂鶴在中國被尊為仙鶴，是吉祥、高貴和長壽的象征。作為南京大學的大禮堂，在新的文化時空里，曾有法國總統(tǒng)密特朗、澳大利亞總理霍克、美國前總統(tǒng)喬治.布什在此做過演講。

小禮拜堂（現(xiàn)為南京大學小禮拜堂，或稱小禮堂），建于1923年，由中國建筑師齊兆昌、美國費洛斯與漢密爾頓建筑事務所共同設計。屋頂為歇山頂，單屋建筑，拱形門，大門上方用磚砌出三面圍裹的結構，既可支撐墻體，又有裝飾作用。門楣和窗框飾有石刻西式圖案。門前有抱鼓石一對，踏道間設丹陛石，上面雕刻紋飾。小禮堂精巧靈秀，有中國南方建筑的味道。小禮堂門前有牌坊，上掛銅鐘一座，金陵大學時，每日上、下課的鐘聲由此敲出。如今門前規(guī)劃有石椅石桌和半圈的花園。

東大樓，位于北大樓東南側，初名科學館，建于1913年，由齊兆昌建筑師設計，陳明營造廠承建。建筑面積3905平方米。平面為長方形，內廊式布局。大樓地上三層，地下一層，磚木結構．大樓設計采用中國北方建筑形式，歇山頂，筒瓦屋面，屋頂脊中加脊，中部高聳，外墻采用青磚砌筑，素灰勾縫。大樓入口處建有突出的門套。進得大廳，最能體現(xiàn)這所大樓西式風格的是大廳地面上印有的十二星座的銅雕。大樓在20世紀50年代因火災燒毀屋頂，1958年修復。

東北大樓，在東大樓的南面。建于1935年，陳明記營造廠承建。建筑面積1726.4平方米?；旌辖Y構，高四層，卷棚式屋頂，筒瓦屋面。外墻用煙色粘土磚砌筑。大樓入口出有道直通二樓。如今為地科系的辦公大樓，一樓長長的過道里陳列著美麗的奇石。

西大樓，原名裴義理樓，位于北大樓西南側，為紀念農科創(chuàng)辦人、美國人裴義理而命名為“裴義理樓”。該樓建于1925年，由美國芝加哥帕金斯建筑事物所設計，陳明記營造廠承建。建造面積3604平方米，平面為長方形，內廊式布局。大樓地上二層，地下一層，磚木結構。歇山頂、筒瓦屋面。大樓底部為明代城墻磚砌筑，上部為煙色黏土磚砌筑。勒腳部位和門窗過粱采用斬毛青石，白色大理石正門，朱漆雕花大門，灰瓦鋪就的門頭，有張齒的小龍和脊獸。

圖書館（現(xiàn)為南京大學老圖書館，校史博物館），位于北大樓的正南方，它與北大樓共同構成金陵大學校園的中軸線，其他的建筑物基本上都分列在這條中軸線的兩側。建于1936年，由基泰工程司建筑師楊廷寶設計，陳明記營造廠承建。建筑面積2626平方米。地上二層，地下一層，鋼筋混凝土結構，歇山頂，青筒瓦屋面，青磚墻面。建筑平面為十字形。一層中部為主要入口，面朝北，兩側為圖書采編等業(yè)務辦公用房以及小閱覽室。二層中部為借書處，兩側各有一個大閱覽室。圖書館的外部處理與其他幾幢建筑物風格相近。有人為紀念被北伐軍士兵殺害的文懷恩博士（J. E. Williams）曾稱其為“文懷恩圖書館”。

學生宿舍（現(xiàn)為外語學院的辦公、教學樓），共用四幢，分別稱為甲乙樓丙丁樓、戊己庚樓、辛壬樓。建于1925年。陳明記營造廠承建。磚木結構，卷棚式屋頂，筒瓦屋面，外墻用煙色粘土磚砌筑。甲乙樓與丙丁樓大小相同，建筑面積均為755平方米；戊己庚樓與辛壬樓大小相同，建筑面積均為1685平方米。

金陵大學舊址（含匯文書院鐘樓）2006年入選國家第六批全國重點文物保護單位名單。2013年1月成為南京老城區(qū)16處歷史風貌區(qū)之一，規(guī)劃名稱金陵大學歷史風貌區(qū)。

金陵大學舊址位于南京市鼓樓區(qū)漢口路22號南京大學鼓樓校區(qū)校園內，有著悠遠的歷史背景和深厚的底蘊。建于1916到1937年的原金陵大學建筑群，以清代宮殿式建筑為外部特征，以塔樓(北大樓)為中心，作不完全對稱布局，由美國建筑師和留美、游歐歸來的中國建筑師分別設計建造?，F(xiàn)存北大樓，東大樓、西大樓、大禮堂、小禮堂。老圖書館、宿舍樓等十余座建筑。這些建筑由北而南。順坡而下，與周圍環(huán)境融為一體。這種充分利用自然地勢的起落而建的建筑物，既各具風格．又錯落有致，有樸素渾成之美。建筑群普遍采用灰色筒瓦．青磚厚墻，除屋頂側面為紅色、細部有磚雕墻花外，全無雕梁畫棟，平淡自然．樸素簡約。雖然建筑形式是中國傳統(tǒng)的，但規(guī)整寬闊的草坪、突兀的塔樓與群體的整體建筑的不協(xié)調性，又體現(xiàn)出西方人的審美情趣。建筑群沒于森森樹木、含珠花草之中，四季不同，景色各異，惟一不變的是老建筑沉靜而儒雅的風范。

南京大學的民國建筑群，既有北方的端莊渾厚，又有南方的靈巧細膩；既有西式的風格，又呈中式面貌。因此，南大的民國建筑，是典型的中西合璧式，是西風東漸特定歷史時期中國建筑藝術的縮影。

金陵大學創(chuàng)立初期僅設文科。1913年，恢復醫(yī)科。1914年，創(chuàng)辦農科，為中國四年制大學農業(yè)教育之先河。同年改組文科，設國文、英文、歷史、哲學、社會學、政治學、經(jīng)濟學、教育學等系，數(shù)理學科仍附設在文科。1918年，農林科籌設蠶桑系和蠶桑特科。1921年，改文科為文理科，理科部分設化學、數(shù)理兩系及工業(yè)化學科和醫(yī)學先修科，增授理學士學位。1926年，文理科增設國文專修科。

至1926年，文理、農林兩科之下共設有國文、外語、宗教、教育、歷史政治、社會經(jīng)濟、理、化學、森林、棉作、蠶桑、農業(yè)經(jīng)濟、鄉(xiāng)村教育等13個系，附設有鼓樓醫(yī)院、金陵大學附中等學校。

早期金陵大學的教材、圖書雜志、教學儀器以至生活設施都來自美國，校長、教務長、各系主任、教授也以外國人為主。金大之課程設置，偏重于西洋科學與文化；日常教學用語除國文和經(jīng)史等課程外，都用英語，文娛活動場所，實驗室內，運動場上，甚至學生助威的啦啦隊亦不例外。

1927年，農林科成立園藝系。1928年陳裕光出任校長后，注重中國教育主權，維護民族尊嚴，發(fā)場中國文化。首先在國民政府教育部呈請立案，是第一個向中國政府請求立案并獲批準的教會大學。同時增聘中國教職，加強中文、地理、歷史的教學。并將金陵神學院從金陵大學脫鉤出去，將宗教課由必修課改為選修課，尊重信仰自由。1928年9月，經(jīng)國民政府大學院（教育部的前身）批準，設立文、理、農三學院。

1930年，金大按《大學組織法》成立與文、理、農三學院并列的中國文化研究所。1931年理學院建電機工程科，1932年成立化學研究所。1934年停辦醫(yī)學先修科，在動物學系增設醫(yī)學動物組以替代。1935年，農學院成立農科研究所農業(yè)經(jīng)濟學部。

金陵大學文理農三院嵯峨，英語文學和中國文化研究成就卓著，尤其農林為中國先驅聞名世界。其他方面亦有發(fā)展，如開創(chuàng)中國電影教育、首開中國醫(yī)科七年制教育和博士教育。在美國對外人在華所辦大學ABC編類中，是中國唯一的一所A類大學，享譽海內外。

金陵大學是美國人辦的大學，英語是主要的教學語言，金大學生尤以英文水平高而被稱道。在教會大學英語演講、辯論比賽中，其他大學學生都是西裝革履，唯金大學生長袍布履，奪冠者則多為金大，而且一度金大理學院學生的英語水平勝過其他大學英語系學生，引起國民政府教育部關注，曾特別委派社會教育司司長陳禮江等人進行調查。

20年代初，由金大首倡，金大與之江、滬江、圣約翰四教會大學一起開始定期在南京、杭州、上海等地輪流主辦英語辯論友誼賽。在這些賽事中，出戰(zhàn)的金大辯論員因在舌戰(zhàn)中“觀點正確，內容豐富，曾蟬聯(lián)六年英語辯論比賽錦杯。

文學院是由金陵大學成立最早的文科發(fā)展而來，其教學與科研地位突出，首任院長為劉國鈞，其間，陳裕光校長曾一度兼任院長，劉崇本、劉乃敬等先后也曾任院長。

文學院共設中國文學、外國文學、史學、政治學、經(jīng)濟學、社會學、哲學、教育學等8個系，在組織建構上為：7個主系、3個輔系（教育系下屬三個組均為輔系）、2個專修班、1個研究班、2個研究部，以及若干選修課程。文學院建院時學生達206人。全院主要教授有：厲麟似、胡小石、貝德士(M. S. Bates，美籍)、陳恭祿、王繩祖、吳景超、劉繼萱、劉崇本、劉乃敬、吳世瑞、章文新（J. P. Jones,美籍）、芳衛(wèi)廉（美籍）、柯象峰、馬博廠、徐益棠等。

1930年春，金陵大學將文理科分開，成立文學院和理學院。理學院先后設置物理、化學、生物等系，復員后的教學行政體制為6系1部1專修科，即數(shù)學系、物理系、化學系、生物學系、化學工程系、電機工程系、理科研究所化學部和電化教育專修科。

理學院在短短的20多年中，雖受社會動蕩的影響，但仍能貫徹自主辦學的宗旨，在各項事業(yè)上均取得相當?shù)某晒?，為國家、為社會輸送了一批批急需的人才，做出了很大貢獻。

金陵大學農學院的創(chuàng)辦，肇端于美國學者裴義理（Joseph Bailie）的義農會。1911年江南省一帶暴雨成災，“二十余州縣災民三百萬人，已餓死者約七八十萬人，奄奄待毖者約四五十萬人”，金陵大學教習裴義理“深感農業(yè)改進之重要”，和張謇等人發(fā)起成立“中國義農會”，得到孫中山、袁世凱、黃興、黎元洪等三十位民國要人“竭力襄助”，由華洋董事組成董事會，故又稱“華洋義賑會”。在華洋義賑會以工代賑活動中，裴義理繼感農林人才缺乏，乃于1914年在金陵大學創(chuàng)設農科，次年設林科，再一年合并為農林科，裴義理任主任。

1917年裴義理辭職返美，芮思婁（J. H. Reisner）任農林科主任。1918年，與“萬國蠶桑合眾改良會”合作成立蠶桑學系，由吳偉士（C. W. Woodworth）主持。同年，農科首屆畢業(yè)生李積新、陳楨、葉元鼎、徐澄、潘健卿、趙叔愚六人畢業(yè)。1921年設立農業(yè)經(jīng)濟學系，由卜凱（J. L. Buck）主持。1930年農林科改為農學院，謝家聲任院長。金陵大學農學院采用“教育、研究與推廣”三位一體，推動了中國農業(yè)的近代化。

胡適對金陵大學農學院的評價是：民國3年以后的中國農業(yè)教學和研究的中心是在南京。南京的中心先在金陵大學的農林科，后來加上南京高等師范學校的農科。這就是后來金陵大學農學院和國立東南大學（中央大學）的農學院。這兩個農學院的初期領袖人物，都是美國幾個著名的農學院出身的現(xiàn)代農學者，他們都能實行他們的新式教學方法，用活的材料來教學生，用中國農業(yè)的當前困難問題來做研究。金大的農林科是1914年（民國3年）創(chuàng)辦的，南高的農科是1918年（民國7年）成立的。從‘雇傭江北難民在紫金山造林，以工代賑’開始，在20多年之內，發(fā)達到全中國農業(yè)科學的教學研究的一個最重要中心——全中國作物品種改良的最重要中心，這一段歷史是中國科學發(fā)達史的一葉，是中華民國教育建設史的一葉，是很值得記載的。

金陵大學1888年成立時設醫(yī)學館，到1907年停辦，1913年重建醫(yī)科，同年美國基督教會所辦的東方醫(yī)科大學并入，東方醫(yī)科大學是美國教會在華創(chuàng)辦的一所醫(yī)科大學。1910年基督教會感于醫(yī)學對于擴大宗教事業(yè)的幫助，決定在中國建立一所醫(yī)科大學，1911年正式建立，命名為“中國東方醫(yī)科大學”，設在南京，先后有史爾德、寶珍三等醫(yī)學專家加入。1917年金陵大學再次停辦醫(yī)科，保留醫(yī)預科和附屬鼓樓醫(yī)院。金陵大學理學院成立時，將1917年停辦醫(yī)科時保留的醫(yī)學預科附設于動物學系，1933年改稱醫(yī)學先修科。

金陵大學有許多對中國文化感興趣的外國學者，1927年陳裕光當選校長，以美國工業(yè)家霍爾（C. M. Hall）的捐款創(chuàng)辦中國文化研究所，聘徐養(yǎng)秋主持，在史學、哲學、語言學、考古學、民族學、文法學、目錄學、國畫研究及海外漢學研究等方面都有建樹。1934年，金陵大學成立國學研究班，國學導師有胡小石、胡翔冬、黃侃、吳梅、汪辟疆、商承祚等人。著名詞人沈祖棻就是金陵大學國學班的首屆畢業(yè)生。該研究班在學術界贏得良好聲譽，開創(chuàng)了中國東南部各大學培養(yǎng)研究生的先河。

從1888年到1952年，金陵大學共有畢業(yè)生4475人，其中本科生3170人，專科生1206人，研究生79人，醫(yī)預科生26人。分布于海內外政治、實業(yè)、文化、教育、農業(yè)等各個方面，在各個領域內發(fā)揮所長，受到當?shù)厣鐣闹匾?。比如，在農業(yè)界，據(jù)美國學者杰西·盧茨所著的《中國教會大學史》，1949年前，金大畢業(yè)生一度領導著中國農林部7個技術部門中的5個，5所國立研究所中的3所，10余所國立大學農學院中的7所；1950年代后在以“經(jīng)濟復興”為號召的臺灣農業(yè)界，大部分骨干是金大畢業(yè)生。

金陵大學畢業(yè)生、肄業(yè)生等校友檔案資料歸屬現(xiàn)南京大學，相關系科衍生或并入高校與南京大學擁有該系科部分共同校友。如原金陵大學教育系校友由南京大學和南京師范學院（今南京師范大學）共同所有，原金陵大學林學系校友由南京大學和南京林學院（今南京林業(yè)大學）共同所有等。