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七月份單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到36篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來先看看其中5篇。

【標(biāo)題】單細(xì)胞RNA-Seq揭示了小兒室管膜瘤的細(xì)胞層次和受損的發(fā)育軌跡

【平臺】Smart-seq2，10X，Illumina甲基化芯片

【期刊】Cancer?Cell（IF=23.9）

【時間】2020-07-13

【摘要】室管膜瘤是中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的異質(zhì)實(shí)體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應(yīng)用scRNA-seq來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內(nèi)異質(zhì)性和發(fā)育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細(xì)胞層級組成，其向神經(jīng)元-神經(jīng)膠質(zhì)命運(yùn)決定分化的三個譜系受損。盡管對室管膜瘤的預(yù)后有利的群主要包含分化的細(xì)胞，侵襲性的群中未分化的細(xì)胞群是豐富的。所描繪的轉(zhuǎn)錄組特征與患者的存活率相關(guān)，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學(xué)和臨床行為相關(guān)的發(fā)育層級。

【標(biāo)題】人鱗狀細(xì)胞癌成分和空間結(jié)構(gòu)的多模態(tài)分析

【平臺】10X （基因表達(dá)和空間轉(zhuǎn)錄組）

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-07-23

【摘要】為了確定皮膚鱗狀細(xì)胞癌(CSCC)的細(xì)胞組成和結(jié)構(gòu)，研究者將單細(xì)胞RNA測序與空間轉(zhuǎn)錄和來自一系列人類cSCC和配對正常皮膚的多重離子束成像相結(jié)合。CSCC有四個腫瘤亞群，三個涵蓋了正常表皮狀態(tài)，以及一個腫瘤特異性角質(zhì)形成細(xì)胞(TSK)群體，后者定位于纖維血管微環(huán)境中。單細(xì)胞和空間數(shù)據(jù)的整合將配體-受體網(wǎng)絡(luò)映射到特定的細(xì)胞類型，揭示了TSK細(xì)胞是細(xì)胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括T調(diào)節(jié)細(xì)胞(Treg)與CD8T細(xì)胞在分隔的腫瘤間質(zhì)中的共定位。最后，人類腫瘤移植的單細(xì)胞鑒定和體內(nèi)CRISPR篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網(wǎng)絡(luò)在腫瘤發(fā)生中的重要作用。這些數(shù)據(jù)定義了CSCC腫瘤和間質(zhì)細(xì)胞亞群，它們相互作用的空間區(qū)位，以及它們參與癌癥的通訊基因網(wǎng)絡(luò)。

【標(biāo)題】自我報(bào)告的轉(zhuǎn)座子可以同時讀出單個細(xì)胞中的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。

【平臺】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-07-24

【摘要】細(xì)胞異質(zhì)性混淆了轉(zhuǎn)錄因子(TF)結(jié)合的原位檢測。單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)將細(xì)胞類型從基因表達(dá)中去卷積，但沒有技術(shù)將細(xì)胞身份與這些細(xì)胞類型中的TF結(jié)合位點(diǎn)(TFBS)聯(lián)系起來。我們提出了自我報(bào)告轉(zhuǎn)座子(SRT)，并將其用于單細(xì)胞名片(SCCC)，這是一種在單細(xì)胞中同時測量基因表達(dá)和定位TFBS的新方法。從mRNA中恢復(fù)SRT的基因組位置，通過外源TF-轉(zhuǎn)座酶融合沉積的SRT可用于定位TFBS。研究者提出的SCCC，它映射來自scRNA-seq文庫的SRT，同時識別這些相同細(xì)胞中的細(xì)胞類型和TFBS。研究者使用此技術(shù)對多個TF進(jìn)行基準(zhǔn)測試。使用SCCC在K562細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)BRD4介導(dǎo)的細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換。最后，研究者在單細(xì)胞分辨率下定位了小鼠皮層中的BRD4結(jié)合位點(diǎn)，建立了一種原位研究TF生物學(xué)的新方法。

【標(biāo)題】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組譜分析揭示中性粒細(xì)胞在穩(wěn)態(tài)和感染中的異質(zhì)性

【平臺】10X

【期刊】Nature?Immunology（IF=23.5）

【時間】2020-07-27

【摘要】完整的嗜中性粒細(xì)胞異質(zhì)性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細(xì)胞RNA測序分析了超過25,000個分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細(xì)胞，以提供嗜中性粒細(xì)胞在其穩(wěn)態(tài)和細(xì)菌感染過程中的成熟，功能和命運(yùn)決定的全面轉(zhuǎn)錄情況。通過不同的分子特征定義了八個嗜中性粒細(xì)胞群。三個成熟的外周血中性粒細(xì)胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細(xì)胞亞群。在已知和未表征的轉(zhuǎn)錄因子的驅(qū)動下，嗜中性粒細(xì)胞在穿越轉(zhuǎn)錄環(huán)境時逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細(xì)胞應(yīng)答進(jìn)行精細(xì)調(diào)節(jié)的進(jìn)化機(jī)制。細(xì)菌感染可重編程中性粒細(xì)胞種群的遺傳結(jié)構(gòu)，改變亞種群和原始中性粒細(xì)胞之間的動態(tài)過渡，以增強(qiáng)功能，而不會影響整體異質(zhì)性?？傊@些數(shù)據(jù)建立了一個參考模型和總體框架，以單細(xì)胞分辨率研究嗜中性粒細(xì)胞相關(guān)疾病的機(jī)制，生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。

【標(biāo)題】單細(xì)胞分辨率下拉伸介導(dǎo)的皮膚擴(kuò)張機(jī)制

【平臺】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-07-29

【摘要】皮膚對拉伸的反應(yīng)能力已經(jīng)在重建手術(shù)中得到了利用。盡管表皮細(xì)胞對拉伸的反應(yīng)已經(jīng)在離體中進(jìn)行了研究，但尚不清楚機(jī)械力如何影響它們在體內(nèi)的行為。本文里，研究者開發(fā)了一個小鼠模型，在這個模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)行研究。使用克隆分析、定量建模和單細(xì)胞RNA測序相結(jié)合的多學(xué)科方法，表明了拉伸通過在表皮干細(xì)胞的更新活動中產(chǎn)生瞬時偏差來誘導(dǎo)皮膚擴(kuò)張，而第二亞群的基底干細(xì)胞仍然致力于分化。轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)圖譜確定了細(xì)胞狀態(tài)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是如何通過伸展來調(diào)節(jié)的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內(nèi)以單細(xì)胞分辨率控制拉伸介導(dǎo)的組織擴(kuò)張的逐步機(jī)制。

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綜上所述，該研究首次從單細(xì)胞水平詳細(xì)探討了腸道樣本中不同免疫細(xì)胞因免疫治療引起變化的機(jī)制，發(fā)現(xiàn)了毒性CD8+ T細(xì)胞，增殖CD8+ T細(xì)胞以及CD4+ Treg細(xì)胞在+CPI colitis樣本中的富集，并且基于TCR序列信息驗(yàn)證了+CPI colitis特異性以及CD8+ T細(xì)胞大部分來源于CD8+ Trm細(xì)胞，最后通過對不同細(xì)胞因子的分析識別出了潛在的因免疫檢測點(diǎn)阻斷誘發(fā)的腸炎或其他irAEs的治療靶點(diǎn)。