旗艦這個(gè)詞，是什么時(shí)候起源的，恐怕很難找到最初的源頭。畢竟在正規(guī)海戰(zhàn)出現(xiàn)前，就有內(nèi)陸水面，包括河流和湖泊上的艦船作戰(zhàn)。人類(lèi)發(fā)明獨(dú)木舟至少有上萬(wàn)年的歷史，那么水上交戰(zhàn)恐怕也有三四千年的歷史了。而早在三千年前，就有周昭王帶兵乘船在漢水上作戰(zhàn)，卻被楚人算計(jì)，最終船沉了，周王被當(dāng)即淹死的歷史記載。這說(shuō)明中原周邊的水上作戰(zhàn)很早就有。到了三國(guó)時(shí)代，像赤壁之戰(zhàn)已經(jīng)出現(xiàn)了雙方艦隊(duì)大規(guī)模排列在江面上會(huì)戰(zhàn)的形態(tài)，如果此時(shí)把曹操或者周瑜的指揮大旗直接搬到某艘大型樓船上指揮大規(guī)模的艦隊(duì)，那么這種主將所在的艦船就應(yīng)該叫旗艦。而西方的希波戰(zhàn)爭(zhēng)，早在2500多年前也已經(jīng)出現(xiàn)了海上艦隊(duì)的大規(guī)模互毆，那么其中必然有專(zhuān)門(mén)的艦隊(duì)司令所在的指揮艦，這就是西方旗艦的起源了。

而正規(guī)艦隊(duì)旗艦的出現(xiàn)，則基本是在大航海時(shí)代以后，也就是風(fēng)帆戰(zhàn)列艦大規(guī)模海上拼殺的時(shí)代，比如在特拉法爾加海戰(zhàn)中，納爾遜的勝利號(hào)就是典型的風(fēng)帆戰(zhàn)列艦艦隊(duì)中旗艦，一直保留至今。此時(shí)旗艦的意思，就不再是直接在艦隊(duì)司令的座艦上升起一個(gè)大大的“帥”字，而是有專(zhuān)門(mén)的司令旗，并且通過(guò)不斷的變換旗語(yǔ)、向艦隊(duì)中下屬的其他戰(zhàn)艦隨時(shí)下達(dá)不同的艦隊(duì)運(yùn)動(dòng)和作戰(zhàn)指令，因?yàn)樵跓o(wú)線(xiàn)電被發(fā)明和運(yùn)用到海戰(zhàn)之前，用旗語(yǔ)是最快最有效的下達(dá)和傳輸艦隊(duì)作戰(zhàn)命令的主要方式。艦隊(duì)的旗語(yǔ)也包括變換掛出的信號(hào)旗，以及信號(hào)兵通過(guò)不用的身體語(yǔ)言臨時(shí)傳輸?shù)男盘?hào)。到了夜間也可以用閃爍的燈光傳遞一定的指揮和溝通信息。艦隊(duì)白天用旗語(yǔ)、夜間用燈光可以在幾十海里的范圍內(nèi)快速接力式傳遞命令和信息。

因?yàn)樵诖蠛胶r(shí)代，很早就有了單目望遠(yuǎn)鏡，因此旗艦一旦掛出旗語(yǔ)，則分布在十幾海里范圍內(nèi)的本方艦支甚至對(duì)手的艦只，都可以較快的了解和破譯旗語(yǔ)的內(nèi)容。即使到了當(dāng)今，海上已經(jīng)使用了衛(wèi)星和短波通訊這些現(xiàn)代手段的情況下，最原始的國(guó)際海軍旗語(yǔ)仍然沒(méi)有過(guò)時(shí)。熟練地掌握基本的國(guó)際旗語(yǔ)的使用和解讀方法，仍然是當(dāng)今海軍指揮專(zhuān)業(yè)的最基本技能之一。而到了蒸汽鐵甲艦時(shí)代，艦隊(duì)作戰(zhàn)必須保持最專(zhuān)業(yè)的編隊(duì)隊(duì)形，也就是時(shí)刻要搶奪T字頭這種對(duì)本方艦隊(duì)集火炮擊最有利的海上隊(duì)形和位置，此時(shí)艦隊(duì)旗艦的作用則發(fā)揮到了極致。此時(shí)艦隊(duì)司令或者分艦隊(duì)司令一定會(huì)時(shí)刻在旗艦上指揮艦隊(duì)的移動(dòng)。一旦發(fā)現(xiàn)敵情則快速地通過(guò)無(wú)線(xiàn)電、旗語(yǔ)或燈光等多種方式同步下達(dá)命令，為了有利于觀察，

和根據(jù)瞬息萬(wàn)變的現(xiàn)場(chǎng)情況下達(dá)最有利的指令，此時(shí)艦隊(duì)旗艦都要盡量地航行在本艦隊(duì)最前方或者比較突前的位置。因此旗艦也必然最先接敵并且承受對(duì)手發(fā)射的猛烈炮火。為了同時(shí)具備比較強(qiáng)的機(jī)動(dòng)變換隊(duì)形的能力和對(duì)來(lái)襲炮火的防御力，此時(shí)旗艦多設(shè)置在戰(zhàn)列巡洋艦上面，而且有專(zhuān)門(mén)厚重裝甲防御的司令塔，就是擔(dān)心艦隊(duì)司令和指揮集體剛剛接敵就被對(duì)手一鍋端。在大東溝海戰(zhàn)這個(gè)全球最早的蒸汽鐵甲艦的艦隊(duì)決戰(zhàn)中，北洋艦隊(duì)的整體指揮從一開(kāi)始就出了問(wèn)題。因?yàn)樽鳛槠炫灥亩ㄟh(yuǎn)艦開(kāi)火的第一炮沒(méi)有打中對(duì)手，反倒直接震塌了司令艦橋，把提督丁汝昌摔成了重傷，這樣就等于全艦隊(duì)沒(méi)有了旗艦指揮，隊(duì)形頓時(shí)大亂，被對(duì)手迅速分割包圍。而致遠(yuǎn)此時(shí)主動(dòng)掛出司令旗，想接替定遠(yuǎn)艦的指揮位置。但是致遠(yuǎn)艦又被對(duì)艘敵艦反包圍，

最后時(shí)刻又沖得過(guò)于靠前，再次失去了旗艦對(duì)全艦隊(duì)的指揮作用。因此大東溝海戰(zhàn)失利有千萬(wàn)條理由，但是旗艦的作用從一開(kāi)始就失去，是所有失敗原因中最重要的一條。這個(gè)教訓(xùn)必須時(shí)刻記住。到了當(dāng)代，全球像樣的海軍仍然基本存在旗艦一說(shuō)。哪怕艦船數(shù)量比較少的海軍，也就會(huì)刻意拿出其中一艘噸位相對(duì)比較大、性能相對(duì)比較強(qiáng)的艦艇作為自家的旗艦。而對(duì)當(dāng)今的世界級(jí)大海軍來(lái)說(shuō)，各分艦隊(duì)的旗艦到底是哪一艘，反倒一般并不公開(kāi)。因?yàn)楝F(xiàn)代海軍其實(shí)早就是海陸空天一體，已經(jīng)不是完全靠旗語(yǔ)和現(xiàn)場(chǎng)指揮作戰(zhàn)的老式旗艦時(shí)代，提前公布艦隊(duì)旗艦是哪一艘，反倒有可能提前暴露艦隊(duì)指揮中心的位置而帶來(lái)不必要的麻煩。當(dāng)今的一些大型艦隊(duì)，有不少其實(shí)是雙指揮中心的設(shè)置，就是要防止旗艦一旦戰(zhàn)損，會(huì)出現(xiàn)指揮混亂的情況。