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8分+和38分+的“孟德爾隨機化”文章差別在哪里?學會它,發(fā)表超高分MR文章不是夢!

2023-06-08 16:41 作者:爾云間  | 我要投稿


近期小云分享了幾篇“孟德爾隨機化(MR)”的文章,反響很不錯,所以小云更有動力去找新文章啦~?~(ps:這回不等老板push,小云就主動出擊了,粉絲的關(guān)注就是小云更新的最大動力,威力超級大?。?/strong>

這回發(fā)現(xiàn)了一個38分+的MR好文,但還沒等小云高興完,轉(zhuǎn)頭又看見一個8分+的題目非常相似的文章,點進去一看,我天,主題一致,得出的結(jié)論也一致,甚至作者單位都同一大學···

這···小云必須得好好看看,搞清楚這兩篇文章怎么做到差距這么大的!學會了發(fā)文技巧,豈不是8分+的文章輕輕松松就升級到了38分+,這性價比簡直了呀,趕緊跟著小云往下看,這波錯過可就虧大了喲!

l?題目:系統(tǒng)性紅斑狼瘡和新冠肺炎之間沒有遺傳因果關(guān)系

l?雜志:Front. Immunol.

l?影響因子:IF=8.786

l?發(fā)表時間:2023年5月

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l?題目:新冠肺炎與系統(tǒng)性紅斑狼瘡的非因果關(guān)系:來自雙向孟德爾隨機化的證據(jù)

l?雜志:Journal of Infection

l?影響因子:IF=38.637

l?發(fā)表時間:2023年4月

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研究背景

自身免疫性疾病和新冠肺炎之間的聯(lián)系已經(jīng)引起了相當大的關(guān)注。已有證據(jù)表明,與普通人群相比,系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)患者(自體免疫疾病的一種類型)中冠狀病毒疾病2019(新冠肺炎)的患病率增加。然而,結(jié)論是不一致的,新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡之間的因果關(guān)系仍然不明。


研究方法對比

1. 數(shù)據(jù)來源對比

l?8分+文章:

1)新冠肺炎的GWAS數(shù)據(jù):新冠肺炎相關(guān)數(shù)據(jù)來自新冠肺炎宿主遺傳學倡議GWAS(版本5),作者從所有參與者都來自歐洲人群的研究中選擇數(shù)據(jù),并將整個人群用作對照。包含3類人群:新冠肺炎感染(總病例數(shù)= 38984,總對照數(shù)= 1644784)、住院的新冠肺炎(總病例數(shù)= 9986,總對照數(shù)= 1877672)和重癥新冠肺炎(總病例數(shù)= 5101,總對照數(shù)= 1383241)。

2)SLE的GWAS數(shù)據(jù):系統(tǒng)性紅斑狼瘡的遺傳數(shù)據(jù)是從邊沁等人的最大公共GWAS薈萃分析中檢索得到的,其中包括7219例病例和15991例對照。

l?38分+文章:

1)新冠肺炎的GWAS數(shù)據(jù):新冠肺炎的數(shù)據(jù)從新冠肺炎宿主遺傳學倡議的最新r7版本中獲得,包括三類人群:新型冠狀病毒感染、住院新冠肺炎和重癥新冠肺炎。作者在歐洲人群中使用GWAS的匯總統(tǒng)計進行了MR研究,并在東亞血統(tǒng)人群中驗證了研究結(jié)果。

2)SLE的GWAS數(shù)據(jù):系統(tǒng)性紅斑狼瘡的遺傳數(shù)據(jù)是迄今為止最大的GWAS薈萃分析中檢索得到的,包括14267例個體。同樣是在歐洲人群中進行MR研究,并在東亞血統(tǒng)人群中驗證。(詳見表S1)

表S1數(shù)據(jù)來源


l?異同點:兩篇文章的數(shù)據(jù)來源有所差異,主要是8分+文章只在歐洲人群中進行MR研究,而38分+文章既用了歐洲人群數(shù)據(jù),還在東亞人群中進行了驗證。一個是數(shù)據(jù)量增大,相當于分析了2套數(shù)據(jù);另一個是有驗證過程,這兩點其實也是影響文章分數(shù)最大的點。所以高分文章要求的研究數(shù)據(jù)量會更大一些,并且最好有驗證過程,這2點需要注意下哦!


2. 工具變量的選擇對比

l?8分+文章:

根據(jù)工具變量(IVs)選擇標準:SLE中共有41個SNP作為工作變量納入MR研究;重癥新冠肺炎中共有7個IVs納入MR研究;住院新冠肺炎中共有5個IVs納入MR研究;新冠肺炎感染中共有5個IVs納入MR研究。

l?38分+文章:

根據(jù)工具變量(IVs)選擇標準:新型冠狀病毒感染中共有12個SNP作為工作變量納入MR研究;重癥新冠肺炎中共有26個IVs納入MR研究;住院新冠肺炎中共有29個IVs納入MR研究;SLE中共有41個IVs納入MR研究。

l?異同點:38分+文章中新冠肺炎多用的IVs數(shù)量較多。


3. MR分析方法對比

l?8分+文章:

該研究分析了三種類型的新冠肺炎感染,并進行了雙向雙樣本MR研究,以評估新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡之間的因果關(guān)系。研究使用四種高效互補的方法即MR-Egger、加權(quán)中位數(shù)、加權(quán)模式和逆方差加權(quán)(IVW),其中IVW是主要的分析方法。使用MR-Egger回歸和MR多效性殘差和異常值(MR-PRESSO)方法評估IVs的潛在水平多效性。使用Cochran’s Q統(tǒng)計檢測并量化IVs間的異質(zhì)性,使用留一法敏感性分析確定和排除對結(jié)果有強烈影響的SNP,以確保因果效應估計的可靠性和穩(wěn)定性。該研究分析了三種類型的新冠肺炎感染,并進行了雙向雙樣本MR研究,以評估新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡之間的因果關(guān)系。

l?38分+文章:

該研究使用雙向的MR來揭示COVID-19和系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)之間的因果關(guān)系,即分別評估COVID-19對SLE和SLE對COVID-19的影響。采用逆方差加權(quán)(IVW)模型作為主要的分析方法,并應用額外的敏感性分析方法,即MR-Egger、加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式,以確保結(jié)果的穩(wěn)健性。多重性是通過MR-Egger回歸的截距估計的,異質(zhì)性是通過IVW方法中的Cochran's Q檢驗評估的,另外還通過留一法評估了個別SNP是否存在獨立影響結(jié)果的偏差。

l?異同點:兩個文章用的MR分析方法基本一致。

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主要結(jié)果對比

l?8分+文章:

1)SLE對新冠肺炎的影響:IVW結(jié)果顯示系統(tǒng)性紅斑狼瘡對嚴重新冠肺炎和新冠肺炎感染有負面影響,但經(jīng)Bonferroni校正后影響消失。未觀察到系統(tǒng)性紅斑狼瘡對住院新冠肺炎的因果關(guān)系。

2)新冠肺炎對SLE的影響:未發(fā)現(xiàn)嚴重新冠肺炎、住院新冠肺炎和新冠肺炎感染對SLE有因果關(guān)系(圖1)。

圖1?系統(tǒng)性紅斑狼瘡和新冠肺炎之間的因果關(guān)系


l?38分+文章:

1)基于歐洲人群的IVW分析顯示,COVID-19對系統(tǒng)性紅斑狼瘡的易感性、住院率和嚴重程度,以及系統(tǒng)性紅斑狼瘡對COVID-19的易感性、住院率和嚴重程度,都沒有遺傳關(guān)系。結(jié)果表明,新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡風險之間沒有因果關(guān)系(圖2)。(ps:森林圖繪制也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實現(xiàn),云生信分析工具平臺包含超多零代碼分析和繪圖小工具,上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖,感興趣的小伙伴歡迎來嘗試喲,網(wǎng)址:http://www.biocloudservice.com/home.html

2)在東亞人群中進行的重復驗證分析也顯示了一致的結(jié)果,即遺傳預測的易感性、住院和新冠肺炎的嚴重程度與SLE的風險無關(guān)(圖3)。

圖2 歐洲人群中新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡風險之間的遺傳因果關(guān)系


?圖3?東亞人群中新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡風險之間的遺傳因果關(guān)系。


l?異同點:兩個文章得到的結(jié)論也基本一致:均表明,新冠肺炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡風險之間沒有因果關(guān)系。

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小結(jié)

綜合對比下來,可以看出這2篇文章最大的差別就是數(shù)據(jù)應用,添加一個驗證人群提高分數(shù)的效果真是相當哇塞!雖然兩篇文章分數(shù)有差距,但都屬于高性價比發(fā)文途徑,只需公共數(shù)據(jù)挖掘+分析,就能發(fā)到如此高分的期刊,你看了是否心動了呀?如果你也有無法做實驗的困擾,或者想在臨床、流行病學方向發(fā)高分文章,不妨試試這個省錢省時又省力的思路吧!?


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