軟件版本：Bonsai 2.7.2

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更多內(nèi)容詳見官網(wǎng)：http://bonsai-rx.org/

特別鳴謝：

安裝并運行Bonsai，根據(jù)圖示打開Pupillometry.bonsai。

首次運行軟件時需安裝指定功能包，往后啟動無需再次操作。

模塊概述：

序號

0：運行流程

1：導入視頻

2：裁剪畫面（可選）

3：BGR色彩模式轉黑白模式（可選）

4：黑白轉回BGR（可選）

5：BGR轉HSV

6：設置HSV閾值范圍

7：查找符合閾值范圍的區(qū)域

8：分析這些區(qū)域的大小

9：選取其中最大的一個區(qū)域（應為孔徑）

10：逐幀分析該區(qū)域的最長徑和最短徑

11：導出孔徑數(shù)據(jù)。

模塊1、11：

選擇模塊1導入需要分析的視頻；選擇模塊11預設結果導出路徑。

模塊1：

運行流程前雙擊模塊1可導入視頻，運行后雙擊可播放視頻，播放完畢流程會自動停止。

為了能有充分的時間設置參數(shù)，默認開啟loop功能，設置完參數(shù)后建議關閉loop。

模塊2、3、4：

默認不啟用，視情況手動選擇是否開啟。

模塊2：

用于在固定位置裁剪視頻。

在運行狀態(tài)下雙擊模塊2，按圖示選取要截取的區(qū)域。四個數(shù)值分別代表：（紅色截取區(qū)域與窗口左邊界的距離、與上邊界的距離、區(qū)域長、區(qū)域寬）。

為便于后續(xù)回頭檢查，若有裁剪視頻，建議記下對應的四個數(shù)值。

模塊3、4（需同時開啟/關閉）：

個別視頻拍到的瞳孔邊界不夠清晰，可通過模塊3將原視頻畫面從BGR色彩模式轉為Gray模式，再通過模塊4令Gray模式重新轉為BGR模式，此時瞳孔邊界也許能清晰一些。

但這種方法不一定有用，且會造成畫面色彩丟失降低分析效果。拍攝清晰的原始視頻對后期的數(shù)據(jù)分析非常重要。

模塊5：

用于將畫面從BGR色彩模式轉為HSV模式，可以查看視頻畫面的HSV色值（圖中省略了模塊2、3、4，不影響運行）。

模塊6：

用于設置瞳孔所在區(qū)域的HSV數(shù)值范圍，不同視頻的HSV閾值不同，此處僅為舉例。

由于該值會影響最終結果，且數(shù)值的確定受分析者的主觀影響較大，建議記下每個視頻分析使用的HSV閾值范圍。

模塊7、8、9、10：

這四個模塊無需額外操作，功能參考第四頁。確認捕捉到良好的瞳孔畫面后重啟流程，運行結束即可在模塊11的預設目錄查看孔徑數(shù)據(jù)。

若沒開loop，軟件會在后臺播放完一輪視頻便自動停止，并生成該輪視頻中孔徑變化數(shù)據(jù)的csv文件；若打開loop，則需手動停止，并生成與實際循環(huán)播放時間相同的孔徑變化數(shù)據(jù)。

最終獲得的數(shù)據(jù)參見圖：

第1列為LargestBinaryRegion視頻中藍色線條（MajorAxisLength）的長度，單位為像素（pixel）；

第2列為LargestBinaryRegion視頻中紅色線條（MinorAxisLength）的長度，單位為像素（pixel）；

行數(shù)為FileCapture視頻中畫面的幀數(shù)（Frame）。

若需使用Moving Average Filter平滑數(shù)據(jù)，可參考PPT內(nèi)的模板。只需修改第1/2列的原始數(shù)據(jù)，即可在第4/5列自動計算平滑后的結果，周期暫設為30 Frames。