經(jīng)驗分享

vasp軟件的輸入文件包括INCAR，KPOINTS，POSCAR和POTCAR，其中INCAR為計算的設(shè)置文件，POSCAR為計算模型的結(jié)構(gòu)信息，KPOINTS為網(wǎng)格密度設(shè)置，POTCAR為贗勢信息。而在Quantum ESPRESSO軟件包中，對于不同的計算任務(wù)則需要寫入不同的in文件，如以pw.x計算結(jié)構(gòu)優(yōu)化和自洽時，所需in文件的內(nèi)容則等同于包括了INCAR、POSCAR和KPOINTS，同時也需要指定好相關(guān)贗勢的路徑和文件名稱。

由于pw.x所需in文件內(nèi)容較為復(fù)雜，手動編寫麻煩，這里借助vaspkit，將已有vasp輸入文件快速轉(zhuǎn)化為in文件

在轉(zhuǎn)化之前準備好POSCAR、KPOINTS文件

借助于vaspkit的416功能

如果沒有準備KPOINTS則會報錯

生成的pwscf.In文件為模版內(nèi)容，如有計算需要，則自行修改。

其中 pseudo_dir =和 ATOMIC_SPECIES位置在進行QE計算之前需要完全確定好。

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?&CONTROL

?calculation = 'relax'

?title = 'pwscf'

?restart_mode = 'from_scratch'

?outdir = './'

?prefix = 'pwscf'

?wf_collect = .true.

?pseudo_dir = './'

?etot_conv_thr = 1.0D-6

?forc_conv_thr = 1.0D-6

?tstress = .true.

?tprnfor = .true.

?/

?&SYSTEM

?ibrav = 0

?nat=? ? ? ? ? 20

?ntyp=? ? ? ? ? ?4

?ecutwfc = 50

?ecutrho = 400

?occupations = 'smearing'

?degauss = 0.001

?smearing = 'gaussian'

?/

?&ELECTRONS

?electron_maxstep = 250

?conv_thr = 1.0D-10

?diagonalization = 'cg'

?/

? &IONS

?ion_dynamics = 'bfgs'

?pot_extrapolation = 'second_order'

?wfc_extrapolation = 'second_order'

?/

?&CELL

?cell_dynamics = 'bfgs'

?press_conv_thr = 0.1

?/

?ATOMIC_SPECIES

?P? ATOMIC_MASS? ? P_PSEUdo

?S? ATOMIC_MASS? ? S_PSEUdo

?Cu ATOMIC_MASS? ?Cu_PSEUdo

?In ATOMIC_MASS? ?In_PSEUdo

?

?K_POINTS { automatic }

? ?5? ?5? ?2? ?0.000000? ?0.000000? ?0.000000

?

?CELL_PARAMETERS (angstrom)

? ? 3.0713142534? ? 5.3143103819? ? 0.0000000000

? ?-3.0713142534? ? 5.3143103819? ? 0.0000000000

? ?-2.0331424593? ? 0.0000000000? ?13.7129044246

?

?ATOMIC_POSITIONS (crystal)

? P? ? 0.6120167299? ? 0.8952915069? ? 0.3337950929

? P? ? 0.5574443271? ? 0.9513622495? ? 0.1694800230

? P? ? 0.1047084931? ? 0.3879832701? ? 0.8337950929

? P? ? 0.0486377505? ? 0.4425556729? ? 0.6694800230

? S? ? 0.8701965644? ? 0.9490888864? ? 0.1305656946

? S? ? 0.9325699557? ? 0.5448957766? ? 0.3774602855

? S? ? 0.6580069895? ? 0.1846603003? ? 0.3789131289

? S? ? 0.2921182450? ? 0.9100464945? ? 0.3786027656

? S? ? 0.5295430290? ? 0.6541199142? ? 0.1292835356

? S? ? 0.2344427778? ? 0.2906374998? ? 0.1312045491

? S? ? 0.0509111136? ? 0.1298034356? ? 0.6305656946

? S? ? 0.4551042234? ? 0.0674300443? ? 0.8774602855

? S? ? 0.8153396997? ? 0.3419930105? ? 0.8789131289

? S? ? 0.0899535055? ? 0.7078817550? ? 0.8786027656

? S? ? 0.3458800858? ? 0.4704569710? ? 0.6292835356

? S? ? 0.7093625002? ? 0.7655572222? ? 0.6312045491

?Cu? ? 0.2902955674? ? 0.5508846117? ? 0.3647423517

?Cu? ? 0.4491153883? ? 0.7097044326? ? 0.8647423517

?In? ? 0.9123898369? ? 0.2620767557? ? 0.2361130171

?In? ? 0.7379232443? ? 0.0876101631? ? 0.7361130171




下面借用某中文智能語言模型對該in文件的解釋:

1. 這段代碼是一個用于進行密度泛函理論（DFT）計算的輸入文件，使用Quantum ESPRESSO軟件包進行處理。以下是代碼中各個部分的功能解釋：

2. &CONTROL: 控制參數(shù)部分，指定了一些計算的控制參數(shù)，如計算模式（calculation）、標題（title）、重啟模式（restart_mode）、輸出目錄（outdir）、前綴（prefix）等。其中，計算模式被設(shè)置為'relax'，表示將執(zhí)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化計算；重啟模式被設(shè)置為'from_scratch'，表示從原始輸入文件重新開始計算；輸出目錄和前綴指定了輸出文件和日志文件的位置和名稱。

3. &SYSTEM: 系統(tǒng)參數(shù)部分，指定了模擬系統(tǒng)的參數(shù)，如晶格參數(shù)（ibrav）、原子數(shù)量（nat）、原子類型（ntyp）、能量截斷（ecutwfc和ecutrho）、占據(jù)數(shù)（occupations）、自洽迭代收斂閾值（conv_thr）等。其中，ibrav設(shè)置為0表示使用默認的晶格類型；nat設(shè)置為20表示模擬系統(tǒng)中包含20個原子；ecutwfc和ecutrho分別表示平面波基組和密度泛函的能量截斷。

4. &ELECTRONS: 電子參數(shù)部分，指定了電子計算的參數(shù)，如電子最大步數(shù)（electron_maxstep）、自洽迭代收斂閾值（conv_thr）、對角化方法（diagonalization）等。

5. &IONS: 離子參數(shù)部分，指定了離子計算的參數(shù)，如離子動力學方法（ion_dynamics）、勢能外推方法（pot_extrapolation）、波函數(shù)外推方法（wfc_extrapolation）等。

6. &CELL: 細胞參數(shù)部分，指定了晶胞計算的參數(shù)，如晶胞動力學方法（cell_dynamics）、壓力收斂閾值（press_conv_thr）等。

7. ATOMIC_SPECIES: 原子種類部分，定義了模擬系統(tǒng)中的四種原子類型，包括元素名稱、原子質(zhì)量和對應(yīng)的pseudopotential文件。

8. K_POINTS: k點部分，定義了布里淵區(qū)的k點采樣。

9. CELL_PARAMETERS: 晶胞參數(shù)部分，定義了晶格參數(shù)。

10. ATOMIC_POSITIONS: 原子位置部分，定義了模擬系統(tǒng)中每種原子的位置坐標。

11. 這段代碼主要的功能是進行密度泛函理論計算，并對一個包含20個原子的固體進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和性質(zhì)計算。

愿有所成

IEchoQ

引喻失義? ?妄自菲薄