生物有機肥的特點是既有中國傳統(tǒng)生產(chǎn)有機肥的功能，還含有需要大量的有益影響生物菌劑，它既有文化傳統(tǒng)有機肥的特征，又有生物肥的特點。它克服了有機肥的缺點，又補充了生物肥單獨使用時進行營養(yǎng)管理不夠的缺陷。同時可以使用不同有機肥和生物肥是一項經(jīng)濟互補的農(nóng)藝技術(shù)措施。

傳統(tǒng)的有機肥料一般是指農(nóng)家肥料。大部分原料由農(nóng)民收集，經(jīng)過一段時間的自然堆肥后施用于農(nóng)田。傳統(tǒng)的有機肥料不使用細(xì)菌，而是自然發(fā)酵和發(fā)酵微生物，這是在自然環(huán)境中的各種微生物。特別是在病害多發(fā)的地區(qū)，環(huán)境中的病原微生物也隨之繁殖，影響農(nóng)作物甚至人體健康。

生物有機肥是在一定的封閉環(huán)境中，用非致病有益微生物進行好氧發(fā)酵。發(fā)酵過程達到60℃以上，殺滅病原微生物、雜草種子和蟲卵。因此，腐熟的有機肥不存在影響農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的不利因素。一些企業(yè)為了提高生物菌肥的針對性，還在腐熟的有機肥中添加純凈的、有針對性的有益微生物，或者通過二次發(fā)酵增加有益微生物的含量，提高微生物菌劑的增效作用。

使用大量傳統(tǒng)肥料的農(nóng)民得到的教訓(xùn)是，使用傳統(tǒng)有機肥越多，病蟲害就越多，使用的殺蟲劑和除草劑就越多，從而增加了成本。為了提高傳統(tǒng)有機肥的成熟度，延長有機肥的成熟期，有機質(zhì)進入?yún)捬醢l(fā)酵過程，產(chǎn)生大量的臭味，使有機肥失去肥力。如果發(fā)酵時間縮短，成熟度不夠，病蟲草害增多，影響植物對養(yǎng)分的吸收。

生物有機肥可以解決這些傳統(tǒng)有機肥的缺陷。生物有機肥具有無異味、無病、無雜草、無害蟲的優(yōu)點。生物有機肥比單純的生物肥料或以無機物為載體的生物制劑更有效。由于有機營養(yǎng)物質(zhì)的缺乏，無機載體的微生物菌劑中活菌含量只會隨著時間的延長和無機載體滲透壓的變化而降低。有機肥作為載體的存在，會對生物制劑產(chǎn)生乘數(shù)效應(yīng)。生物有機肥兼有生物肥和有機肥的優(yōu)點，是比傳統(tǒng)農(nóng)家肥更好的肥料。