「青蓮聚焦」修飾類產(chǎn)品相關(guān)問題蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題(八)
蛋白質(zhì)組學(xué)(英語:proteomics,又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)),是以蛋白質(zhì)組為研究對象,研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個概念最早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名詞。
上次分享了蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題(七),本周二將分享蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題(八)~
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1.?修飾組學(xué)都是分三個餾份嗎?比如乙?;头核鼗??
答案:是的
2.如何判斷某個氨基酸發(fā)生了磷酸化?
答案:判斷修飾位點的工作都是由軟件搜庫時一次性完成的,搜結(jié)果中會給出修飾位點。
原理一般如下,質(zhì)譜打到肽段,判斷某個地方是否發(fā)生磷酸化修飾,就是看某個肽段是否多了80Da的分子量,一般發(fā)生磷酸化是STY三個點,如果一個肽段例如VAMEKKTK,整個肽段就是多了80Da,不同碎片離子的分子量變化也能與這個位點相對應(yīng),所以就會判定磷酸化修飾就發(fā)生在了T這個位點上,因此判定這個位點發(fā)生了磷酸化修飾。
3.?磷酸化修飾的介紹、發(fā)生的位點、研究哪些方向會用到磷酸化?修飾蛋白組學(xué)分析中磷酸化修飾蛋白的富集方法有哪些,我公司用的是什么富集方法?
答案:磷酸化是一種常見的可逆的翻譯后修飾,在細(xì)胞信號傳導(dǎo)等眾多的生物過程中發(fā)揮調(diào)節(jié)作用,修飾常常發(fā)生在S、T、Y位點上;
研究信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期、生長發(fā)育以及癌癥機(jī)理等方向會用到;富集方法:TiO2富集,固相金屬親和色譜IMAC富集,?pY-1000基序抗體富集我們公司采用具有順磁特性的多孔瓊脂糖?TiO2?磁珠作為工具,對模型樣品和復(fù)雜樣品中的磷酸肽進(jìn)行富集。
4.?修飾蛋白組學(xué)分析中泛素化修飾:修飾的介紹、發(fā)生的位點、用到這種修飾的研究哪些方向及修飾肽段富集方法是什么?
答案:泛素化是指泛素(一類低分子量的蛋白質(zhì))分子在一系列特殊的酶作用下,將細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)分類,從中選出靶蛋白分子,并對靶蛋白進(jìn)行特異性修飾的過程。發(fā)生位點:K。
泛素化參與了細(xì)胞周期、增殖、凋亡、分化、轉(zhuǎn)移、基因表達(dá)、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、信號傳遞、損傷修復(fù)、炎癥免疫等幾乎一切生命活動的調(diào)控,與腫瘤、心血管等疾病的發(fā)病密切相關(guān)。
二甘氨酰賴氨酸抗體富集:能夠特異性識別Gly-Gly- ε-Lys結(jié)構(gòu)域的抗體,用于富集泛素化信號肽,廣泛用于泛素化修飾組學(xué)分析。
5.?修飾蛋白組學(xué)分析中乙?;揎棧盒揎椀慕榻B、發(fā)生的位點、用到這種修飾的研究哪些方向及修飾肽段富集方法是什么?
答案:蛋白質(zhì)?;且环N特殊的蛋白翻譯后修飾,其修飾基團(tuán)的供體由體內(nèi)代謝途徑的中間產(chǎn)物,如乙?;揎椀囊阴;且阴]o酶A?提供。
修飾發(fā)生位點:K。
樣品經(jīng)Trypsin酶切,本公司采用商品化試劑盒乙酰化特異性抗體進(jìn)行乙?;亩蔚母患?。
6.?修飾蛋白組學(xué)分析中甲基化修飾:修飾的介紹、發(fā)生的位點、甲基化修飾的影響及修飾肽段富集方法是?
答案:蛋白質(zhì)甲基化修飾(Methylation)是表觀遺傳學(xué)的重要研究內(nèi)容之一。甲基化多發(fā)生在轉(zhuǎn)錄因子和核蛋白質(zhì)上,也有少量胞質(zhì)蛋白會發(fā)生。
修飾發(fā)生位點:K/R。精氨酸甲基化參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控,介導(dǎo)DNA損傷修復(fù)。賴氨酸甲基化可調(diào)控組蛋白功能,參與基因轉(zhuǎn)錄的表觀調(diào)控。
利用CST公司針對不同甲基化位點和修飾形式的基序抗體對甲基化肽段富集后,再用LC-MS/MS分析,實現(xiàn)大規(guī)模甲基化蛋白質(zhì)定
7.?修飾蛋白組學(xué)分析中糖基化修飾:修飾的介紹、發(fā)生的位點及修飾肽段富集方法是?
答案:糖基化修飾主要發(fā)生在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體。主要過程是將糖基在糖基轉(zhuǎn)移酶作用下將糖鏈轉(zhuǎn)移至蛋白質(zhì),和蛋白質(zhì)上的氨基酸殘基形成糖苷鍵。
修飾位點:O-糖基化修飾位點:S、T、K;N-糖基化修飾位點:N。
富集方法:利用HILIC富集。
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