微生物肥料又稱生物肥料，是通過產(chǎn)品中所含的功能微生物來發(fā)揮作用的。地表的巖石經(jīng)過物理風(fēng)化、化學(xué)風(fēng)化和生物風(fēng)化，逐漸形成土壤。有機質(zhì)和微生物進(jìn)入風(fēng)化土壤后，加速了土壤的形成過程。微生物的生長和繁殖需要食物(營養(yǎng))。以無機物為食的微生物生長非常緩慢，對土壤形成過程的影響也相對較慢。以有機物為食的微生物生長繁殖非?？?，能迅速形成大量細(xì)菌和代謝產(chǎn)物。這些代謝產(chǎn)物可被植物直接吸收，用于其生長并形成許多風(fēng)味物質(zhì)。有的還能在風(fēng)化土壤成土過程中發(fā)揮作用，使土壤具有保水、保氣、保肥、保溫的功能。這些微生物在以有機物為食的過程中，也會將有機物分解成便于植物吸收的小分子。這些小分子有機化合物還有利于風(fēng)化土壤的成土過程，增加土壤肥力和水、氣、肥、保溫功能，大大改善農(nóng)田土壤質(zhì)量。

施入土壤中的微生物在分解進(jìn)行土壤有機物的同時也分泌了一些相關(guān)代謝產(chǎn)物，如有機酸、多糖等，這些企業(yè)物質(zhì)能增加以及無機礦物質(zhì)的溶解性，供植物可以吸收。這些社會物質(zhì)文化能將施入土壤環(huán)境中被使用固定的化肥中的磷、微量元素等活化，供植物通過吸收，例如鉀細(xì)菌、磷細(xì)菌等。具有固氮系統(tǒng)功能的微生物能利用中國空氣中的氮氣合成農(nóng)作物發(fā)展需要的氨，供作物合成一個氨基酸、含氮生物化學(xué)活性研究物質(zhì)，從而提高合成蛋白質(zhì)、代謝調(diào)節(jié)物和各種不同營養(yǎng)物。

微生物肥料在農(nóng)田中的作用是多方面的。由于使用微生物肥料，微生物增殖，影響和限制病原微生物的增殖，長期連續(xù)使用微生物肥料可以減少農(nóng)場病害。某些細(xì)菌在微生物肥料中能分泌抗菌物質(zhì)，抑制病原微生物的生長，減少農(nóng)業(yè)病害，可節(jié)約農(nóng)藥使用成本。

微生物是土壤中最活躍的成分。它們主要依靠土壤有機質(zhì)作為生存的食物，做增加土壤肥力的工作。如果土壤中沒有微生物，只添加有機物，就無法提高土壤肥力。巖石的粉末形成土壤，土壤沒有水、有機物和微生物就不能形成肥沃的土壤。沙漠化的土地是缺乏水、有機物和微生物的。在一個缺乏有機物和微生物的沙漠里，即使下雨，也不可能含有水分，落在沙漠里的雨水很快被蒸發(fā)和滲漏。在沙漠里種草種樹也很難生存。

長期使用化肥，不使用有機肥料，甚至焚燒有機秸稈使其在肥沃的黑土上變成無機物，當(dāng)土壤中的有機質(zhì)耗盡時，富含有機質(zhì)，數(shù)千年來積累有機質(zhì)并被微生物分解的黑土也因不斷使用化肥和焚燒秸稈而荒漠化。因此，同時施用有機肥和微生物肥有利于土壤肥力的提高，同時施用有機秸稈和微生物肥料是防治沙漠化的有效措施。