【R語言】如何繪制火山圖
火山圖在轉(zhuǎn)錄組,基因組,蛋白質(zhì)組,代謝組文章中經(jīng)常出現(xiàn),其實火山圖是散點圖的一種,它將統(tǒng)計測試中的統(tǒng)計顯著性量度和變化幅度相結(jié)合,通過不同顏色的散點來表示基因的差異。通常橫坐標(biāo)用log2FoldChange表示,差異越大的基因分布在兩端,縱坐標(biāo)用-log10(p value)表示,T檢驗顯著性P值的負對數(shù)。常應(yīng)用于等統(tǒng)計數(shù)據(jù)。通常差異倍數(shù)越大的基因T檢驗越顯著,所以往往關(guān)注左上角和右上角的值。
FoldChange翻譯成中文是差異倍數(shù),簡單來說就是基因在一組樣品中的表達值的均值除以其在另一組樣品中的表達值的均值。所以火山圖只適合展示兩組樣品之間的比較。

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