計算機輔助藥物設(shè)計及分子動力學(xué)
專題一:CADD蛋白結(jié)構(gòu)分析、虛擬篩選、分子對接。生物分子互作基礎(chǔ)、蛋白數(shù)據(jù)庫、蛋白結(jié)構(gòu)分析、同源建模、小分子構(gòu)建、小分子化合物庫、生物分子相互作用、虛擬篩選、小分子格式轉(zhuǎn)換、蛋白-蛋白大分子對接、小分子與小分子對接、基于碎片藥物設(shè)計、構(gòu)效關(guān)系分析
專題二:AMBER分子動力學(xué)能量優(yōu)化與分析、結(jié)合自由能計算:分子力學(xué)簡介、分子力場、LINUX 簡介、AMBER簡介和安裝、模型文件的預(yù)處理、能量優(yōu)化、分子動力學(xué)模擬、焓變計算、熵變計算、3D可視化分析、構(gòu)象分析、能量分析、經(jīng)典工作復(fù)現(xiàn)
專題三:薛定諤分子對接、藥效團虛擬篩選、3D-QSAR化合物活性分析專題:1. 分子對接基礎(chǔ)、原理及對接軟件介紹;2. 分子對接軟件(薛定諤) 使用;3.基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選(薛定諤);4. 共價對接(薛定諤);5. 藥效團構(gòu)建虛擬篩選(薛定諤)及結(jié)果分析;6. 構(gòu)效關(guān)系模型(3D-QSAR)構(gòu)建及化合物活性分析
專題課程四:AIDD人工智能(機器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí))輔助藥物發(fā)現(xiàn)專題:計算機輔助藥物分子設(shè)計;
Anaconda3的安裝配置;AIDD簡介——分類和回歸任務(wù);基于淺層機器學(xué)習(xí)的藥物發(fā)現(xiàn);基于淺層學(xué)習(xí)的藥物發(fā)現(xiàn);基于淺層學(xué)習(xí)分類的虛擬篩選;基于深度學(xué)習(xí)的藥物發(fā)現(xiàn);使用DNN,GCN,GAT等主流深度學(xué)習(xí)模型進行實操
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