FFPE樣本空間轉(zhuǎn)錄組

FFPE處理是目前長(zhǎng)期保存病理樣本的標(biāo)準(zhǔn)化方法，保存了大量的臨床上患病和正常組織的樣本資源，該樣本代表了珍貴且來源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料，據(jù)統(tǒng)計(jì)世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫中，其中絕大多數(shù)是FFPE樣品。但是由于FFPE樣本通常珍貴且保存時(shí)間長(zhǎng)，存在RNA/DNA量少和高度降解的問題，因此如何獲得FFPE樣本所蘊(yùn)藏的生物信息，如何利用分子生物學(xué)方法對(duì)FFPE 樣本進(jìn)行檢測(cè)，進(jìn)而針對(duì)FFPE樣本進(jìn)行高通量組學(xué)分析就變得越來越重要。

伯豪生物FFPE樣本時(shí)空組學(xué)解決方案一經(jīng)推出即得到客戶的廣泛關(guān)注，尤其是基于Visium CytAssist的空間轉(zhuǎn)錄組解決方案，以其便捷的操作和強(qiáng)大的技術(shù)優(yōu)勢(shì)，成為當(dāng)下FFPE樣本空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的熱門之選。

Visium CytAssist 實(shí)驗(yàn)流程

首先將FFPE組織切片貼放在標(biāo)準(zhǔn)載玻片上，繼而在標(biāo)準(zhǔn)載玻片上進(jìn)行FFPE組織切片的脫蠟、染色和成像(H&E用于形態(tài)學(xué)分析,或IF用于蛋白共檢測(cè))，然后根據(jù)組織形態(tài)學(xué)或免疫熒光標(biāo)記選取自己感興趣的樣本，隨后進(jìn)行組織切片的mRNA解交聯(lián)和探針隔夜雜交。然后將最多兩張標(biāo)準(zhǔn)載玻片和一張含兩個(gè)捕獲區(qū)域（6.5 mm x 6.5 mm 或者 11 mm x 11 mm）的Visium玻片放入CytAssist儀器中,讓標(biāo)準(zhǔn)載玻片上選取的組織區(qū)域與兩個(gè)Visium捕獲區(qū)域進(jìn)行對(duì)齊。儀器內(nèi)置的成像系統(tǒng)將捕獲明場(chǎng)圖像，以確定空間方向，并用于下游比對(duì)和數(shù)據(jù)分析, 然后將轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)分析物轉(zhuǎn)移到Visium玻片表面，與Visium玻片對(duì)應(yīng)Spots位置的高密度核酸探針進(jìn)行雜交，然后通過探針延伸加上空間條形碼序列，接下來就可以將帶有空間序列的分析物從玻片上洗脫下來，制備測(cè)序文庫，并進(jìn)行后續(xù)的空間轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的空間分析了。

伯豪生物技術(shù)專家親測(cè)

Visium CytAssist數(shù)據(jù)優(yōu)異

伯豪對(duì)Visium CytAssist平臺(tái)的FFPE空轉(zhuǎn)進(jìn)行了測(cè)試，測(cè)試樣本的RNA DV200值在45左右，相應(yīng)得到的spot的平均中位基因數(shù)7218個(gè)。同樣地，10x官方數(shù)據(jù)顯示：FFPE樣本的平均每個(gè)spot的中位基因數(shù)7448個(gè)，平均DV200值為57.75。伯豪測(cè)試數(shù)據(jù)結(jié)果與10X官方結(jié)果一致。

Visium CytAssist?

FFPE空間多組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1.樣本兼容性高

FFPE空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)不再局限于石蠟塊，預(yù)貼片、預(yù)H&E染色的組織切片都可以通過Visium CytAssist系統(tǒng)將分析物從載玻片轉(zhuǎn)移到Visium玻片的捕獲區(qū)域。

2.捕獲面積大

Visium CytAssist能夠同時(shí)兼容6.5mm*6.5mm和11mm*11mm樣本。

3.質(zhì)控要求低

Visium CytAssist對(duì)樣本的DV200要求僅為30%，允許檢測(cè)更多長(zhǎng)期保存的高度降解的樣本。

4.基因檢出率高

Visium CytAssist使用10x Genomics全新設(shè)計(jì)的捕獲探針，除少部分高表達(dá)基因外，90%以上基因設(shè)計(jì)了3個(gè)探針對(duì)，基因檢出率及特異性更高。