STRING網(wǎng)站的官網(wǎng)（網(wǎng)址為https://cn.string-db.org/），左側(cè)一欄是網(wǎng)站的輸入方式，右側(cè)一欄是我們的蛋白輸入框。通常我們?cè)谧鯬PI時(shí)選擇輸入方式是“Multiple proteins”，即多個(gè)蛋白的輸入。

1. Input your genelist，并選擇對(duì)應(yīng)物種àSearch

? ? ? ? ?

2. Mapping gene symbol

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3. PPI network setting

本案例差異基因表較多，所以默認(rèn)參數(shù)下網(wǎng)絡(luò)過于復(fù)雜：

這種情況下我們需要根據(jù)實(shí)際情況調(diào)整參數(shù)：

點(diǎn)擊setting：

如下圖劃線部分參數(shù)均可調(diào)整，已根據(jù)要求生成符合自己要求的網(wǎng)絡(luò)。

我一般主要調(diào)整minimum required interaction score為：high confidence或者h(yuǎn)ighest confidence；

此外，勾選hide disconnected nodes in the network，

Update（highest confidence）：

? ? ? ? ?

4. 其他分析

主要包括富集分析和聚類分析，大家自行嘗試：

? ? ? ? ?

5. 導(dǎo)出tsv數(shù)據(jù)

用于導(dǎo)入Cytoscape。

6. 導(dǎo)入Cytoscape

第一步是導(dǎo)入數(shù)據(jù)：File-Import -Network from file,然后選擇TSV格式的文件，默認(rèn)參數(shù)àOK。得到一個(gè)巨丑無比的網(wǎng)絡(luò)圖，看起來也比較復(fù)雜。

7. NetworkAnalyzer美化加工

對(duì)于Cytoscape V3.7用戶可以很方便進(jìn)行美化：依次點(diǎn)擊Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。

會(huì)出現(xiàn)一個(gè)彈窗，如圖進(jìn)行參數(shù)調(diào)整：

本教程使用的Cytoscape V3.9，可能大多數(shù)人使用的高版本，Tools下面只有Network Analysis，沒有方便大家的Generate style from statistics。Oh NO?。。。?！

沒有關(guān)系，熟悉的朋友應(yīng)該會(huì)手動(dòng)進(jìn)行node和edge參數(shù)設(shè)置，不多說，詳見視頻教程。

此外，一向貼心的進(jìn)哥已經(jīng)給大家制作了一個(gè)Style文件，在Cytoscape中import à Styles from file à 選擇NetworkAnalyzer_styles.xml，將預(yù)制style導(dǎo)入軟件。

進(jìn)行ToolsàNetwork Analysis后，選擇NetworkAnalyzer_styles，瞬間得到和3.7一樣的效果：

稍加調(diào)整顏色參數(shù)，使整體更加清晰：

還算OK，其它還有很多調(diào)整，按照自己的審美進(jìn)行微調(diào)。

8. 將LogFC信息加入PPI

可能大家大多數(shù)看的文獻(xiàn)中都是上圖呈現(xiàn)效果，其實(shí)只要自己熟悉Cytoscape，完全可以將LogFC，甚至P值信息添加進(jìn)圖中。詳見進(jìn)哥B站視頻教程。

9.尋找核心基因+子網(wǎng)絡(luò)

一般做完差異基因，或者使用其他方法找到想要的biomarker時(shí)，想要知道這些基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，或者哪些基因在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置，比較常見的方法就是WGCNA或者M(jìn)CODE、CYTOHUBBA。今天主要介紹MCODE。

按照上述步驟構(gòu)建好PPI network之后：Appsà MCODE à open MCODEà Analyze current network：

得到多個(gè)Clusters，選中其中一個(gè)à Create Sub-Network:

由于使用的NetworkAnalyzer_styles，而新的子網(wǎng)絡(luò)沒有相應(yīng)參數(shù)，所以一片蒼白，可以再次進(jìn)行ToolsàNetwork Analysis：

依舊不好看，這個(gè)基因便較少，就可以按照自己的喜好自定義子網(wǎng)絡(luò)，比如換一個(gè)style（Ripple）：

最后，導(dǎo)出子網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)：

All right！

Cytoscape是一個(gè)功能很強(qiáng)大的網(wǎng)絡(luò)圖繪制工具，還有很多擴(kuò)展插件，大家感興趣可以自行摸索，會(huì)愛上這個(gè)工具。

最后祝大家科研實(shí)驗(yàn)順利！

原文：STRING網(wǎng)站+Cytoscape軟件制作精美蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(PPI) – 王進(jìn)的個(gè)人網(wǎng)站

https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%e7%bd%91%e7%ab%99cytoscape%e8%bd%af%e4%bb%b6%e5%88%b6%e4%bd%9c%e7%b2%be%e7%be%8e%e8%9b%8b%e7%99%bd%e4%ba%92%e4%bd%9c%e7%bd%91%e7%bb%9c%e5%9b%beppi/