建武二年（1336年），逃出京都的后醍醐天皇在吉野另立朝廷，日本正式進(jìn)入了南北兩個(gè)天皇并立的“南北朝”時(shí)代。明德三年（1392年），室町幕府將軍足利義滿迫使南朝向北朝體面投降。因?yàn)槭潜背滩⒘四铣?，所以此后的天皇都是北朝的后代，現(xiàn)任天皇也是如此。

日本大和王朝號(hào)稱“萬(wàn)世一系”，一個(gè)時(shí)代只能有一個(gè)合法天皇。因此在南北朝結(jié)束之后，“南朝天皇和北朝天皇，誰(shuí)為正統(tǒng)天皇？”的爭(zhēng)論一直存在。有意思的是，北朝天皇的后代明治天皇在上世紀(jì)初正式宣布南朝天皇為正統(tǒng)，自己的祖宗是“偽天皇”。這是怎么回事呢？

南北朝分裂的根本原因是天皇與武士階層之間產(chǎn)生了不可調(diào)和的矛盾。鐮倉(cāng)幕府滅亡之后，倒幕聯(lián)盟的總盟主后醍醐天皇開(kāi)始推行旨在恢復(fù)天皇權(quán)力的“建武新政”。然而“建武新政”嚴(yán)重?fù)p害了武士的利益，讓后醍醐天皇大失人心，很多武士集團(tuán)便公推足利尊氏起兵造反。

足利尊氏依靠武士攻入京都，后醍醐天皇逃往京都以南的吉野。足利尊氏便擁立“持明院統(tǒng)”的光明天皇登基，宣布“大覺(jué)寺統(tǒng)”的后醍醐天皇為“偽帝”，京都天皇和吉野天皇并立的“南北朝”開(kāi)始。不過(guò)北朝天皇只是個(gè)傀儡，真正的統(tǒng)治者為室町幕府初代將軍足利尊氏。

與北朝天皇不同，南朝天皇是擁有實(shí)權(quán)的最高統(tǒng)治者，北朝吞并南朝本質(zhì)上是武士主導(dǎo)的幕府達(dá)到了擁有實(shí)權(quán)的天皇。從南北朝結(jié)束到明治維新，日本再也沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)擁有實(shí)權(quán)的天皇。而幕府政治則在南北朝結(jié)束后徹底取代了天皇朝廷，在江戶時(shí)期發(fā)展到了巔峰。

江戶幕府滅亡后，明治天皇成為擁有最高權(quán)力的天皇，但幕府幾百年的歷史影響依然深厚。為了消除幕府政治的遺留影響，明治天皇決定將擁有實(shí)權(quán)的南朝天皇尊為正統(tǒng)，而將身為幕府傀儡的北朝天皇定性為“偽天皇”，雖然明治天皇是北朝天皇的后代子孫。