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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

• 嘿大家！好久不見，今天我們來學(xué)習(xí)一個新的R包，它可以用來進行免疫得分的計算，并繪制箱線圖進行結(jié)果展示。感興趣的話就和小果一起學(xué)起來吧！

  
  在腫瘤免疫環(huán)境富集分析中，DNA甲基化水平可以用來推斷免疫相關(guān)基因的表達情況和功能狀態(tài)。例如，如果某個基因的啟動子區(qū)域CpG島上的甲基化水平較高，就意味著該基因在該樣本中被沉默或表達下調(diào)。相反，如果某個基因的啟動子區(qū)域CpG島上的甲基化水平較低，就意味著該基因在該樣本中被激活或表達上調(diào)。

免疫表達和腫瘤免疫環(huán)境富集分析用于研究腫瘤組織中與免疫相關(guān)的基因表達水平及其關(guān)聯(lián)的生物學(xué)過程，其結(jié)果可以幫助我們更好地了解腫瘤免疫治療的機制，并為臨床治療提供指導(dǎo)。

云生信平臺提供了線上的免疫表達和腫瘤免疫環(huán)境富集分析，它根據(jù)甲基化計算 DNA methylation of tumour-infiltrating lymphocyte (MeTIL)得分，并根據(jù)免疫檢查點表達和腫瘤免疫微環(huán)境富集繪制熱圖?？梢酝ㄟ^上傳自有數(shù)據(jù)進行分析啦，數(shù)據(jù)模板可以參考左上角~

這是上傳數(shù)據(jù)界面：

【注意】

1. 對參數(shù)進行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有 4 個是-ann,-met,-Exp 和 sign,ann 表

示亞型注釋信息；met 表示甲基化數(shù)據(jù)；Exp 表示表達矩陣；sign 表示免疫簽名文件。

2. 點擊上傳數(shù)據(jù) 輸入***文件，輸入的文件名必須和示例文件名一致，且都是英文無特殊字符。如果使用自有數(shù)據(jù)時，需注意文件名和對應(yīng)的內(nèi)容要匹配，以及輸入數(shù)據(jù)里的行名列名等等。

3. 如有非文件類參數(shù)，點擊 輸入?yún)?shù)對應(yīng)的值,默認比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53.

小果帶大家一起看看結(jié)果如何吧：

1. ?TCGA_log2TPM_hugo.txt

注：經(jīng)過 log2處理過的表達矩陣。

2. ?TCGA_log2TPM_hugo_ESTIMATE.txt

注：經(jīng)過格式轉(zhuǎn)化的表達矩陣，增加了一列 Description

3. TCGA_log2TPM_hugo_estimate_score.txt

注：計算 immune/stromal

4. TIME.pdf

注：橫坐標表示不同的腫瘤樣本；

ImmuneScore是評估腫瘤免疫細胞浸潤程度的指標；

StromalScore是一種衡量腫瘤微環(huán)境中間質(zhì)成分比例的指標；

CMOIC 是腫瘤微環(huán)境中免疫細胞與腫瘤細胞間相互作用的一個計算模型，CS1-4是四種免疫檢查點；

TIME是指腫瘤免疫微環(huán)境；

MeTIL得分是衡量在腫瘤組織中，浸潤淋巴細胞的DNA甲基化水平的一個指標。

看了小果的介紹是不是想要迫不及待地試一下了呢？

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