《Origins and genetic legacy of prehistoric dogs》這是一篇2020年發(fā)表在科學(xué)雜志上的研究狗的起源和分化的論文，很多朋友對它感興趣，但是苦于不了解其中的原理，所以我查閱了不少資料，也專門向懂行的朋友進(jìn)行了詢問，希望能夠幫助到大家。

這篇文章主要研究了歐洲和西伯利亞、中東等地的古犬DNA以及探究了狗和人類之間擴(kuò)散的相關(guān)性，雖然沒有給出狗起源的最終結(jié)果，但是根據(jù)這些考古學(xué)證據(jù)，我們依然可以得到很多有用的信息，剛好很多朋友對這篇論文感興趣，但是中文網(wǎng)上關(guān)于這篇論文的介紹卻是十分的簡要，于是我萌發(fā)了這樣一個想法：是否可以根據(jù)論文上提供的信息更詳細(xì)的介紹下這篇論文呢？這個念頭縈繞著我，于是我查了一些資料，也問了些懂行的朋友，于是乎，就這樣開始寫了起來。

本篇文章是結(jié)合古人類基因的結(jié)果共同分析狗的遷徙演化路線的，狗作為第一種被人類馴化的動物，遷徙與擴(kuò)散不可避免的受到人類活動的干預(yù)，狗的遷徙路線一定是伴隨著人類的活動進(jìn)行的，但人類的活動并不是一定必然導(dǎo)致狗的遷徙。想看懂這篇論文的結(jié)論，就不得不補(bǔ)充相關(guān)的人類考古背景，本文的古DNA數(shù)據(jù)采樣地主要為中東、歐洲和西伯利亞，反應(yīng)的是歐亞大陸西部的情況，因此可以結(jié)合其他論文關(guān)于亞洲東部的研究對論文進(jìn)行補(bǔ)充說明。

一.所有古代和現(xiàn)代歐洲犬與東方犬祖先的親緣關(guān)系都高于古代中東犬，東方犬中，歐洲犬相較于東亞南部犬更接近西伯利亞犬和古代美洲犬。

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論文中的這張PCA主成分分析圖，其中可以看到在整個歐洲犬樣本中，最接近東方犬類（西伯利亞/東亞/南太平洋）的是一個位于歐洲東北角1.09萬年前的樣本Karelia 10.9k，最遠(yuǎn)離東方犬的是6.5千年前希臘的樣本Greece 6.5k，古代歐洲犬大體上呈現(xiàn)著越北越接近東方犬的態(tài)勢，這可能預(yù)示著歐洲犬的東方祖源是從歐亞大陸的北端進(jìn)入的。從線粒體上看，Karelia的類型為A1a，根據(jù)Ancient DNA Evidence from China Reveals the Expansion of Pacific Dogs論文的推算，整個A線粒體的最近共組時間（TMRCA）距今約1.92萬年，誕生于末次盛冰期時

期，其中在東亞/西伯利亞古代及現(xiàn)代家犬及南太平洋犬中發(fā)現(xiàn)的A1b與A1a在約1萬6千年前分化，也就是說歐洲犬中的常見的A1a在某處與A1b及A3分化后只用了最晚5千年的時間就到達(dá)了歐洲北部地區(qū)，如果考慮到歐洲還有發(fā)現(xiàn)更早的線粒體A類型犬科動物（距今1.4萬年德國Bonn-Oberkassel遺址出土的類狗遺骸，詳細(xì)見論文：A new look at an old dog: Bonn-Oberkassel reconsidered和1.45萬年瑞士Kesslerloch_cave出土的類狼遺?。苡锌赡芫€粒體A的分化地是一個離歐洲和北美不算特別遙遠(yuǎn)的地方。在末次盛冰期（LGM）時，歐洲北部地區(qū)被巨大冰川覆蓋，陸生哺乳動物遭到徹底清空，其中也包括歐洲原有的犬科動物，

Karelia的祖先到達(dá)歐洲東北部時，面對的是一片未開發(fā)的處女地，因此還沒有像之后的歐洲北部犬那樣更加偏離東方犬類，但是這個局面并沒有維持多久，到新石器時代農(nóng)業(yè)興起后，整個歐洲犬的遺傳結(jié)構(gòu)發(fā)生了一次大的變化。

二、新石器時代中東農(nóng)人向歐洲擴(kuò)張同時伴隨著中東狗向歐洲擴(kuò)張。

東地中海（以色列/黎巴嫩/敘利亞）地區(qū)在古代又稱之為黎凡特，近東犬要比歐洲犬在遺傳上更加遠(yuǎn)離東方犬種，按照論文Grey wolf genomic history reveals a dual ancestry of dogs的看法，黎凡特犬混有中東灰狼的成分或者說狗有雙重起源。這個成分可能在中東/西亞/中亞的某個地區(qū)混入，隨后伴隨著貿(mào)易/人口遷徙進(jìn)入歐洲和非洲。雙重起源假說或者中東灰狼混入說或許可以解釋中東犬較歐洲犬與東方犬差異更大的原因。作者推測這個變化和農(nóng)業(yè)在歐洲的擴(kuò)散有關(guān)，作者對比了瑞典同時期的農(nóng)業(yè)遺址和狩獵采集遺址中的古犬DNA，發(fā)現(xiàn)與狩獵采集犬相比，瑞典新石器時代農(nóng)業(yè)背景下的一只同期犬更接近中東犬。

三、歐洲狗血統(tǒng)的后期同質(zhì)化

作者用了homogenization一詞描述歐洲各地區(qū)品種之間血緣的逐漸趨同。早期歐洲犬中廣泛的祖源多樣性在今天的歐洲品種中沒有得到保留，這表明大多數(shù)當(dāng)?shù)氐闹惺鲿r代和新石器時代古犬對當(dāng)今歐洲犬種的多樣性幾乎沒有貢獻(xiàn)。相反，作者發(fā)現(xiàn)瑞典西南部5千年前Fr?lseg?rden遺址的一只新石器時代巨石遺址中的狗可以被建模為大多數(shù)現(xiàn)代歐洲品種90%至100%祖先的單一來源代理，這意味著一個祖先與該個體相似但不一定起源于斯堪的納維亞的種群取代了其他歐洲種群，因此，目前的歐洲狗可以被建模為擁有大約相等比例的Karelia和黎凡特犬相關(guān)祖先成分的混合[根據(jù)混合圖，德國牧羊犬的比例分別為54%和46%]，也就是說，大部分現(xiàn)代歐洲品種雖然外貌上差異巨大但是卻都有著非常晚近的共同祖先來源，導(dǎo)致遺傳多樣性并不高。