大家好，歡迎觀看《時空日報》第16期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計9篇。以下是應用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、基于CRISPR的條形碼技術對發(fā)育中的小鼠大腦單細胞譜系的全面時空映射

Comprehensive spatiotemporal mapping of single-cell lineages in developing mouse brain by CRISPR-based barcoding

Nature Methods; IF: 48.000; DOI: 10.1038/s41592-023-01947-3

內容概要：介紹了一種基于CRISPR編輯的單細胞譜系追蹤方法（CREST），并使用基于CREST的兩種策略來繪制發(fā)育中小鼠中腦腹側（ ventral midbrain，vMB）的單細胞譜系圖譜。CREST方法和策略允許進行全面的單細胞譜系分析，為神經分化的分子機制研究提供了新見解。

2、空間分辨的高維轉錄組學揭示雙相惡性胸膜間皮瘤的演變：免疫治療的新范式

Spatially resolved, high-dimensional transcriptomics sorts out the evolution of biphasic malignant pleural mesothelioma: new paradigms for immunotherapy

Molecular Cancer; IF: 37.300 ; DOI: 10.1186/s12943-023-01816-9

內容概要：采用空間分辨的高維轉錄組學方法對8個雙相惡性胸膜間皮瘤（Malignant Pleural Mesothelioma，MPM）中的139個區(qū)域進行分析，揭示了MPM的轉錄可塑性和異質性。該研究結果除了對MPM臨床演變的多維相互作用提供重要見解外，還為改善免疫治療在該疾病中的應用開辟了新思路。?

3、驅動人類星形膠質細胞發(fā)育的配體-受體對的鑒定

Identification of ligand-receptor pairs that drive human astrocyte development

Nature Neuroscience; IF: 25.000; DOI: 10.1038/s41593-023-01375-8

內容概要：通過使用已發(fā)表的轉錄組數(shù)據，識別并功能性測試了五個配體-受體對（TGFβ2、NLGN1、TSLP、DKK1和BMP4），這些配體的協(xié)同作用能夠通過mTORC1信號通路，影響人類星形膠質細胞的轉錄組和形態(tài)特征。該研究的數(shù)據驅動框架可以利用單細胞和bulk基因組數(shù)據來生成和測試圍繞細胞-細胞通訊調節(jié)神經發(fā)育過程的功能假設。

4、Siglec-9作為膠質母細胞瘤巨噬細胞的免疫檢查點分子限制T細胞啟動和免疫治療反應

Siglec-9 acts as an immune-checkpoint molecule on macrophages in glioblastoma, restricting T-cell priming and immunotherapy response

Nature Cancer; IF: 22.700 ; DOI: 10.1038/s43018-023-00598-9

內容概要：通過scRNA-seq和空間轉錄組學研究接受新輔助抗PD-1治療的膠質母細胞瘤（glioblastoma，GBM）患者樣本，發(fā)現(xiàn)了獨特的單核細胞來源的腫瘤相關巨噬細胞亞群，它們具有功能可塑性，高度表達免疫抑制SIGLEC9基因，并優(yōu)先在抗PD-1治療無反應的患者中積累。此外，通過體內實驗確定了Siglec-9是巨噬細胞上的免疫檢查點分子，可以被靶向以增強抗PD-1/PD-L1治療的療效。

5、與黃曲霉毒素暴露相關的兒童肝母細胞瘤TGF-β顯性化療耐藥表型

A TGF-β-dominant chemo-resistant phenotype of hepatoblastoma associated with aflatoxin exposure in children

Hepatology?(Baltimore, Md.); IF: 13.500; DOI: 10.1097/HEP.0000000000000534

內容概要：通過對180個肝母細胞瘤樣本進行scRNA-seq、全外顯子組測序和bulk RNA-seq的綜合分析，揭示了肝母細胞瘤的基因組特征、轉錄組特征和免疫微環(huán)境。該研究報道了四種主要由轉錄因子的差異表達定義的HB轉錄亞型。?其中，S2A亞型富集SBS24特征和較高的血清黃曲霉毒素B1-白蛋白（AFB1-ALB）水平，且黃曲霉毒素可促進肝母細胞瘤TGF-β的上調。臨床預后分析表明，血清AFB1-ALB是肝母細胞瘤化療耐藥和預后的潛在指標。

6、單細胞異質性修復性嵌合工程納米顆粒緩解抗體介導的同種異體移植損傷

Single-cell heterogeneity restorative chimeric engineering nanoparticles for alleviating antibody-mediated allograft injury

ACS Applied Materials and Interfaces; IF: 9.500; DOI: 10.1021/acsami.3c06885

內容概要：介紹了一種基因工程膜包裹的納米顆粒，稱為DSA trapper， DSA trapper通過識別排斥相關抗體的譜系特征，實現(xiàn)了免疫吸附和進一步異體抗體復合物的吞噬，從而恢復了移植物的單細胞遺傳結構，為治療異體抗體介導的免疫損傷提供了新見解。

7、scRNA-seq揭示早期糖尿病腎病微環(huán)境的病理生理特征

Single-cell transcriptomic profiles in the pathophysiology within the microenvironment of early diabetic kidney disease

Cell Death and Disease; IF: 9.000; DOI: 10.1038/s41419-023-05947-1

內容概要：使用scRNA-seq技術研究db/m小鼠和db/db小鼠在第14周時腎臟的早期變化，確定了早期糖尿病腎病（diabetic kidney disease，DKD）微環(huán)境內病理生理學變化的關鍵基因。例如，在近端小管（proximal tubule，PT）的四個不同亞群中，db/db小鼠中增殖性PT和含有AQP4表達的PT（PTAQP4+）的百分比較低，導致了早期DKD中細胞修復活性受損和腎素-血管緊張素系統(tǒng)調節(jié)功能障礙。

8、連接蛋白家族在LUAD中的表達譜及預后價值的多組學分析

Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05075-5

內容概要：該研究首次探索了Cx基因在泛癌癥中的表達差異和預后意義，并重點關注肺腺癌（lung adenocarcinoma，LUAD）。通過單細胞測序，發(fā)現(xiàn)GJB2-5在LUAD患者的預后中起著關鍵作用；Cx基因家族與轉錄機制（如細胞外基質、遷移、移動性、血管生成和上皮間質轉化遺傳程序）有關。此外，開發(fā)了一個綜合預后模型，可作為LUAD患者的潛在預后因素，并從Cx基因的表達角度為癌癥治療提供新見解。

9、基于scRNA-seq分析和機器學習算法構建HCC中與肝細胞和蛋白激酶相關的基因標記

Construction of a hepatocytes-related and protein kinase-related gene signature in HCC based on scRNA-Seq analysis and machine learning algorithm

Journal of Physiology and Biochemistry; IF: 3.400; DOI: 10.1007/s13105-023-00973-1

內容概要：利用單細胞測序和機器學習方法，分析了肝細胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的單細胞數(shù)據，并構建了6種主要細胞類型的蛋白激酶相關基因（PKRGs）預測模型，為單細胞水平的預后分層提供了基礎，并基于PKRGs標志物確定了潛在的HCC治療靶點。

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