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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

• 還在對著實驗室上古大佬留下腳本發(fā)愁嗎？還在頭疼大shell套小shell的屎山嗎?還在為找不到問題步驟的shell而煩惱嗎？快跟著小果把snakemake學(xué)起來吧。
  

Snakemake的安裝

首先當(dāng)然是創(chuàng)建一個snakemake的文件夾啦，文件管理還是很重要滴。

mkdir snakemake

cd snakemake

然后下載解壓官方的示例文檔

看到那個environment.yaml了嗎，那就是教員佛祖真主賜予我等菜雞救贖，

Snakemake連運行環(huán)境都幫我們配置好了，github下載的大神pipeline直接運行mamba(不要慌，mamba是conda的強力替代品)

官方示例文件結(jié)構(gòu)如下圖所示

接下來就到了激動人心的流程搭建了

當(dāng)然，實際項目怎么可能只有一個樣本，我們就不能直接寫樣本名了，snakemake支持使用通配符來批量運行命令，修改一下上面的代碼,當(dāng)然，sample可以做個yaml文件，或者在shell里寫個for，這里容小果偷個懶

流程流程，當(dāng)然不能只有一個規(guī)則啦。接下來再寫個sort規(guī)則，在頭文件把sample定義了,小樣本測試可以這樣偷懶，大樣本還是要yaml文件哦

現(xiàn)在，見證奇跡的時刻

這才是snakemake的精髓有木有，直接生成可視化的流程圖，媽媽再也不怕小果看流程shell一臉懵了，天下就沒有我小果看不懂的流程。

好啦，不多說了，今天的內(nèi)容就到這里了，你學(xué)會了嗎！

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