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衷心建議收藏:預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的基本思路

2023-07-28 21:25 作者:護(hù)理統(tǒng)計(jì)隨筆  | 我要投稿

原文來自本人的同名公號(hào):護(hù)理統(tǒng)計(jì)隨筆,歡迎關(guān)注。


看到這個(gè)標(biāo)題,你是否會(huì)驚訝:預(yù)測(cè)模型竟然還能做系統(tǒng)評(píng)價(jià)?

對(duì)于系統(tǒng)評(píng)價(jià),大家應(yīng)該是不陌生的,循證醫(yī)學(xué)和循證護(hù)理的浪潮掀了十幾年也沒停歇,反而愈演愈烈。但是,很多人仍然還不十分清楚臨床預(yù)測(cè)模型或者風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型,更遑論預(yù)測(cè)模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià)了,這里就簡(jiǎn)單分享下預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的基本思路和做法,并分享一篇來自BMJ的文獻(xiàn)。如果你覺得以后用得上,可以收藏起來慢慢看。

如果你還不曾了解臨床預(yù)測(cè)模型,但又對(duì)臨床預(yù)測(cè)模型入門的進(jìn)階有興趣,可以看看這些文章:零基礎(chǔ)入門臨床預(yù)測(cè)模型?看這篇就夠了?。ūD芳?jí)實(shí)操演示請(qǐng)收好了)

純干貨,必看!臨床預(yù)測(cè)模型的建立與驗(yàn)證全流程(含機(jī)器學(xué)習(xí)算法)

一、背景

隨著臨床預(yù)測(cè)模型的火熱,數(shù)以萬計(jì)的預(yù)測(cè)模型被開發(fā),甚至出現(xiàn)針對(duì)同一種結(jié)局變量會(huì)開發(fā)多個(gè)模型的情況。然而不少預(yù)測(cè)模型研究存在報(bào)告質(zhì)量不佳、結(jié)論矛盾、模型偏倚風(fēng)險(xiǎn)高、準(zhǔn)確性和適用性不佳的問題。一個(gè)經(jīng)典的句子足以概括這些預(yù)測(cè)模型:“多數(shù)被建立,少數(shù)被驗(yàn)證,極少被應(yīng)用”。為了改變這種尷尬的現(xiàn)狀,評(píng)估這些模型的可用性,研究者們開始采用循證的思想對(duì)這些預(yù)測(cè)模型進(jìn)行系統(tǒng)評(píng)價(jià)。

二、預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的基本思路

與隨機(jī)對(duì)照研究、觀察性研究等常見類型的系統(tǒng)評(píng)價(jià)思路類似,預(yù)測(cè)模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià)總體上也沒有什么特殊,遵從選題、注冊(cè)、檢索、篩選、提取數(shù)據(jù)、質(zhì)量評(píng)價(jià)、定量合并、撰寫論文等基本流程,見下圖。

圖片來源于論文《預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟》

選題沒什么可聊的,診斷模型與預(yù)后模型都可以做。其余的制作思路也與常規(guī)系統(tǒng)評(píng)價(jià)類似,但這就就意味著制作和撰寫一份預(yù)測(cè)模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià)簡(jiǎn)單嗎?不然,它還有這么幾個(gè)特殊點(diǎn)

①文獻(xiàn)檢索

檢索方案復(fù)雜,建議采用特定的檢索過濾器,確實(shí)好用,個(gè)人建議盡量多用,具體檢索策略看下圖。

圖片來源于論文《預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟》

②文獻(xiàn)篩選

遵循PRISMA 聲明繪制文獻(xiàn)篩選流程圖;


③數(shù)據(jù)提取

根據(jù)CHARMS清單提取文獻(xiàn)的數(shù)據(jù):需要收集的內(nèi)容著實(shí)不少,見下圖:

圖片來源于論文《預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟》
圖片來源于論文《預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟》

④文獻(xiàn)質(zhì)量評(píng)價(jià)

采用PROBAST工具評(píng)價(jià)預(yù)測(cè)模型研究的偏倚風(fēng)險(xiǎn)評(píng)價(jià),PROBAST 工具包括研究對(duì)象、預(yù)測(cè)變量、結(jié)局和統(tǒng)計(jì)分析 4 個(gè)領(lǐng)域,20 個(gè)條目,見下圖。

圖片來源于論文《預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟》

⑤異質(zhì)性檢驗(yàn)

注意,這里是預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)比較特殊的地方,分兩種情況:

第一種情況:如果納入的都是模型開發(fā)研究,就沒有必要進(jìn)行異質(zhì)性和meta分析了,直接做描述分析即可,此時(shí)就類似于范圍綜述。當(dāng)前醫(yī)學(xué)領(lǐng)域多數(shù)已發(fā)表的預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)文章就屬于這類,難度較小,按照前面的步驟和要求做即可。

第二種情況:如果說同一個(gè)開發(fā)模型已經(jīng)被多個(gè)隊(duì)列進(jìn)行驗(yàn)證或者不少模型都已被多次驗(yàn)證,此時(shí)就需要對(duì)其進(jìn)行異質(zhì)性檢驗(yàn)。舉個(gè)例子,我想要研究COPD預(yù)后模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià),并收集到了20個(gè)不同的模型,其中1個(gè)模型有多個(gè)外部驗(yàn)證研究,如此就需要探索異質(zhì)性的潛在來源,了解模型在什么情況下保持良好的性能,以及模型何時(shí)需要進(jìn)一步改進(jìn)。如何做呢?基本是推薦使用HKSJ方法合并區(qū)分度和校準(zhǔn)度的預(yù)測(cè)區(qū)間,預(yù)測(cè)區(qū)間較寬,表示可能存在明顯的異質(zhì)性。

⑥Meta分析

當(dāng)同一種預(yù)測(cè)模型的驗(yàn)證研究數(shù)量滿5篇,建議使用HKSJ 方法對(duì)預(yù)測(cè)模型的性能指標(biāo)(區(qū)分度、校準(zhǔn)度、DCA等)Meta 分析,模型采用隨機(jī)效應(yīng)模型(異質(zhì)性大,不要用固定效應(yīng))。這些方法都可以在R 包“metamisc”實(shí)現(xiàn)(下期分享做法),該包除了可以實(shí)現(xiàn)頻數(shù)流派估計(jì)方法之外,還可以做貝葉斯估計(jì)。

異質(zhì)性過高時(shí)建議進(jìn)行亞組分析和meta回歸。當(dāng)進(jìn)行了meta分析,還建議進(jìn)行敏感性分析,避免因個(gè)別低質(zhì)量的研究影響 Meta 分析結(jié)果的穩(wěn)定性和可靠性。

還有一種情況!有些研究(護(hù)理領(lǐng)域多見)會(huì)對(duì)其所綜述的預(yù)測(cè)模型中排名靠前的預(yù)測(cè)因素進(jìn)行meta分析效應(yīng)量采用OR或者RR,進(jìn)行定量合并,并繪制森林圖。


⑦證據(jù)質(zhì)量評(píng)價(jià)

可使用用預(yù)后研究和預(yù)測(cè)因子研究的GRADE 工具評(píng)估預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)證據(jù)的質(zhì)量。


⑧撰寫論文

遵循?PRISMA 2020?聲明進(jìn)行系統(tǒng)評(píng)價(jià)論文的撰寫,并建議參考TRIPOD?聲明(開發(fā)和驗(yàn)證預(yù)測(cè)模型的規(guī)范)。


三、BMJ文獻(xiàn)分享

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

doi:?https://doi.org/10.1136/bmj.l5358

這是1項(xiàng)慢性阻塞性肺疾病患者預(yù)測(cè)模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià),限于篇幅,簡(jiǎn)單介紹下:

①文獻(xiàn)檢索情況

該研究經(jīng)過檢索,獲得了228 篇符合條件的文獻(xiàn),其中描述了 408 個(gè)預(yù)后模型的開發(fā)情況、38 個(gè)模型的外部驗(yàn)證情況以及 20 個(gè)針對(duì)慢性阻塞性肺病以外的其他疾病預(yù)后模型的驗(yàn)證情況。

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

②開發(fā)環(huán)境與結(jié)果變量

這 408 個(gè)預(yù)后模型是在3種臨床環(huán)境下開發(fā)的: 門診病人 (n=239;59%)、住院病人 (n=155;38%) 和急診科病人 (n=14;3%) 。在 408 個(gè)預(yù)后模型中,最常見的終點(diǎn)是死亡率(n=209;51%) 、慢性阻塞性肺病急性加重風(fēng)險(xiǎn) (n=42;10%) 和入院指數(shù)后再入院風(fēng)險(xiǎn) (n=36; 9%)總體而言,最常用的預(yù)測(cè)因子是年齡 (n=166;41%)、一秒鐘用力呼氣量 (n=85; 21%) 、性別 (n=74;18%) 、體重指數(shù) (n=66; 16%) 和吸煙 (n=65;16%) 。

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal
圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

③模型的基本特征

在 408 個(gè)預(yù)后模型中,有 100 個(gè) (25%) 通過了內(nèi)部驗(yàn)證,91個(gè) (23%) 通過了外部驗(yàn)證。有 286 個(gè) (70%) 模型沒有模型校準(zhǔn),只有 56 個(gè) (14%) 模型進(jìn)行了校準(zhǔn)。38 個(gè)模型經(jīng)過了外部驗(yàn)證,但其中只有 12 個(gè)模型的驗(yàn)證工作是由一個(gè)完全獨(dú)立的獨(dú)立團(tuán)隊(duì)。各模型的基本特征見下圖(節(jié)選)。

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

④偏倚風(fēng)險(xiǎn)

文獻(xiàn)根據(jù) PROBAST 方法,只有7個(gè)預(yù)后模型(開發(fā))的總體偏倚風(fēng)險(xiǎn)較低。

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal
圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

⑤預(yù)后模型的Meta分析結(jié)果

對(duì) 12 個(gè)預(yù)后模型的 C統(tǒng)計(jì)量進(jìn)行了薈萃分析,總結(jié)估計(jì)值從 0.611 到 0.769不等,但沒有對(duì)校準(zhǔn)度進(jìn)行meta分析(因?yàn)橥獠框?yàn)證研究沒有標(biāo)準(zhǔn)報(bào)告校準(zhǔn)指標(biāo)),森林圖如下。

圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal
圖片來源:Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal

四、小結(jié)

碼字倉(cāng)促,如果你發(fā)現(xiàn)有漏洞、錯(cuò)誤、或者錯(cuò)別字,還請(qǐng)批評(píng)指正。總體來說,預(yù)測(cè)模型的系統(tǒng)評(píng)價(jià)與常見研究的系統(tǒng)評(píng)價(jià)區(qū)別不大,除了一些評(píng)估工具有差異之外,比較特殊的地方是定量分析模塊,比如meta分析。

當(dāng)前,還是比較少看到有人分享預(yù)測(cè)模型meta分析的具體做法,但下期我會(huì)繼續(xù)分享這些內(nèi)容,感謝閱讀,下期見。


圖文參考資料:

[1]預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)評(píng)價(jià)的制作方法與步驟;?

[2]Prognostic models for outcome prediction in patients with chronic obstructive pulmonary disease: systematic review and critical appraisal


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