免疫沉淀(姊妹篇):常見問題&解決方案

免疫沉淀技術(shù)可以與基因組技術(shù)、放射同位素技術(shù)、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)、免疫印跡等實驗方法相結(jié)合,對較復(fù)雜的蛋白質(zhì)與DNA/RNA的關(guān)系和定位提供非常好的解決方法。先了解這幾種方法的區(qū)別:

當(dāng)然,再結(jié)合其他技術(shù)還可以衍生出更多的技術(shù),本篇先來剖析一下染色質(zhì)免疫沉淀(CHIP)。
染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。其原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物,并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段,然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體,特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段。后期通過對目的片斷的純化與檢測,從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。
應(yīng)用:ChIP可以用來檢測體內(nèi)反式作用因子與DNA的動態(tài)作用,還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關(guān)系。而且,ChIP與其他方法的結(jié)合擴大了其應(yīng)用范圍:ChIP與基因芯片相結(jié)合建立的ChIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選;ChIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合,用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點;RNA-ChIP用于研究RNA在基因表達調(diào)控中的作用。

操作也可以很簡單
1
甲醛處理細胞
2
收集細胞,超聲破碎
3
加入目的蛋白的抗體,與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合
4
加入ProteinA,結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物,沉淀
5
對沉淀下來的復(fù)合物進行清洗,除去一些非特異性結(jié)合
6
洗脫,得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物
7
解交聯(lián),純化富集的DNA-片斷
8
PCR或基因芯片分析

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怎么把“驚嚇”變成“驚喜”
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只要找到破解方法,
所有的問題都不是問題!
今天我們就來一一擊破
免疫沉淀系列實驗中那些揪心的問題。
1 WB結(jié)果背景高且不均勻

2 WB結(jié)果信號弱或無信號

3 雜帶較多/特異性條帶異常

如果你的WB實驗出現(xiàn)了這些問題,
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