https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(22)00603-0

隨著古DNA拼圖的不斷完善，對于狗的起源問題逐漸明了，之前的已經(jīng)（https://www.nature.com/articles/s41586-022-04824-9 ）明確了現(xiàn)代家犬更接近歐亞大陸東部的狼群。西方狗混有歐亞大陸西部狼（特別是中東灰狼）的成分，這種成分預示著兩種可能：1.單一起源說：狗在亞洲東部起源，傳入歐亞大陸西部后與當?shù)乩前l(fā)生了混血2.雙重起源假說：東西方人群獨自馴化了不同的狼群，然后這兩種成分發(fā)生了混合。不管是哪種情況，都表明現(xiàn)代家犬的遺傳成分不止來自于一個狼群，在漫長的歷史進程中，人們有意（在培育新品種中的時候混入狼血）或無意（看管不當導致狗與狼交配）的讓狗混入了不同遺傳結構的狼血成分，同時，歐亞大陸的各地灰狼種群也在發(fā)生著遷徙和混合乃至局部滅絕，這導致為現(xiàn)代家犬貢獻了遺傳成分的灰狼種群很可能已滅絕或者由于遷徙混合而變得同質化，正因為如此，需要古DNA來判斷為現(xiàn)代家犬基因貢獻最大的狼群/原始種群曾生活在哪里。根據(jù)現(xiàn)有的考古學證據(jù)，人類大約在4萬年前到達今天的亞洲東部地區(qū)，大約在1萬5千年前帶著狗跨過白令海峽到達美洲，因此狗在亞洲東部出現(xiàn)的時間大約處在4萬年到1.5萬年之間。在亞洲的某處找到4萬年至1.5萬年的最接近現(xiàn)代家犬的古狼將是狗起源這一問題的最終答案。雖然在中低緯度的地區(qū)，受限于氣候，想要成功提取古DNA的難度較大，但是也不乏一些成功提取萬年以上古DNA的案例（蒙自人/奇和洞人/隆林人）。這篇文章就成功提取到了3.5萬年前的更新世狼的DNA片段，經(jīng)過分析，日本狼相比于現(xiàn)代歐亞狼要更接近此前在西伯利亞發(fā)現(xiàn)的更新世古狼。大致經(jīng)歷了兩個階段，第一階段：“通過分析樣本PJ35K（3.5萬年前）并結合時間和14C測年表明，在譜系上與西伯利亞更新世古狼接近的狼種群之一在5.7萬年至3.5 萬年之間遷移到了日本群島；第二階段：在3.7萬年至1.4萬年前第二波移民（接近西伯利亞古狼yana的個體）遷移到了日本諸島，并且與第一階段的古狼發(fā)生了混合；第二波移民群體中有現(xiàn)代歐亞灰狼群體的遺傳貢獻，

不過目前尚不清楚是多個大陸種群（更新世西伯利亞狼和現(xiàn)代狼）反復遷徙到群島，還是已經(jīng)混合的大陸種群殖民了日本。無論哪種情況，結果都表明，日本狼的多層遺傳結構反映了復雜的雜交歷史。相比之下，在全新世期間的歐亞大陸和北美大陸，西伯利亞更新世狼被現(xiàn)代狼種群所取代，然而，很難解釋為什么HJ19C（19世紀樣本）中滅絕的西伯利亞更新世狼的混合比例高于古代標本HJ5K（5千年前樣本）。解釋這一問題的一種可能是，日本狼種群在全新世早期高度結構化，每個亞種群都有來自不同大陸種群的不同混合成分。這一假設意味著，具有更大遺傳部分的亞群的后代來自更新世西伯利亞狼，從而產(chǎn)生了日本狼種群。另一種可能是來自狼或狗的額外滲入，這些狼或狗繼承了西伯利亞更新世狼的一些遺傳特征，這種滲入可能發(fā)生在數(shù)百至數(shù)千年前。然而，最近滅絕的日本狼的基因流動歷史細節(jié)仍不確定，需要對歷史和史前時期的更多個體進行深入分析，以解決這一時間悖論。