鎮(zhèn)江銀山之戰(zhàn)結(jié)束數(shù)天之后，鄭成功重賞鎮(zhèn)江清軍投降將領(lǐng)，高謙和部下李發(fā)、高繼芳、潘麟、溫琨等人均受重賞，而對于鄭軍有功將領(lǐng)的封賞咋被推遲到了收復(fù)南京之后，可見，鄭成功對于收復(fù)南京那是胸有成竹。

七月初一，江浦縣清朝守軍被八名明軍嚇走，蕪湖縣人民前來迎接鄭軍；七月初二，六合縣和浦口鎮(zhèn)千戶所投降；七月初三，太平府守將劉世賢迎降；七月初四，鄭軍兵臨南京觀音門；七月初五，七月初六，蕪湖、當(dāng)涂、繁昌三縣正式投降。

雖然已經(jīng)逼近南京城，但是鄭成功軍畢竟是孤軍深入“蓋此處上通九江、黃河，北連蕪湖、采石，南達(dá)京口，處處各有水師。彼若偵知我?guī)煹顷戇h(yuǎn)扎，會(huì)合窺犯，請?jiān)畡t不及，堵御則周章”左沖鎮(zhèn)黃安毛遂自薦帶領(lǐng)江中水師保證攻打南京的鄭軍陸師的安全，并且向鄭成功陳述了自己的作戰(zhàn)方針“海中水師，必用大船乘風(fēng)沖犁。今江中風(fēng)微流急，大船不便敲淺馳驟，只用大銃船十?dāng)?shù)只，每小船用長櫓二枝，兩艘邊各用長檬八枝，每樘前配銅百子ー門，斗頭另配銅花干銃一門；遇敵先發(fā)花干，然后將左搌撥轉(zhuǎn)右邊發(fā)銃，右邊發(fā)完，右撐撥轉(zhuǎn)左邊發(fā)銃，徑?jīng)_入陣中，兩銃齊發(fā)；如此往來飛擊，諒 無完船。但火藥、火箭、火罐、 足用。虜若敢犯，先擒解以振軍威！”初八日，黃安領(lǐng)74艘大小戰(zhàn)船移往三岔河口，準(zhǔn)備堵截來援的清軍船只。

初十日，鄭軍在鳳儀門一帶登岸，扎營于獅子山，各部分程而進(jìn)“一程、右提督，二程、前鋒鎮(zhèn)，三程、后提督，四程、右虎衛(wèi)，六程、左虎衛(wèi)，七程、左提督，八程、五軍，九程、中提督，十程、左先鋒?！备鞑勘R開始制造攻城器械，但正所謂攻心為上，攻城為下，不戰(zhàn)而屈人之兵，鄭成功也開始對城內(nèi)的清軍進(jìn)行招降。十一日，鄭軍截獲了城內(nèi)管效忠往蘇州、松江等地的求援信“總督管效忠自鎮(zhèn)江敗回，日將防城器具料理，并差往蘇、松等處討援兵，并帶報(bào)急 燕都奏請救援，稱海師二十余萬，戰(zhàn)船千余艘，俱全身是鐵，箭射不透，刀斬不入。瓜鎮(zhèn)二戰(zhàn)，敗回者魂魄猶驚，策戰(zhàn)者鞠縮不前。現(xiàn)攻下鎮(zhèn)江、太平、寧國等府、浦口、六合、丹涂、繁昌、勾容、浦江等縣，滁、和等州，松江提督馬進(jìn)寶陰約歸（馬逢知在長江戰(zhàn)役開始之前就和鄭成功有書信來往） 現(xiàn)在攻圍南都，危如壘卵，乞發(fā)大兵南下教援撲滅，免致燎原焰天云云”。

由此可見城內(nèi)清軍的窘態(tài)，按《清史稿兵志》的說法南京駐防八旗“順治二年，始設(shè)江南江寧左翼四旗，陜西西安右翼四旗，皆置滿、蒙兵二千，弓匠二十八，鐵匠五十六”城內(nèi)滿蒙八旗人數(shù)約4000人，又設(shè)江南漢兵提督“分中、左、右、前、后五營，分設(shè)將領(lǐng)八，兵凡四千”城內(nèi)清廷守軍總兵力8000人。在鄭成功進(jìn)攻南京的十四年前也就是1645年，以南京為中心的弘光政權(quán)在清軍的進(jìn)攻之下迅速滅亡，南京城內(nèi)以及南京周圍大量的明軍投降，均被改編為綠營數(shù)目高達(dá)五萬余人，由此可見清王朝在江寧府（南京）一帶的兵力十分雄厚。但隨著鄭成功軍隊(duì)的大舉進(jìn)攻，鎮(zhèn)江、瓜州兩仗，駐守的八旗軍遭到了沉重打擊，不僅如此，各地綠營漢軍也是紛紛投降（如管效忠求援信中所述），所以此時(shí)南京城內(nèi)的守軍數(shù)量肯定大不如前。

七月十二日鄭成功開始布置軍隊(duì)“前鋒鎮(zhèn)，中沖鎮(zhèn)扎獅子山，堵御鳳儀門，以左提督為應(yīng)援；中提督、后提督、左先鋒離前鋒鎮(zhèn)之后面第二大橋頭山上屯扎，中提督居中，后提督居左，左先鋒居右；右提督、宣毅后鎮(zhèn)吳豪扎漢西門教場；并撥水師應(yīng)援風(fēng)儀門。本藩督親軍并五軍屯扎獄廟山相機(jī)攻取?！?/p>

七月十六日，城內(nèi)清軍沖出鳳儀門反撲，被擊潰。

從此之后一直到七月二十二日，清鄭雙方?jīng)]有大的動(dòng)作，前鋒鎮(zhèn)余新部明軍甚至開始摸魚，注意是字面意義上的摸魚“前鋒鎮(zhèn)以對壘之際，然何聽營兵撒網(wǎng)取魚？”

當(dāng)然了，摸魚的只是南京周圍的明鄭軍隊(duì)，下蕪湖的張煌言（《先王實(shí)錄》中稱張兵部）那可是戰(zhàn)果頗豐，七月十八日“張兵部又報(bào)池州府歸順，遺掛印王我安撫之。上元縣、溧陽縣亦報(bào)歸順，遺原兵官張光啟往安撫”“十九日，張兵部報(bào)：安慶府、徽州府虜守將吊入南京防守，府縣官逃遁，城中無主，父老請示安撫，藩委掛印劉世賢安撫之”“二十日，張五軍傳迎杭州徐閣下渭子徐楷報(bào)稱：杭虜俱吊入南京，城中空虛，乞付割以便據(jù)城迎降”，可見南京周圍的各地清朝勢力已經(jīng)幾近崩潰。

但是請注意“杭虜俱吊入南京，城中空虛，乞付割以便據(jù)城迎降”也就是在鄭軍摸魚的這幾天，清廷的援軍在不斷地進(jìn)入南京，而鄭軍卻是日益松懈。

七月二十二日，清軍突然再次從鳳儀門中沖出，摸了幾天魚的余新部猝不及防，火炮“俱被擊碎”，全軍只有少數(shù)人在蕭拱宸的帶領(lǐng)下游泳逃出，余新本人被活捉，右營將董廷、中沖鎮(zhèn)副將蕭拱柱陣亡，清軍得勝回城。

按照清江南總督郎廷佐的奏報(bào)，清援軍實(shí)際上很早就動(dòng)身了“（鄭軍）于六月二十六日、逼犯江寧。城大兵單、難于守御。幸貴州凱旋梅勒章京噶褚哈、馬爾賽等、統(tǒng)滿兵從荊州乘船回京。聞賊犯江寧星夜疾抵江寧臣同駐防昂邦章京喀喀木、梅勒章京噶褚哈等密商。乘賊船尚未齊集、當(dāng)先擊其先到之船?？δ尽⒏榴夜?、發(fā)滿兵乘船八十艘。于六月三十日兩路出巢刀。擊敗賊眾。斬級頗多。獲船二十艘。印二顆?！逼咴率迦铡疤K松水師總兵官梁化鳳、親統(tǒng)馬步官兵三千余名至江寧。又撫臣蔣國柱、調(diào)發(fā)蘇松提督標(biāo)下游擊。徐登第、領(lǐng)馬步兵三百名。金山營參將張國俊、領(lǐng)馬步兵一千名。水師右營守備王大成、領(lǐng)馬步兵一百五十名。駐防杭州協(xié)領(lǐng)牙他里等、領(lǐng)官兵五百名。俱抵江寧”僅七月十五日的援軍就有4950人，此時(shí)城內(nèi)有能力出戰(zhàn)的清軍達(dá)到一萬多人。

余新等人被擊破之后，鄭成功于當(dāng)天自獄（岳）廟山移兵觀音山“令左先鋒鎮(zhèn)楊祖統(tǒng)援剿右鎮(zhèn)姚國泰、后勁鎮(zhèn)楊正、前沖鎮(zhèn)藍(lán)衍屯札大山上，作犄角應(yīng)援；中提督、五軍伏在山內(nèi)；左武衛(wèi)、左虎衛(wèi)列在山下迎敵；本藩督右虎衛(wèi)、右沖鎮(zhèn)萬祿在觀音門往來應(yīng)援；后提督、宣毅左等堵御大橋頭大路；令右提督、宣毅后、正兵鎮(zhèn)由水抄躡其后；令左沖鎮(zhèn)專理水師，防其由水抄犯，分遣已定”鄭成功本人并未在觀音山上。七月二十三日，清軍從鳳儀鐘阜二門出城“其喀喀木、噶褚哈、馬爾賽、梁化鳳等、由陸路進(jìn)。漢兵提督管效忠、協(xié)領(lǐng)扎爾布巴圖魯、費(fèi)雅住巴圖魯、臣標(biāo)副將馮武卿等、由水路進(jìn)”，先攻觀音山上的明軍，發(fā)炮轟擊之，鄭成功命令右沖鎮(zhèn)、右虎鎮(zhèn)爬山增援然而觀音山過高，沒有及時(shí)增援到位，清軍迅速擊敗山上明軍，殺死明前沖鎮(zhèn)藍(lán)衍，隨即從山上沖下又擊潰中中提督甘輝、五軍營、左武衛(wèi)，左虎衛(wèi)等部明軍，悍將甘輝墜馬被俘，與他同時(shí)被俘的還有總兵郭良玉、張祿，堵御大橋的后提督萬禮所部也被擊潰，本人被活捉。萬禮、余新、甘輝三人事后被押進(jìn)南京，余新等人對管效忠、郎廷佐下跪投降，甘輝呵斥之，最終遇害。

鄭成功見大勢已去，領(lǐng)殘兵逃上船，負(fù)責(zé)水師的左沖鎮(zhèn)黃安令裝載士兵家眷的船先沖出，并且在逃跑的過程中搭救四散游泳逃出的鄭軍士兵，有數(shù)千人因此逃出生天，黃安部在混戰(zhàn)中擊沉了兩艘清軍戰(zhàn)船，清軍戰(zhàn)船被震懾住，鄭成功余部這才成功撤退到鎮(zhèn)江。此戰(zhàn)鄭軍損失可以說是自1646年鄭成功起兵以來十余年間最慘重的一次，七月二十四日，鄭成功在鎮(zhèn)江查點(diǎn)軍隊(duì)損失情況甘輝、萬禮、林勝、陳魁、張英、藍(lán)衍，副將魏標(biāo)、樸世用、洪復(fù)九名將領(lǐng)要么陣亡，要么被俘，戶官潘庚鐘、儀衛(wèi)吳賜也力戰(zhàn)身亡，士兵損失也十分慘重，但是仍然有潰兵不斷逃回，七月二十八日，鄭成功重新整頓軍隊(duì)之后退出長江，正在徽州一帶活動(dòng)的張煌言部水師因此腹背受敵，張煌言又準(zhǔn)備向江西一帶發(fā)展，結(jié)果最終全軍覆沒，張煌言本人歷盡千辛萬苦才逃回浙江沿海。

此戰(zhàn)清廷大勝，數(shù)萬南明軍隊(duì)倉皇退出長江，清朝官吏在報(bào)功奏折中吹噓道“十?dāng)?shù)萬賊兵，頃刻俱盡”圍攻南京的十萬南明軍隊(duì)被一萬清軍打得全軍覆沒，這無疑是一種夸張手法，因?yàn)樵蹅冎罢f過，鄭成功的巔峰兵力也不過七八萬人，而且很明顯此戰(zhàn)鄭成功的損失并沒有想象得那么嚴(yán)重，因?yàn)猷嵆晒υ谕顺鲩L江之后還準(zhǔn)備攻打崇明縣，控制這個(gè)重要的入?？?，但是他很快又要失望了。

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