? ? ? ?進(jìn)化樹的由來？它可以說明什么問題？

?????? 做過很多個(gè)進(jìn)化樹，但每次關(guān)于選擇哪個(gè)方法去做，做出來有什么意義，卻從來沒深入學(xué)習(xí)過，最近又用一組蛋白序列做了一個(gè)進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)這個(gè)蛋白做出來的進(jìn)化樹居然和報(bào)道的該類生物的系統(tǒng)進(jìn)化樹一樣，這說明了什么？該類蛋白和內(nèi)群中物種的分化有關(guān)？起碼是很保守的蛋白，就像我們常用線粒體來做系統(tǒng)發(fā)生樹，總之我是一頭霧水，并且我不想再這樣隨便做進(jìn)化樹了事了，太好奇如何評(píng)價(jià)進(jìn)化樹的好壞，又能說明什么問題？

?????? 帶著這些問題拜讀了Douglas J. Futuyma的《生物進(jìn)化》，第二章里詳細(xì)介紹了關(guān)于系統(tǒng)發(fā)生樹的相關(guān)知識(shí)，在此與大家分享一些我覺得很有用的，起碼是我看完后覺得受益的地方。

?????? 人們總是喜歡給所有事物都給個(gè)定義和分類，因?yàn)榻o這些本沒有范疇的事物強(qiáng)加范疇，會(huì)使得處理事情更容易，交流更順暢，而且用范疇來思考也會(huì)容易記憶，不管人們給生物做分類一開始的初衷是什么，對(duì)我們總是會(huì)帶來很多好處，這本書上是說18世紀(jì)早期對(duì)生物進(jìn)行分類是為了“通過對(duì)造物者的作品進(jìn)行歸類并挖掘出一個(gè)天然的、真實(shí)的分類體系而發(fā)現(xiàn)其創(chuàng)世方案是一項(xiàng)虔誠的職責(zé)”，anyway，我覺得對(duì)生物進(jìn)行分類是人類必然要做的事，就像我們很自然的把鉛筆、橡皮歸為文具一樣。

? ?? 【我的天，覺得自己的思想這么amazing，寫著寫著就被自己帥到了】

? ? ? ?然后林奈登場(chǎng)了，他提出用雙名法對(duì)所有生物進(jìn)行分類，更重要的是他想出了一個(gè)物種歸類的等級(jí)分類體系，即現(xiàn)在的：界門綱目科屬種。如果當(dāng)時(shí)他提出的是三名法，后人就得用三名法給生物命名了。

?????? 達(dá)爾文，是一個(gè)喜歡周游列島的富二代

? ? ???動(dòng)物看多了，總結(jié)出一些規(guī)律，突然有一天頓悟……總之最后提出了一個(gè)大膽的猜想“所有生物來自于一個(gè)共同祖先，現(xiàn)存的和滅絕了的所有物種組成了一個(gè)宏偉的”生命之樹“，或稱為系統(tǒng)發(fā)育樹“，可能是因?yàn)樗笥讯?，大家都喜歡和土豪做朋友嘛，而且現(xiàn)有的證據(jù)也支持這個(gè)猜想，于是這個(gè)想法逐漸散布開來，影響至今。

? ? ? ?這個(gè)故事說明了什么？說明我們應(yīng)該多出去旅旅游，出去見見世面，看看花花草草、魚魚鳥鳥的，一個(gè)是有助于身心健康，而且還有時(shí)間多思考，想有好的idea，那就得多travel（什么鬼？）

?????? 這個(gè)進(jìn)化的猜想，就把所有的生物都聯(lián)系在了一起，如果用一顆巨大的樹來表示，根部是所有生物的共同祖先，樹枝末端是現(xiàn)存的所有生物，是不是很有畫面感?？墒沁@棵樹，我們只知道樹根和樹梢，樹枝的形狀，在哪里開始分枝，枝長(zhǎng)多少，我們都想知道，好奇心害死腦細(xì)胞。

?????? 那么如何去做進(jìn)化樹？一開始沒有做到DNA的水平，只能通過生物的外形，或者解剖其內(nèi)部器官等宏觀的方法來評(píng)價(jià)，那么我們選擇它們的哪些特征來評(píng)價(jià)其親源關(guān)系呢？比如我們想知道A, B, C的進(jìn)化關(guān)系，評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)歸結(jié)為兩點(diǎn)：

1. 共同祖先具有的特征：這樣可以證明哪兩個(gè)具有更近的共同祖先

2. 現(xiàn)在的形態(tài)特征：用來證明它們關(guān)系是否親近，這可以避免由于趨同或平行進(jìn)化使得某特征一樣，但實(shí)際兩者相差甚遠(yuǎn)的情況

?????? 根據(jù)這些特征，就可以把特征相同的放在一起，不同的就屬于另一個(gè)枝杈，一開始是選擇最大簡(jiǎn)約法建樹，這個(gè)方法的前提是假設(shè)“最接近真實(shí)系統(tǒng)發(fā)生的樹就是所要求的進(jìn)化變化數(shù)最少的那棵系統(tǒng)發(fā)生樹“，簡(jiǎn)單來說就是把相同特性的放一起，把進(jìn)化次數(shù)減到最小，比如A, B, C三個(gè)生物，A, B都是有腿，C是無腿，按照“進(jìn)化次數(shù)最少為最佳進(jìn)化樹”的假設(shè)，那么A,B就歸到一起，C單獨(dú)出來，假設(shè)它們經(jīng)歷了一次進(jìn)化使得C與A,B分開。但也有可能是這樣的：A從有腿進(jìn)化成無腿，后來又有了腿，簡(jiǎn)約法就考慮不到這種情況，因?yàn)樗且赃M(jìn)化最少是最好為前提構(gòu)建進(jìn)化樹的，很顯然，最大簡(jiǎn)約法使用的時(shí)候就不適合選擇變異率大的特征，而是要找那種保守的，避免由于進(jìn)化逆轉(zhuǎn)造成的進(jìn)化樹構(gòu)建錯(cuò)誤。

?????? 隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，DNA、蛋白序列構(gòu)建進(jìn)化樹的方法興起，要考慮的因素也多了起來，最大似然法和貝葉斯法是目前最為廣泛使用的方法，這部分書中沒有詳細(xì)講述這兩種方法，我還需要再補(bǔ)補(bǔ)功課。

?????? 這次就嘮這么多吧~