小云作為一個(gè)兢兢業(yè)業(yè)的科研民工，每天的日常工作就是閱文上百篇，就是想發(fā)現(xiàn)點(diǎn)新東西、挖掘點(diǎn)新思路···

這不，今天在看文獻(xiàn)的時(shí)候，還真就發(fā)現(xiàn)了一點(diǎn)有意思的東西——有篇非腫瘤生信文章給我一種似曾相識(shí)的感覺，總感覺之前分享過這種思路，但文章的分析方向又沒推薦過，到底怎么回事呢？（ps：就喜歡這種探案的感覺，想想都有點(diǎn)小興奮，小云要去自己公眾號(hào)里查明真相了）

那就翻翻自己以前推薦過的思路吧，一翻嚇一跳啊，小云在去年12月份分享過一篇8分+銅死亡非腫瘤診斷模型+疾病分型的思路，新發(fā)現(xiàn)的這篇文章就是銅死亡思路的完美復(fù)刻！（ps：對(duì)銅死亡思路感興趣的朋友可以移步公眾號(hào)搜索或點(diǎn)擊文末鏈接觀看哦）

同一疾病（克羅恩?。?，用的還是同一分析思路（診斷模型+疾病分型），只是換了個(gè)分析方向（把銅死亡換成了NLRP3炎癥小體），并且還能發(fā)到8分+，驚呆了，就說厲害不厲害？

下面跟云來一起看看這篇8分+?NLRP3炎癥小體方向純生信文章，只能說在非腫瘤疾病中運(yùn)用診斷模型+疾病分型思路發(fā)文章，效果非常哇塞！懂得朋友趕緊拼手速啦！

l?題目：克羅恩病中NLRP3炎癥小體特征的調(diào)控模式及其與免疫微環(huán)境的關(guān)系

l?雜志：Frontiers in immunology

l?影響因子：IF=8.786

l?發(fā)表時(shí)間：2023年1月

研究背景

克羅恩?。–D）的特征是炎癥和免疫反應(yīng)失調(diào)。據(jù)報(bào)道，NLRP3炎癥小體參與克羅恩病的發(fā)病機(jī)制、進(jìn)展和治療反應(yīng)。然而，缺乏對(duì)克羅恩病中NLRP3炎癥小體及其相關(guān)分子的全面研究。

數(shù)據(jù)來源

研究流程

首先分析NLRP3炎癥體相關(guān)基因在GSE100833 和?GSE16879中的差異表達(dá)。NLRP3炎癥體相關(guān)差異基因進(jìn)行單因素logistic回歸分析和LASSO回歸分析以建立診斷模型，并利用ROC曲線驗(yàn)證其診斷性能。隨后，分析了診斷模型與免疫浸潤細(xì)胞的相關(guān)性及其富集通路。根據(jù)14個(gè)NLRP3炎癥體相關(guān)基因的表達(dá)模式將CD患者聚類為兩個(gè)亞組，進(jìn)行免疫浸潤分析，篩選差異基因并進(jìn)一步分析兩組間富集通路差異，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并預(yù)測(cè)關(guān)鍵基因與藥物的相互作用。

主要結(jié)果

1. NLRP3炎癥體相關(guān)基因差異表達(dá)分析和診斷模型構(gòu)建

在GSE100833數(shù)據(jù)集中使用Wilcoxon檢驗(yàn)來分析NLRP3炎癥體相關(guān)基因在患病樣本和正常組織之間的差異表達(dá)（圖1A）。差異基因通過單變量logistic回歸和LASSO回歸分析以建立基于14個(gè)基因的診斷模型（圖1B, D），比較兩組間的評(píng)分差異（圖1E），并利用ROC曲線驗(yàn)證其診斷性能（圖1F）。

圖1差異表達(dá)的NLRP3炎癥體相關(guān)基因的鑒定和診斷模型構(gòu)建

2. NLRP3炎癥體相關(guān)基因與免疫浸潤的相關(guān)性分析

利用ssGSEA分析比較CD患者和正常組間的免疫細(xì)胞浸潤水平（圖2A）。此外，分析了NLRP3炎癥體相關(guān)基因和免疫細(xì)胞浸潤之間的相關(guān)性（圖2B）。利用ssGSEA分析兩組間免疫相關(guān)通路的富集，并分析NLRP3炎癥體相關(guān)基因和免疫相關(guān)途徑之間的相關(guān)性（圖2C, D）。分析兩組間人類白細(xì)胞抗原(HLA)相關(guān)基因表達(dá)，以及NLRP3炎癥體相關(guān)基因和HLA相關(guān)基因之間的相關(guān)性（圖2E, F）。

圖2 免疫浸潤分析

3. 基于NLRP3炎癥體相關(guān)基因的疾病分型及分析

基于14個(gè)NLRP3炎癥體相關(guān)基因進(jìn)行無監(jiān)督聚類，確定了克羅恩病的兩種亞型（圖3A，C），比較了兩亞型間NLRP3炎癥體相關(guān)基因的表達(dá)（圖3D）。利用ssGSEA分析兩亞型間的免疫浸潤情況（圖4A），通過GSVA分析兩個(gè)亞型中富集的途徑（圖4B）。識(shí)別兩亞型間的差異基因，進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，獲得hub基因（圖5A）。使用DGIdb數(shù)據(jù)庫，分析hub基因中的4個(gè)關(guān)鍵NLRP3炎癥體相關(guān)基因與藥物的相互作用（圖5B）。

圖3疾病分型分析

文章小結(jié)

這個(gè)文章的亮點(diǎn)一個(gè)是分析方向的選擇（炎癥中的NLRP3，此方向研究的較少，創(chuàng)新性比較高，文中所用基因集小云也整理好了，私信小云獲取哦），另一個(gè)就是分析思路的設(shè)計(jì)——診斷模型+疾病分型。模型構(gòu)建和分型放在腫瘤中都比較常規(guī)，但是挪到非腫瘤疾病領(lǐng)域還是相當(dāng)夠用的，尤其是疾病分型在非腫瘤疾病中做的比較少，再加上本身的診斷模型，數(shù)據(jù)量和創(chuàng)新性都有所提高。這個(gè)思路趕快學(xué)起來喲，別人已經(jīng)驗(yàn)證成功了，腳步慢可就趕不上發(fā)文紅利啦！