飼養(yǎng)期間，需要對籠具消毒時，可用抹布浸上適宜的消毒劑擦拭。用過的隔離器，在實驗結(jié)束后可用過氧乙酸或其他適當(dāng)?shù)南緞┫?。對動物室?nèi)的污染設(shè)備和材料，必須經(jīng)過適當(dāng)?shù)南竞蠓娇衫^續(xù)使用或運出ABSL-2實驗室。

實驗結(jié)束時，所有剩余的動物隔間的補給物質(zhì)(如輔助材料、飼料)必須拿走并消毒。樣品容器及從防護屏障內(nèi)拿出的其他物品，以及許多不能采用熱處理的物品，可以采用化學(xué)消毒劑去除污染。

實驗結(jié)束后，所有的解剖器械必須經(jīng)過高壓滅菌或消毒。在包裝需滅菌物品時，要特別注意容器的尺寸和在高壓滅菌器中的分布，裝廢棄物的容器必須允許蒸汽穿透，避免將多個容器摞在一起和超負荷放置，以免消毒失敗。根據(jù)高壓滅菌器的使用頻率，定期用生物指示劑監(jiān)測高壓滅菌器效率，并記錄結(jié)果。監(jiān)測滅菌效果時，通過將生物指示劑放在被高壓滅菌物的正中間(如加載物去污染最困難的區(qū)域)進行高壓來制定標(biāo)準(zhǔn)的加載量和處理時間，以建立有效的高壓除菌操作參數(shù)。

生物指示器也可用作滅菌操作的常規(guī)監(jiān)測(如每周一次，取決于使用頻率),以檢測高壓滅菌的效果，必須做好每次運轉(zhuǎn)的時間、溫度和壓力等的記錄。

動物室可采用甲醛熏蒸、過氧化氫熏蒸等適宜的方法進行徹底消毒。

實驗人員在離開動物實驗室時，必須換下防護服并消毒，可以根據(jù)操作病原體的性質(zhì)確定是否淋浴或簡單消毒處理后出實驗室。