大家好，歡迎查看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第3期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)10篇。以下是應(yīng)用華大時(shí)空StereoCopilot生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1：人類(lèi)乳腺單細(xì)胞空間基因組圖譜

A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast

Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-023-06252-9

內(nèi)容概要：構(gòu)建了單細(xì)胞和空間分辨率的綜合人類(lèi)乳腺細(xì)胞圖譜（Human Breast Cell Atlas，HBCA），包含來(lái)自126名女性的714,331個(gè)細(xì)胞和來(lái)自20名女性的117,346個(gè)細(xì)胞核。同時(shí)，使用四種不同技術(shù)的空間測(cè)繪揭示了一個(gè)意想不到的豐富的組織駐留免疫細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)，以及導(dǎo)管和小葉區(qū)域之間明顯的分子差異。HBCA為研究乳腺生物學(xué)、發(fā)育及乳腺癌等疾病提供了全面的參考。

2：平滑肌α-肌動(dòng)蛋白錯(cuò)義變異通過(guò)調(diào)節(jié)平滑肌細(xì)胞內(nèi)的膽固醇促進(jìn)動(dòng)脈粥樣硬化

Smooth muscle α-actin missense variant promotes atherosclerosis through modulation of intracellular cholesterol in smooth muscle cells

European Heart Journal; IF: 35.855; DOI: 10.1093/eurheartj/ehad373

內(nèi)容概要：攜帶和不攜帶p.Arg149Cys變異體的Apoe-/-小鼠均被喂食高脂肪飲食12周，然后評(píng)估動(dòng)脈粥樣硬化斑塊的形成并進(jìn)行scRNA-seq分析，確定了突變型R149C α-肌動(dòng)蛋白觸發(fā)動(dòng)脈粥樣硬化負(fù)擔(dān)增加的機(jī)制，并進(jìn)一步強(qiáng)調(diào)了膽固醇誘導(dǎo)的平滑肌細(xì)胞表型調(diào)節(jié)在驅(qū)動(dòng)動(dòng)脈粥樣硬化斑塊形成中的作用。

3：發(fā)育過(guò)程中兩性二肽性果蠅前腿及其感覺(jué)器官的單細(xì)胞圖譜

A single-cell atlas of the sexually dimorphic Drosophila foreleg and its sensory organs during development

PLoS Biology; IF: 9.593; DOI: 10.1371/journal.pbio.3002148

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq分析雄性果蠅前腿在蛹發(fā)育過(guò)程中的第一跗節(jié)，描述了感覺(jué)器官所在的細(xì)胞景觀(guān)，識(shí)別了一種有助于神經(jīng)層構(gòu)建的新型細(xì)胞類(lèi)型，并解決了感覺(jué)器官內(nèi)部和之間支持細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組差異，為研究感覺(jué)器官的發(fā)育和功能提供了豐富的注釋資源。

4：通過(guò)YAP/TAZ和TEAD機(jī)械控制哺乳動(dòng)物晝夜節(jié)律

Mechanical control of the mammalian circadian clock via YAP/TAZ and TEAD

The Journal of Cell Biology; IF: 8.077; DOI: 10.1083/jcb.202209120

內(nèi)容概要：使用單細(xì)胞晝夜節(jié)律的高通量分析，并應(yīng)用受控制的機(jī)械、生化和遺傳擾動(dòng)來(lái)研究哺乳動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)時(shí)鐘基因Rev-erbα的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)成纖維細(xì)胞生物鐘通過(guò)YAP/TAZ核水平進(jìn)行機(jī)械調(diào)節(jié)。這種機(jī)制可以解釋當(dāng)YAP/TAZ活性上調(diào)時(shí)觀(guān)察到的晝夜節(jié)律受損，例如在癌癥和衰老中。

5：單細(xì)胞多組學(xué)分析揭示人類(lèi)胎兒發(fā)育過(guò)程中造血細(xì)胞的特定類(lèi)群和胎兒特征

Single-cell multiomics of human fetal hematopoiesis defines a developmental specific population and a fetal signature

Blood Advances; IF: 7.637; DOI: 10.1182/bloodadvances.2023009808

內(nèi)容概要：提出了妊娠早期原始血液發(fā)育的組合單細(xì)胞免疫表型和轉(zhuǎn)錄圖譜，結(jié)合CITE-seq（轉(zhuǎn)錄組和表位測(cè)序細(xì)胞索引）對(duì)胎兒肝臟中已建立的免疫表型門(mén)控祖細(xì)胞的分子譜進(jìn)行分析，揭示了胎兒造血系統(tǒng)的發(fā)育過(guò)程和細(xì)胞分化軌跡。強(qiáng)調(diào)了胎兒和成人血細(xì)胞之間的分子和免疫表型差異，這對(duì)于兒童白血病和一般血液發(fā)育的未來(lái)研究具有重要意義。

6：單細(xì)胞分辨率定義的人內(nèi)耳類(lèi)器官中前感覺(jué)細(xì)胞的發(fā)育軌跡

Defining developmental trajectories of prosensory cells in human inner ear organoids at single-cell resolution

Development(Cambridge, England); IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201071

內(nèi)容概要：使用CRISPR/Cas9技術(shù)建立SOX2-2A-ntdTomato人胚胎干細(xì)胞系，并在分化第 20~60天之間的不同時(shí)間點(diǎn)對(duì)從內(nèi)耳類(lèi)器官中分離的SOX2陽(yáng)性細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)前庭II型毛細(xì)胞主要來(lái)自支持細(xì)胞，而不是類(lèi)器官中的雙向分化的前感受細(xì)胞。

7：急性缺血性中風(fēng)中周細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄景觀(guān)

The transcriptional landscape of pericytes in acute ischemic stroke

Translational Stroke Research; IF: 6.800; DOI: 10.1007/s12975-023-01169-x

內(nèi)容概要：利用永久性大腦中動(dòng)脈閉塞小鼠模型，結(jié)合scRNA-seq研究卒中后1、12和24 h周細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組特征的時(shí)間差異，發(fā)現(xiàn)發(fā)現(xiàn)卒中后12、24小時(shí)存在一種與細(xì)胞因子信號(hào)和免疫反應(yīng)相關(guān)的亞群，這可能是潛在治療靶點(diǎn)。

8：工蜂覓食行為過(guò)程中蛻皮激素受體靶基因的鑒定

Identification of ecdysone receptor target genes in the worker honey bee brains during foraging behavior

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-37001-7

內(nèi)容概要：利用染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序分析看護(hù)蜂和覓食蜂大腦中的蛻皮激素受體（ecdysone receptor，EcR）信號(hào)表達(dá)情況，并通過(guò)scRNA-seq和功能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)除在發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮作用外，EcR轉(zhuǎn)錄抑制了成年工蜂大腦覓食行為中的代謝過(guò)程。

9：銅凋亡關(guān)鍵基因MTF1在泛癌中的生物學(xué)意義及其對(duì)ROS介導(dǎo)的肝癌細(xì)胞死亡的抑制作用

The biological significance of cuproptosis-key gene?MTF1?in pan-cancer and its inhibitory effects on ROS-mediated cell death of liver hepatocellular carcinoma

Discover. Oncology; IF: 4.667; DOI: 10.1007/s12672-023-00738-8

內(nèi)容概要：通過(guò)綜合分析來(lái)評(píng)估金屬調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子1（metal regulatory transcription factor 1 ，MTF1）在泛癌中的特征，發(fā)現(xiàn)MTF1在銅誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡中發(fā)揮重要作用，并且MTF1的缺失會(huì)導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞的免疫逃逸和代謝異常，揭示了MTF1在各種人類(lèi)癌癥的發(fā)生和發(fā)展中發(fā)揮重要作用。

10：基于單細(xì)胞和bulk RNA測(cè)序的癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞亞型的鑒定和驗(yàn)證以及前列腺癌生化復(fù)發(fā)的預(yù)后模型

Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05011-7

內(nèi)容概要：結(jié)合bulk和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，確認(rèn)了癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs）在前列腺癌中具有重要作用，同時(shí)，建立的與生化復(fù)發(fā)（biochemical recurrence，BCR）相關(guān)的CAFs特征準(zhǔn)確預(yù)測(cè)了前列腺癌患者的預(yù)后和免疫治療反應(yīng)，為癌癥治療提供了新方法。

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