蛋白肽段鑒定就是對蛋白質(zhì)酶解得到的小分子肽段進行鑒定，主要包括定性定量鑒定、分子質(zhì)量鑒定、氨基酸序列鑒定以及翻譯后情況如修飾類型、修飾位點以及修飾水平鑒定。蛋白肽段鑒定是進行蛋白質(zhì)鑒定的重要內(nèi)容，基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)鑒定通常都是通過“自下而下”的策略實現(xiàn)的，即通過直接分析小分子肽段來實現(xiàn)完整蛋白的分析。

質(zhì)譜技術(shù)可以實現(xiàn)多種蛋白肽段鑒定，是蛋白肽段鑒定的重要手段。通常結(jié)合液相色譜技術(shù)即利用液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜對蛋白肽段進行鑒定，大致流程為先將肽段通過液相色譜進行分離，再對分離后的肽段進行質(zhì)譜檢測，采集肽段母離子的碎片信息，最后根據(jù)質(zhì)譜數(shù)據(jù)如肽段離子質(zhì)荷比、離子峰強度等信息與理論的蛋白數(shù)據(jù)庫進行比較，再結(jié)合相應(yīng)生物信息學(xué)分析手段實現(xiàn)肽段的鑒定。