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R|SSR分子標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)(N)統(tǒng)計(jì)

2023-05-03 09:35 作者:伏見鎖骨上的印記_  | 我要投稿

目的:統(tǒng)計(jì)SSR分子標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)。(比較雞肋,一般進(jìn)行分子標(biāo)記遺傳多樣性分析,位點(diǎn)數(shù)就會(huì)在其中統(tǒng)計(jì)。)適用于單倍體、二倍體或多倍體二倍化處理的樣本(后續(xù)以二倍體數(shù)據(jù)為介紹)。

方法:跟去年寫的差不多是同系列。讀取數(shù)據(jù)→以“/”切割數(shù)據(jù)→切割后數(shù)據(jù)合并為一列→過濾、刪除重復(fù)值、排序→計(jì)數(shù)

一、加載需要用到的R包

二、原始數(shù)據(jù)讀取(二倍體數(shù)據(jù)演示)

處理數(shù)據(jù)格式:每一行為一個(gè)個(gè)體的單倍型,每一列為同一分子標(biāo)記在不同個(gè)體中的等位變異。其中包含缺失數(shù)據(jù)"?/?"(不是?/?),或者使用空值""表示。

二倍體數(shù)據(jù)或多倍體二倍化后的數(shù)據(jù)
單倍體數(shù)據(jù)

三、切割數(shù)據(jù)、合并為一列、過濾、統(tǒng)計(jì)等

*運(yùn)行后會(huì)出現(xiàn)紅色提醒,但是查看了統(tǒng)計(jì)后結(jié)果是正確的,所以沒管這個(gè)提醒

四、統(tǒng)計(jì)每個(gè)引物變異位點(diǎn)數(shù)據(jù)

df_a1的結(jié)果

五、整合結(jié)果

最后的輸出結(jié)果:

輸出的最后結(jié)果

PS:自夸時(shí)間。我這個(gè)創(chuàng)建一個(gè)list然后去收集每次輸出結(jié)果的這個(gè)代碼寫的好好啊,我真厲害!(叉腰

【最復(fù)雜的代碼,做最簡(jiǎn)單的事。】?

R|SSR分子標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)(N)統(tǒng)計(jì)的評(píng)論 (共 條)

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