一文分清IP、co-IP、ChIP、RIP、pull-down！
蛋白質(zhì)是生物功能最直接的執(zhí)行者，雖然一些蛋白質(zhì)可以獨(dú)立的完成他的使命，但是大部分的蛋白都是需要一些伴侶分子的協(xié)助一起完成任務(wù)或者形成復(fù)合物之后才能充分發(fā)揮他的功能。
了解蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間的相互作用，能夠幫助我們更好的了解細(xì)胞的生命活性，揭示隱藏在表象下的調(diào)控機(jī)理。說到蛋白互作，就繞不開IP、co-IP、ChIP、RIP、pull-down這幾個(gè)實(shí)驗(yàn)技術(shù)。他們之間既有聯(lián)系又有區(qū)別，放在一起還真的有點(diǎn)傻傻分不清楚，今天就主要介紹一下這幾個(gè)實(shí)驗(yàn)技術(shù)！
文末還有《實(shí)驗(yàn)Protocol大全》，有需要可自行領(lǐng)??！
一、免疫沉淀技術(shù)（Immunoprecipitation, IP）
免疫沉淀技術(shù)（Immunoprecipitation, IP）主要原理是根據(jù)抗原和抗體的特異性結(jié)合，利用抗體將靶標(biāo)蛋白（即抗原）分離出來，只是為了檢測某一種蛋白的表達(dá)情況。co-IP、ChIP、RIP等技術(shù)由IP演化而來，可以用來研究與蛋白結(jié)合的分子。
二、免疫共沉淀技術(shù)（co-Immunoprecipitation, co-IP）
免疫共沉淀技術(shù)（co-Immunoprecipitation, co-IP）是一種研究兩種蛋白在體內(nèi)是否存在相互作用的有效方法，通過抗體和已知蛋白結(jié)合，從而捕獲整個(gè)已知蛋白復(fù)合物，進(jìn)而研究復(fù)合物中與已知蛋白存在相互作用的蛋白。
IP和co-IP的區(qū)別在于檢測的最終目標(biāo)是直接與抗體結(jié)合的蛋白，還是間接與抗體結(jié)合的蛋白。
三、染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是用來研究蛋白質(zhì)與DNA是否在體內(nèi)存在相互作用，常用來檢測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。利用抗原抗體的特異性結(jié)合，將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來，能夠真實(shí)地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白。
一般包括：細(xì)胞固定---染色質(zhì)斷裂---染色質(zhì)免疫沉淀---交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn)---DNA的純化及鑒定?？梢杂肞CR或者高通量測序鑒定DNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合情況。
四、Pull-down實(shí)驗(yàn)
主要原理是利用帶有標(biāo)簽的已知蛋白作為誘餌蛋白（最常用的是GST標(biāo)簽，即谷胱甘肽巰基轉(zhuǎn)移酶，glutathione S-transferase），誘餌蛋白特異性結(jié)合谷胱甘肽親和樹脂，當(dāng)目的蛋白溶液過柱時(shí)，將誘餌蛋白及其相互作用的蛋白復(fù)合物捕獲。復(fù)合物洗脫后，通過蛋白凝膠電泳分析兩種蛋白間的相互作用，或者篩選相應(yīng)的目的蛋白。
這里補(bǔ)充一下：co-IP和pulldown區(qū)別是什么？
co-IP研究的是體內(nèi)自然狀態(tài)下的蛋白質(zhì)互作，反應(yīng)地是比較真實(shí)的蛋白質(zhì)之間的相互作用，而pull down則是通過體外實(shí)驗(yàn)，無法得知體內(nèi)真實(shí)的結(jié)合情況。
co-IP由于沉淀下來的是蛋白復(fù)合物，所以不能顯示蛋白質(zhì)之間的相互作用是直接還是間接的，而pull down可以確定目的蛋白和檢測蛋白是否可以發(fā)生直接相互作用。
五、RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀技術(shù)
RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀技術(shù)（RNA Binding Protein ImmunoprecipitationAssay，RIP）主要是用來研究體內(nèi)、RNA與蛋白結(jié)合情況，利用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，通過分離純化，對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA 進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證或測序分析。
六、RNA pull down實(shí)驗(yàn)
顧名思義，是研究RNA與蛋白質(zhì)相互作用的一種技術(shù)。利用生物素標(biāo)記的RNA探針，通過與含有目的蛋白的溶液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。
復(fù)合物可以特異性結(jié)合磁珠，從而與孵育液中的其他蛋白分離。復(fù)合物洗脫后，通過蛋白凝膠電泳實(shí)驗(yàn)，檢測特定的RNA與蛋白的結(jié)合情況。
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