大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第15期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)18篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、乳酸依賴性轉(zhuǎn)錄調(diào)控控制著哺乳動(dòng)物眼睛的形態(tài)發(fā)生

Lactate-dependent transcriptional regulation controls mammalian eye morphogenesis

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39672-2

內(nèi)容概要：通過(guò)研究乳酸依賴性轉(zhuǎn)錄調(diào)控對(duì)哺乳動(dòng)物眼睛形態(tài)發(fā)生的影響，發(fā)現(xiàn)有氧糖酵解對(duì)于視網(wǎng)膜早期發(fā)育至關(guān)重要。通過(guò)使用眼器官和scRNA-seq相結(jié)合的無(wú)偏方法，確定了視網(wǎng)膜祖細(xì)胞中特異性的葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)體和糖酵解基因。小鼠胚胎的視囊區(qū)域顯示出升高的糖酵解活性。該研究結(jié)果確定了乳酸鹽作為信號(hào)分子在哺乳動(dòng)物眼睛形態(tài)發(fā)生中具有出乎意料的生物能獨(dú)立作用。

2、從單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析細(xì)胞-細(xì)胞相互作用在癌癥中的應(yīng)用前景

The promising application of cell-cell interaction analysis in cancer from single-cell and spatial transcriptomics

Seminars in Cancer Biology; IF: 14.500 ; DOI: 10.1016/j.semcancer.2023.07.001

內(nèi)容概要：該綜述討論了從非空間單細(xì)胞RNA測(cè)序中推斷細(xì)胞-細(xì)胞相互作用的快速增長(zhǎng)的計(jì)算工具陣列和有限但不斷增長(zhǎng)的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)方法。這些計(jì)算工具的下游分析及其在癌癥研究中的應(yīng)用十分突出。最后，提出了進(jìn)一步擴(kuò)展的幾個(gè)方向，預(yù)計(jì)多組學(xué)癌癥數(shù)據(jù)的可用性將不斷增加。

3、二甲雙胍重編程色氨酸代謝以刺激結(jié)腸直腸癌中CD8+T細(xì)胞功能

Metformin reprograms tryptophan metabolism to stimulate CD8+T-cell function in colorectal cancer

Cancer Research; IF: 11.200 ; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-3042

內(nèi)容概要：基于scRNA-seq技術(shù)，發(fā)現(xiàn)二甲雙胍可以重塑結(jié)直腸癌的免疫景觀，擴(kuò)大CD8+T細(xì)胞的比例并增強(qiáng)其功能。二甲雙胍通過(guò)重新編程色素瘤細(xì)胞的色氨酸代謝，減少其對(duì)色氨酸的攝取，從而增加CD8+T細(xì)胞的細(xì)胞毒性。這項(xiàng)研究表明，二甲雙胍可以作為治療結(jié)直腸癌的潛在免疫治療策略。

4、HDAC2-SP1軸調(diào)控腫瘤巨噬細(xì)胞的極化

The HDAC2-SP1 axis orchestrates protumor macrophage polarization

Cancer Research; IF: 11.200 ; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-1270

內(nèi)容概要：通過(guò)研究肺癌腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（tumor-associated macrophages，TAM）的轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和表觀遺傳調(diào)控，發(fā)現(xiàn)HDAC2過(guò)表達(dá)的M2型TAM與腫瘤細(xì)胞的空間接近，與肺癌患者的總體生存率顯著相關(guān)。抑制TAM中的HDAC2可以改變巨噬細(xì)胞表型、遷移和與癌細(xì)胞相關(guān)的信號(hào)通路，從而減少癌細(xì)胞的增殖和遷移，增加癌細(xì)胞凋亡，減弱內(nèi)皮細(xì)胞管形成。TAM特異性的HDAC2表達(dá)可能為肺癌分層的生物標(biāo)志物和開(kāi)發(fā)改進(jìn)治療方法的靶點(diǎn)。

5、Fibulin-1調(diào)控牙齒連續(xù)性牙板的啟動(dòng)

Fibulin-1 regulates initiation of successional dental lamina

Journal of Dental Research; IF: 8.924; DOI: 10.1177/00220345231182052

內(nèi)容概要：該研究探討了牙齒的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中繼承牙板（ successional dental lamina，SDL）干細(xì)胞的分化和成熟機(jī)制，揭示了SDL干細(xì)胞微環(huán)境的調(diào)控機(jī)制。通過(guò)對(duì)小型豬的實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)RUNX2通過(guò)調(diào)控DFDP中fibulin-1的表達(dá)，維持SDL干細(xì)胞的穩(wěn)態(tài)，從而抑制SDL的發(fā)育。

6、跨器官單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示斑馬魚中巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞的異質(zhì)性

Cross-organ single-cell transcriptome profiling reveals macrophage and dendritic cell heterogeneity in zebrafish

Cell Reports; IF: 8.800; DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112793

內(nèi)容概要：通過(guò)scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)組織駐留巨噬細(xì)胞（tissue-resident macrophages，TRMs）和樹突狀細(xì)胞（dendritic cells，DCs）在成年斑馬魚不同器官中具有高度異質(zhì)性，其中TRMs包括具有強(qiáng)烈吞噬特征的促炎性巨噬細(xì)胞和具有組織再生特征的促重塑巨噬細(xì)胞，而DCs包括具有突出抗原呈遞能力的傳統(tǒng)樹突狀細(xì)胞和具有抗病毒特性的漿細(xì)胞樣樹突狀細(xì)胞。該研究全面揭示了斑馬魚各器官中TRMs和DCs的異質(zhì)性，并為斑馬魚中這些細(xì)胞的深入研究提供了有價(jià)值的資源。

7、衰老改變子宮內(nèi)膜樹突狀細(xì)胞功能和非傳統(tǒng)雙陰性T細(xì)胞在人類生殖道粘膜中的作用

Aging modifies endometrial dendritic cell function and unconventional double negative T cells in the human genital mucosa

Immunity and Ageing; IF: 7.900; DOI: 10.1186/s12979-023-00360-w

內(nèi)容概要：通過(guò)研究女性生殖道中的非傳統(tǒng)雙陰性T細(xì)胞（DN T細(xì)胞）和樹突狀細(xì)胞（dendritic cells，DCs）在老化過(guò)程中的變化，發(fā)現(xiàn)DN T細(xì)胞在不同部位的數(shù)量和功能隨著年齡的增長(zhǎng)而發(fā)生變化，其中子宮內(nèi)膜DN T細(xì)胞的細(xì)胞毒性增強(qiáng)，而宮頸的細(xì)胞毒性則減弱。此外，老年女性的DCs誘導(dǎo)DN T細(xì)胞增殖的能力增強(qiáng)，提示DCs的功能也隨著年齡的增長(zhǎng)而發(fā)生變化。

8、從小鼠到人類單核細(xì)胞記憶動(dòng)態(tài)的比較分析

Comparative analyses of monocyte memory dynamics from mice to humans

Inflammation Research; IF: 6.700; DOI: 10.1007/s00011-023-01762-8

內(nèi)容概要：通過(guò)研究小鼠和人類單核細(xì)胞的記憶動(dòng)態(tài)，發(fā)現(xiàn)低級(jí)炎癥單核細(xì)胞促進(jìn)慢性炎癥疾病的發(fā)病，而耗竭單核細(xì)胞推動(dòng)嚴(yán)重膿毒癥的發(fā)病。通過(guò)對(duì)體外實(shí)驗(yàn)耗竭單核細(xì)胞的偽時(shí)間分析，發(fā)現(xiàn)單核細(xì)胞最初轉(zhuǎn)化為具有增殖潛力的較不成熟狀態(tài)，這種狀態(tài)在小鼠膿毒癥和人類膿毒癥的組織中也可以觀察到。在慢性炎癥條件下，挑戰(zhàn)超低劑量?jī)?nèi)毒素的單核細(xì)胞不會(huì)耗竭，而是分化為低級(jí)炎癥免疫增強(qiáng)或趨化/粘附狀態(tài)。該研究揭示了單核細(xì)胞記憶動(dòng)態(tài)的關(guān)鍵特征，并證明了這些特征在人類和小鼠單核細(xì)胞中高度保守。

9、綜合基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析揭示與濾泡性淋巴瘤早期進(jìn)展相關(guān)的遺傳改變

Integrative genomic and transcriptomic analysis reveals genetic alterations associated with the early progression of follicular lymphoma

British Journal of Haematology; IF: 6,500; DOI: 10.1111/bjh.18974

內(nèi)容概要：通過(guò)分析415例濾泡性淋巴瘤（follicular lymphoma，F(xiàn)L）患者的臨床生物學(xué)特征，結(jié)合scRNA-seq和基因表達(dá)分析，確定了一線治療24個(gè)月內(nèi)疾病進(jìn)展的相關(guān)變量（POD24），并強(qiáng)調(diào)了與疾病診斷和早期進(jìn)展相關(guān)的獨(dú)特遺傳改變和基因表達(dá)的重要性。

10、在瘧疾寄生蟲中系統(tǒng)性宿主炎癥誘導(dǎo)階段特異性轉(zhuǎn)錄組修飾和較慢的成熟

Systemic host inflammation induces stage-specific transcriptomic modification and slower maturation in malaria parasites

mBio; IF: 6.400; DOI: 10.1128/mbio.01129-23

內(nèi)容概要：該研究發(fā)現(xiàn)，宿主炎癥可以通過(guò)改變宿主血漿中的代謝產(chǎn)物，直接抑制瘧原蟲的發(fā)育。同時(shí)，scRNA-seq結(jié)果表明，炎癥狀態(tài)下瘧原蟲的轉(zhuǎn)錄活性和翻譯能力受到了廣泛的影響。

11、癌細(xì)胞通過(guò)狹窄微孔的變形具有調(diào)節(jié)影響癌癥惡性程度的基因的潛力

The deformation of cancer cells through narrow micropores holds the potential to regulate genes that impact cancer malignancy

Lab on a Chip; IF: 6.100; DOI: 10.1039/d3lc00069a

內(nèi)容概要：該研究建立了兩種三陰性乳腺癌細(xì)胞系（TW-1和TW-2），通過(guò)3 μm孔道對(duì)其進(jìn)行物理變形，以研究癌細(xì)胞變形與異質(zhì)性種群內(nèi)的轉(zhuǎn)移之間的關(guān)系。通過(guò)bulk RNA-seq，發(fā)現(xiàn)TW-1和TW-2細(xì)胞在物理變形后的生長(zhǎng)和遷移速度顯著受到影響。此外，評(píng)估了曲美替尼耐藥對(duì)乳腺癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移的影響，并發(fā)現(xiàn)TW-1-Tra和TW-2-Tra細(xì)胞系中OCT4和SOX2的表達(dá)增加，而GABRA-3和Myc的表達(dá)沒(méi)有顯著差異。這些發(fā)現(xiàn)強(qiáng)調(diào)了這些基因在癌細(xì)胞變形和藥物耐藥中的不同表達(dá)模式，為乳腺癌異質(zhì)性的理解和治療策略的改進(jìn)奠定了基礎(chǔ)。

12、Cytocipher在scRNA-seq數(shù)據(jù)中確定顯著不同的細(xì)胞群

Cytocipher determines significantly different populations of cells in single cell RNA-seq data

Bioinformatics?(Oxford, England); IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad435;?

內(nèi)容概要：介紹了一種名為Cytocipher的生物信息學(xué)方法和軟件包，可用于scRNA-seq數(shù)據(jù)的聚類顯著性分析。該方法可以自動(dòng)確定顯著的細(xì)胞群，并在多種情境下生成生物學(xué)見(jiàn)解，包括在人類外周血單個(gè)核細(xì)胞中鑒定CD8+T細(xì)胞亞型，在小鼠胰腺發(fā)育過(guò)程中確定細(xì)胞譜系中間狀態(tài)，以及在前列腺癌中過(guò)度表達(dá)的上皮細(xì)胞亞群。Cytocipher還可以擴(kuò)展到大型數(shù)據(jù)集，并具有高測(cè)試性能。

13、腫瘤來(lái)源的小細(xì)胞外囊泡通過(guò)上調(diào)巨噬細(xì)胞中的PD-L1表達(dá)來(lái)促進(jìn)乳腺癌進(jìn)展

Tumor-derived small extracellular vesicles promote breast cancer progression by upregulating PD-L1 expression in macrophages

Cancer Cell International; IF: 5.800; DOI: 10.1186/s12935-023-02980-0

內(nèi)容概要：通過(guò)scRNA-seq、IHC、RT-qPCR、流式細(xì)胞術(shù)、體內(nèi)實(shí)驗(yàn)及生物信息學(xué)分析等方法，發(fā)現(xiàn)乳腺癌（ breast cancer，BC）來(lái)源的小細(xì)胞外囊泡（small extracellular vesicles，sev）可以通過(guò)腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（tumor associated macrophages，TAMs）中miR-106b-5p/PTEN/AKT/PD-L1和miR-18a-5p/PIAS3/STAT3/PD-L1通路誘導(dǎo)BC轉(zhuǎn)移。因此，抑制這些信號(hào)通路的特異性相互作用可能是未來(lái)治療BC的潛在靶點(diǎn)。

14、Re：scRNA-seq分析用于鑒定原代Sca-1陽(yáng)性的非內(nèi)皮心臟細(xì)胞

Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells

Journal of Molecular and Cellular Cardiology; IF: 5.000; DOI: 10.1016/j.yjmcc.2023.07.001

內(nèi)容概要：關(guān)于成熟心臟Sca-1+細(xì)胞性質(zhì)的相互矛盾的報(bào)道引發(fā)了關(guān)于成熟心臟中存在原代Sca-1+非內(nèi)皮細(xì)胞的問(wèn)題。大多數(shù)研究都依賴于體外培養(yǎng)的細(xì)胞，已知這些細(xì)胞表現(xiàn)出異質(zhì)性并經(jīng)歷表型變化。因此，重新評(píng)估原代Sca-1+非內(nèi)皮細(xì)胞亞群，以確定對(duì)C-MSCs在心臟修復(fù)中的治療應(yīng)用具有最顯著影響的細(xì)胞是至關(guān)重要的。

15、中藥祖方Shi-Bi-Man調(diào)節(jié)乳酸代謝以激活毛囊干細(xì)胞并促進(jìn)毛發(fā)再生

Traditional Chinese Medicine Shi-Bi-Man regulates lactic acid metabolism and drives hair follicle stem cell activation to promote hair regeneration

Chinese Medicine; IF: 4.900; DOI: 10.1186/s13020-023-00791-z

內(nèi)容概要：結(jié)合scRNA-seq評(píng)估中藥方Shi-Bi-Man（SBM）對(duì)食蟹猴促進(jìn)毛發(fā)再生的作用及其潛在機(jī)制，發(fā)現(xiàn)SBM顯著促進(jìn)食蟹猴毛發(fā)再生。機(jī)制上，SBM可以通過(guò)上調(diào)LDHA介導(dǎo)的乳酸代謝，驅(qū)動(dòng)毛囊干細(xì)胞（hair follicle stem cells，HFSCs）激活，進(jìn)而促進(jìn)HFSCs的增殖和分化。

16、內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組景觀：指示胰腺導(dǎo)管腺癌中變量臨床結(jié)果的關(guān)鍵腫瘤微環(huán)境組分

Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma

Environmental Toxicology; IF: 4.109; DOI: 10.1002/tox.23881

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq數(shù)據(jù)從24個(gè)胰腺導(dǎo)管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）腫瘤和11個(gè)正常胰腺中獲取數(shù)據(jù)，比較了不同樣本類型中各種內(nèi)皮細(xì)胞（endothelial cells，ECs）群的相對(duì)豐度，PDAC患者中存在七個(gè)不同的ECs群集，每個(gè)群集都表現(xiàn)出顯著的代謝和免疫異質(zhì)性。針對(duì)CA4+ECs和MT1F+ECs的靶向治療方法可能有助于解決PDAC治療中的挑戰(zhàn)。此外，CA4+ECs、MT1F+ECs和RGS5+ECs的相對(duì)豐度變化被認(rèn)為是預(yù)測(cè)患者預(yù)后的指標(biāo)。

17、歐洲毒理學(xué)病理學(xué)學(xué)會(huì)（病理學(xué)2.0分子病理學(xué)特別興趣小組）：藥物研究和開(kāi)發(fā)的原位雜交技術(shù)綜述

European Society of Toxicologic Pathology (Pathology 2.0 Molecular Pathology Special Interest Group): Review of in situ hybridization techniques for drug research and development

Toxicologic Pathology; IF: 1.500; DOI: 10.1177/01926233231178282

內(nèi)容概要：原位雜交（ISH）可用于獲取細(xì)胞類型、亞細(xì)胞定位或靶標(biāo)表達(dá)水平的空間信息。由于免疫組織化學(xué)和ISH有相似的工作流程，它們的結(jié)合可以同時(shí)解決轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的問(wèn)題。該綜述回顧了ISH方法的研究現(xiàn)狀，以及其在藥物研究和開(kāi)發(fā)中的應(yīng)用。

18、利用空間標(biāo)記的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)對(duì)體外腫瘤異質(zhì)性進(jìn)行分析的方案

Protocol for profiling in?vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing

STAR Protocols; DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102447

內(nèi)容概要：介紹了一種用于空間定位scRNA-seq的技術(shù)，以深度單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞分辨率的方式對(duì)腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性進(jìn)行空間分析。通過(guò)結(jié)合活細(xì)胞成像和photopatterned照明，描述了在體外腫瘤模型中識(shí)別感興趣區(qū)域、標(biāo)記選定細(xì)胞并將其分離，繼而進(jìn)行scRNA-seq的步驟。該技術(shù)可應(yīng)用于一系列細(xì)胞系，并可擴(kuò)展到組織切片。

《時(shí)空日?qǐng)?bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識(shí)，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。