在清朝，有一戶大戶人家，生活十分美滿幸福，但是，這幸福在一天夜里戛然而止，他們家被山賊攻破了，山賊在大宅中燒殺搶掠，甚至連大戶人家的小女兒都不放過，但是，那個(gè)小女兒居然在很短的一段時(shí)間之后醒了過來，她看到面前坐著留著不標(biāo)準(zhǔn)的鼠尾辮的怪奇雜貨店的男店員，小女兒一開始還以為他是和那群山賊一伙的，直到她聽到是“怪奇雜貨店”的產(chǎn)品“重生泥俑”（這名字我編的）給了她新生，同時(shí)又看到了倒在一旁的自己的尸體，才明白究竟發(fā)生了什么，自此之后，她成了人不人鬼不鬼的怪物，住進(jìn)了“黑薔薇公館”以隱藏自己，每天用活物的血來維持自己的運(yùn)行，她為了緩解自己的孤獨(dú)，按照自己父母的模樣捏了兩個(gè)“重生泥俑”，結(jié)果，父母居然用少女的血來維持自己的運(yùn)行，于是，他們開始以招女傭的名義，來把少女騙到黑薔薇公館里，囚禁起來，用特殊的藥物喂養(yǎng)，然后抽干她們的血，剝下她們的一部分皮和肉，制成“藥人”，以此維持自己的運(yùn)行，等少女死了之后，便把尸體拋入附近的長(zhǎng)生河，于是，在長(zhǎng)生河附近的小鎮(zhèn)，就形成了有關(guān)于“河妖吃人”的傳說，就這樣，他們從清朝茍活到了民國(guó)。

在最近幾天，他們又往長(zhǎng)生河里面丟尸體，這搞得整個(gè)小鎮(zhèn)都人心惶惶，吸引來了一個(gè)叫余生的記者，也導(dǎo)致在河邊討生活的人全都失去了工作，這其中就有一個(gè)叫山明的十四歲女孩，她從小父母雙亡，在河邊討生活，這次“水怪事件”導(dǎo)致她丟了飯碗，但是，又因?yàn)樗砩暇薮蟮聂~腥味，導(dǎo)致幾乎沒有人愿意招她，這時(shí)，她看到了那個(gè)小女兒的父母，她請(qǐng)求他們收留她干活，他們出于要尋找新的“藥人”的緣故，招收了她。

山明被帶到黑薔薇公館后，要求每天服侍小姐（就是那個(gè)通過”重生泥俑“重生的小女兒），這活十分輕松，但是有兩點(diǎn)-1.要按時(shí)把藥（也就是少女人體組織的混合物）給小姐喝，2.不能讓小姐受到一點(diǎn)傷害，當(dāng)山明把藥送給小姐時(shí)，小姐撥了一下山明的頭發(fā)，山明被嚇得連連后退，但是，小姐的為她扎頭發(fā)的行為又讓她安定了下來，山明向小姐介紹了長(zhǎng)生河，小姐十分向往，此后，山明便和小姐成為了十分要好的朋友，小姐教山明讀書識(shí)字，山明則每天服侍小姐。

一天，山明如往常一樣接過了夫人遞過來的藥，山明問能不能幫忙煎藥，夫人笑著拒絕了山明的請(qǐng)求，山明疑惑夫人的態(tài)度的奇怪，同時(shí)她發(fā)現(xiàn)廚房沒有藥味，同時(shí)也沒有藥渣，她聞了一下藥的味道，發(fā)現(xiàn)這藥又腥又苦，于是跑到廚房，幫小姐拿了一塊糖，然后，她居然發(fā)現(xiàn)廚余桶是空的，這使山明更加疑惑，當(dāng)天晚上，山明去看小姐喝完藥好點(diǎn)了沒，但是，她無意間發(fā)現(xiàn)了通往”藥人“儲(chǔ)藏室的密道，正當(dāng)她打算走下去的時(shí)候，她被先生發(fā)現(xiàn)了，遠(yuǎn)處走來了提著燈的太太，先生讓山明藏好，自己來應(yīng)付太太，就這樣，山明躲過了一劫。

幾天之后，山明和小姐正在聊他們居住的這個(gè)小鎮(zhèn)，山明所說的這個(gè)小鎮(zhèn)的變化引起了小姐的興趣，于是，山明便和小姐偷偷溜出去玩，她們?cè)谕饷嫱娴暮荛_心，結(jié)果在路上，小姐不小心被一個(gè)小孩撞倒了，她那脆弱的臉被摔裂了，山明急忙用小姐的披肩把小姐的臉蓋住，飛一般的跑回家，用盡各種方法給小姐醫(yī)治但就是治不好，山明提出要將小姐送往醫(yī)院，但是小姐卻叫她快點(diǎn)離開公館，小姐帶著山明來到地下室，讓山明看了之前服侍她的，已經(jīng)被制作成”藥人“的，奄奄一息的小玲，小姐叫她背著小玲走，雖然山明有一些不舍，但是還是離開了。

山明把小玲背回她的家后，雖然小玲變得有些癡傻，但是小玲的母親十分開心，山明在工廠里找到了工作，一天，山明下工回家，小玲的母親告訴她有人來找她，山明一看，是那個(gè)叫余生的記者，他想讓山明說明黑薔薇公館的情況，山明開始不愿意說，直到余生出示了小姐一家的照片，并說明小姐一家在一百年以前就死了，山明才肯說明情況。

在當(dāng)日晚上，山明回到黑薔薇公館，想讓小姐離開這里，小姐向山明展示了她身體上的裂紋，說明了一切的起因，山明堅(jiān)持要帶小姐走，但是在離開黑薔薇公館的時(shí)候，和夫人迎頭碰上，夫人試圖阻止山明帶著小姐離開公館，于是便撲過去，結(jié)果撲了個(gè)空，摔下樓梯，摔了個(gè)粉碎，山明和小姐以為沒事了，但是碎掉的夫人站了起來，向小姐和山明發(fā)射無數(shù)的碎瓷片，小姐替山明擋住了射過來的碎瓷片，山明連連求饒，這時(shí)，先生出現(xiàn)了，他為了掩護(hù)小姐和山明出公館，和太太融合，融合釋放出的巨大能量點(diǎn)燃了黑薔薇公館，把它燒成了灰燼。

山明最終帶著小姐逃出了黑薔薇公館，在之后，山明成為了怪奇雜貨店中的一員。