BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹對物種形成、滅絕和性狀進(jìn)化的復(fù)雜動力學(xué)建模的程序。

官網(wǎng)：http://bamm-project.org/

BAMM下載頁面：http://bamm-project.org/download.html

下載需要魔法

win版本下載后只包含了.exe和.dll，需要放置在同一目錄下使用。為了學(xué)習(xí)需要示例數(shù)據(jù)，下載源文件或僅下載文件列表里的example。https://github.com/macroevolution/bamm（這個不需要魔法也可以訪問，推薦使用bing瀏覽器）

首先將以下文件放在同一目錄下：

????????1.分子鐘估算后帶時間標(biāo)記的系統(tǒng)發(fā)生樹

????????2.control文件（參數(shù)設(shè)置）

????????3.BAMM程序

前期用R的ape包檢查樹是否符合分析條件

樹的枝長以百萬年為單位

然后是control文件，類似于一個腳本，里面是對參數(shù)的設(shè)置，在example文件夾里有diversification和?trait，在diversification里找divcontrol.txt文件，打開可以看到里面的參數(shù)設(shè)定，每行都有注釋解說。默認(rèn)的設(shè)定對大多是百萬年級別的樹有用，根據(jù)情況需要調(diào)整來獲取理想結(jié)果。先復(fù)制一份到BAMM所在目錄下，這里也放出來看看，主要需要修改的是前面幾個。

其中，先驗概率模塊可以用R的BAMMtools包自動生成

運(yùn)行后會生成一個叫做 myPriors.txt 的文本問件在工作目錄下【輸入getwd（）查詢R目前的工作路徑】

需要注意的是，這個生成的數(shù)據(jù)是一套對多個數(shù)據(jù)有效的設(shè)定根據(jù)樹的時間枝長尺度進(jìn)行縮放的結(jié)果，并不一定適用于所有數(shù)據(jù)。作者對于先驗概率對數(shù)據(jù)的影響有較大篇幅的解說，看了一遍啥都沒看懂，數(shù)學(xué)能力強(qiáng)的可以進(jìn)一步了解。

將myPriors.txt 里的內(nèi)容復(fù)制，替換control文件里的 # PRIORS 部分，檢查一下后最好重命名一下control文件，如命名為 ‘ testcontrol ’。

這里用BioGeobears包里的Psychotria_5.2.newick樹文件從頭試一遍。

樹文件放在BAMM所在目錄下，將工作目錄轉(zhuǎn)過來比較方便。

打開Rstudio，輸入

得到myPriors.txt 內(nèi)容如下，復(fù)制替換control文件，開頭的樹文件名稱更改，保存關(guān)閉后重命名為 testcontrol.txt

（2023.3.3補(bǔ)：我看到有的文章先驗設(shè)置了多個，1、2、3、4、5、10，都跑了一遍，結(jié)果一致。在不太好解釋的情況下這樣設(shè)置可能是比較好的選擇，就怕不同的先驗算出不同后驗結(jié)果）

打開win系統(tǒng)的命令提示符

再回到Rstudio里實行可視化

畫出來的圖如下