【網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)】一、藥物靶點(diǎn)篩選

一、藥物靶點(diǎn)篩選
1.主要常用數(shù)據(jù)庫
(1)TCMSP(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)
①在搜索框選擇搜索類型,并輸入所需搜索的內(nèi)容。(例:Rhamnocitrin)

②點(diǎn)擊搜索的藥物或成份。

③“Related targets”即為篩選出的相關(guān)靶點(diǎn)。

④依次點(diǎn)開篩選出的相關(guān)靶點(diǎn),以“Target name”為搜索詞,前往Uniproy網(wǎng)站(https://www.uniprot.org/)翻譯基因名。


⑤在左側(cè)選擇Human,第一行Gene Names的粗體即為所需基因名。(例:NOS2)

⑥將所有翻譯后的基因名整理進(jìn)EXCEL備用。

(2)ETCM(http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/Index/index.html)
①搜索藥物或成分。

②點(diǎn)擊搜索出的藥物或成分。

③將Candidate Target Genes中的基因復(fù)制到EXCEL備用。


(3)Pubchem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)
①搜索藥物或成分。

②點(diǎn)擊搜索出的藥物或成分。

③在“Chemical-Gene Co-Occurrences in Literature”欄目下點(diǎn)擊“View More Co-Occurrence and Evidence Data”。

④右鍵基因,點(diǎn)擊“在新標(biāo)簽頁中打開鏈接”。

⑤將基因名復(fù)制到EXCEL備用,其他基因同上。


⑥復(fù)制“Canonical SMILES”欄目下的分子式,備用。

(4)Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/index.php)
①選擇“Homo sapiens”,在下方搜索框中粘貼在Pubchem中復(fù)制的分子式,按回車鍵。

②點(diǎn)擊導(dǎo)出EXCEL。(如圖中紅框)

③打開下載好的EXCEL文件,將Common name下的基因復(fù)制到EXCEL中備用。


2.其他數(shù)據(jù)庫
(1)HERB(http://herb.ac.cn/)

(2)HIT(http://www.badd-cao.net:2345/)

(3)SymMap(https://www.symmap.org/)注:有時(shí)能打開,有時(shí)打不開。
(4)STITCH(http://stitch.embl.de/cgi/input.pl?UserId=Wf0i71NrGUrm&sessionId=RWKdhm1uKaf9)

(5)NPASS(https://bidd.group/NPASS/index.php)

(6)BATMAN-TCM(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)
