導(dǎo)讀

免疫學(xué)研究一直都是生命科學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿，發(fā)表的文章也幾乎都是Cell、Natrue、Science及其子刊寵兒。尤其是近些年，全球各實(shí)驗(yàn)機(jī)構(gòu)無(wú)論是疫苗、抗體、小分子藥物的研究，還是病理學(xué)研究等等，免疫學(xué)相關(guān)研究方案更是成為了一大熱門。

本篇小鹿將分享3篇發(fā)表于免疫學(xué)TOP期刊Frontiers in Immunology的項(xiàng)目文章，運(yùn)用DIA蛋白組學(xué)和雙平臺(tái)代謝組學(xué)優(yōu)勢(shì)，更好地助力您榮登免疫學(xué)期刊??！

文章一

甲狀腺毒癥小鼠的衰老特征：營(yíng)養(yǎng)不良，免疫衰老與脂毒性

期刊：Frontiers in Immunology

影響因子：8.786

發(fā)表時(shí)間：2022年6月

樣本類型：小鼠

合作項(xiàng)目單位：魯南制藥集團(tuán)股份有限公司

運(yùn)用組學(xué)技術(shù)：LC-MS非靶代謝組學(xué)、GC-MS非靶代謝組學(xué)、DIA蛋白質(zhì)組學(xué)

研究背景

本篇由魯南制藥集團(tuán)股份有限公司馮芹和張貴民研究員課題組發(fā)表的文章，通過(guò)LC/GC-MS雙平臺(tái)代謝組學(xué)和DIA蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，描繪了血清蛋白質(zhì)組和內(nèi)源性代謝圖譜，發(fā)現(xiàn)了小鼠甲狀腺毒癥與衰老特征，探究了甲狀腺毒癥與衰老疾病的機(jī)理，為探究衰老機(jī)制及抗衰老藥物的研發(fā)提供了理論依據(jù)。

研究思路

研究結(jié)論

文章通過(guò)LC-MS和GC-MS非靶代謝組學(xué)聯(lián)合DIA蛋白質(zhì)組學(xué)方法，檢測(cè)甲狀腺毒癥小鼠的血清蛋白和脂質(zhì)代謝物等，并從營(yíng)養(yǎng)、代謝、免疫、內(nèi)分泌角度分析甲狀腺毒癥與衰老疾病的關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn)脂質(zhì)代謝紊亂、營(yíng)養(yǎng)不良、免疫衰老和脂毒性，是引發(fā)衰老相關(guān)疾病的機(jī)制。通過(guò)本研究不僅可用于衰老相關(guān)疾病的預(yù)防，也可用于新藥的研發(fā)。

文章二

腸道菌群通過(guò)短鏈脂肪酸丙酸調(diào)節(jié)實(shí)驗(yàn)性自身免疫性前列腺炎Th17/Treg細(xì)胞分化

期刊：Frontiers in Immunology

影響因子：8.786

發(fā)表時(shí)間：2022年7月

樣本類型：小鼠

合作項(xiàng)目單位：安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科

運(yùn)用組學(xué)技術(shù)：16s rRNA測(cè)序和非靶向/靶向代謝組學(xué)

研究背景

免疫失衡在發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮了重要作用。因此，CP/CPPS也被認(rèn)為是一種器官特異性的自身免疫性疾病。T淋巴細(xì)胞，特別是CD4+T細(xì)胞，被發(fā)現(xiàn)是CP/CPPS發(fā)病機(jī)制的主要貢獻(xiàn)者，Th17細(xì)胞是CD4+T細(xì)胞的一個(gè)子集，據(jù)報(bào)道，Th17細(xì)胞與多種自身免疫性疾病的發(fā)生密切相關(guān)。

本篇由安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科梁朝朝教授課題組在《Frontiers in Immunology》（IF：8.796）期刊發(fā)表的研究成果，本研究運(yùn)用糞便16s rRNA測(cè)序和非靶向/靶向代謝組學(xué)等研究方法分析了EAP小鼠腸道微生物組和代謝產(chǎn)物，以研究EAP中腸道微生物群和相關(guān)代謝物的豐度是否發(fā)生改變，從而發(fā)現(xiàn)腸道菌群通過(guò)其代謝物對(duì)EAP小鼠模型中免疫反應(yīng)調(diào)節(jié)的影響。

研究思路

研究結(jié)論

本研究為了揭示腸道菌群是否影響CP/CPPS，及其背后的潛在機(jī)制，通過(guò)皮下免疫建立了一個(gè)實(shí)驗(yàn)性自身免疫性前列腺炎(EAP)小鼠模型，運(yùn)用糞便16srRNA測(cè)序和非靶向/靶向代謝組學(xué)，探索腸道菌群在免疫穩(wěn)態(tài)和自身免疫性疾病的發(fā)展中的作用機(jī)制，為在飲食干預(yù)中補(bǔ)充微生物終產(chǎn)物來(lái)改善CP/CPPS患者的免疫障礙提供了一個(gè)新的視角。

文章三

人參固本對(duì)甲狀腺素毒癥小鼠的抗衰老作用：改善免疫衰老、低蛋白血癥、脂毒性和腸道菌群

期刊：Frontiers in Immunology

影響因子：8.786

發(fā)表時(shí)間：2022年10月25日

樣本類型：小鼠

合作項(xiàng)目單位：魯南制藥集團(tuán)，山東大學(xué)齊魯醫(yī)院

運(yùn)用組學(xué)技術(shù)：DIA蛋白組學(xué)、LC-MS非靶向代謝組學(xué)、16s微生物測(cè)序

研究背景

本文由魯南制藥聯(lián)合山東大學(xué)在?Frontiers in Immunology期刊發(fā)表的研究成果，研究采用流式細(xì)胞技術(shù)、DIA蛋白質(zhì)組學(xué)，糞便代謝物學(xué)、植物代謝組學(xué)和微生物組學(xué)等研究方法，研究人參固本（RSGB）口服液對(duì)甲狀腺毒癥加速衰老小鼠模型的影響。

結(jié)果表明，RSGB恢復(fù)了中性粒細(xì)胞和淋巴細(xì)胞的數(shù)量，增強(qiáng)了淋巴細(xì)胞的功能，提高了補(bǔ)體和抗菌肽的水平，表明RSGB在細(xì)胞和分子水平上提高了甲狀腺毒癥小鼠的免疫力。RSGB 通過(guò)改善貧血、低白蛋白血癥、離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和維生素結(jié)合蛋白來(lái)糾正甲狀腺毒癥小鼠的營(yíng)養(yǎng)不良。

研究思路

研究結(jié)論

本研究采用常規(guī)檢測(cè)方法結(jié)合多組學(xué)技術(shù)，研究人參固本（RSGB）口服液對(duì)甲亢加速衰老小鼠模型的影響。對(duì)于血液和血清，文章采用了流式細(xì)胞確定免疫衰老表型，采用生化檢驗(yàn)和DIA蛋白組學(xué)確定RSGB 治療顯著改善了甲狀腺毒癥小鼠的防御能力和營(yíng)養(yǎng)不良。比較特別之處，本文采用LC-MS非靶向植物代謝組學(xué)解析特有代謝產(chǎn)物。文章還運(yùn)用關(guān)聯(lián)分析技術(shù)，挖掘和歸納作用機(jī)制。文章為中藥的現(xiàn)代化研究提供路線，為中藥的臨床應(yīng)用價(jià)值挖掘提供思路，值得借鑒和推廣。

DIA蛋白組

DIA相比于DDA的大的優(yōu)勢(shì)在于高效測(cè)定復(fù)雜樣品中豐度極低的蛋白分子，極大地提高了定量分析的可信度。其原理是在質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集時(shí)，高速、循環(huán)的將每個(gè)采集窗口內(nèi)的所有母離子及其子離子碎裂后進(jìn)行全掃描，而非根據(jù)母離子信號(hào)強(qiáng)度篩選后進(jìn)行二級(jí)碎片再掃描。

因此DIA具有的優(yōu)勢(shì)：

• 高通量

• 高分辨率

• 高可重現(xiàn)性

• 定量準(zhǔn)確

而且DIA樣本無(wú)需分級(jí)上機(jī)，極大的縮短了每個(gè)樣品的檢測(cè)時(shí)間，適合大樣本量的蛋白質(zhì)組研究。但由于DIA獲得的是幾乎沒(méi)有丟失的所有離子信息，數(shù)據(jù)量及其復(fù)雜性大大增加，數(shù)據(jù)分析難度加大。目前主流的數(shù)據(jù)分析是基于 DDA/DIA 構(gòu)建的譜庫(kù)和實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)對(duì)樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量。為了有更好的鑒定結(jié)果，還需要通過(guò)實(shí)驗(yàn)樣本建立DDA參考數(shù)據(jù)庫(kù)。

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