免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）

是指利用抗體可與抗原特異性結(jié)合的特性，將抗原（常為靶蛋白）從混合體系沉淀下來，初步分離靶蛋白的一種方法。

一般是利用Protein A-磁珠或Protein G-磁珠將目的蛋白X從混合物中免疫沉淀下來，最后將可溶性靶蛋白從磁珠上洗脫下來進(jìn)行檢測(cè)（如果抗體沒有共價(jià)連接到磁珠上或使用變性緩沖液進(jìn)行洗脫，抗體也會(huì)被洗脫下來）。

例如蛋白X在細(xì)胞內(nèi)的蛋白量不同，或有著不同的翻譯后修飾，這時(shí)就可以用X蛋白抗體+Prorein A beads來進(jìn)行IP，從細(xì)胞中把蛋白X拉下，再用特異的抗體（如磷酸化，泛素化抗體）進(jìn)行WB來檢測(cè)蛋白X的變化。

簡(jiǎn)言之，IP就是檢測(cè)單個(gè)蛋白的狀態(tài)。

免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation, Co-IP）

Co-IP是免疫沉淀的延伸，主要用于蛋白-蛋白相互作用檢測(cè)。如果兩個(gè)蛋白在體外體系能夠發(fā)生特異性相互作用的話，那么當(dāng)用一種蛋白的抗體進(jìn)行免疫沉淀時(shí)，另一個(gè)蛋白也會(huì)被同時(shí)沉淀下來。如果樣品溶液中存在與靶蛋白相互作用的目的蛋白，也會(huì)被一同捕獲及純化得到，隨后利用SDS-PAGE，Western Blot等手段對(duì)得到的目標(biāo)蛋白進(jìn)行分析。

例如，當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用被保留了下來，假如細(xì)胞內(nèi)存在 XY 蛋白復(fù)合物，用 X（X也稱為誘餌蛋白）的抗體免疫沉淀 X，那么與X 在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì) Y（Y也稱為靶蛋白）也被沉淀下來。因此在細(xì)胞裂解液中加入 X 的抗體沉淀蛋白X，隨后利用蛋白印跡（western blot，WB）檢測(cè)沉淀中是否存在蛋白 Y，如果存在，則說明細(xì)胞內(nèi)存在XY蛋白復(fù)合物，即蛋白XY存在相互作用。（在體外驗(yàn)證X和Y之間有聯(lián)系）

簡(jiǎn)言之，Co-IP就是檢測(cè)蛋白間的相互作用。

Pull-down

基本原理是將靶蛋白固定于某種基質(zhì)上（如Sepharose）作為與目的蛋白親和的支撐物，即“誘餌蛋白”。目的蛋白溶液過柱，可從中捕獲與之相互作用的“捕獲蛋白”(配體蛋白/目的蛋白)，而沒有被吸附的“雜質(zhì)”則隨洗脫液流出。被吸附的蛋白可以通過改變洗脫液或洗脫條件而回收下來。通過Pull-down技術(shù)可以確定“誘餌蛋白”與捕獲蛋白”間的相互作用或篩選相應(yīng)目的蛋白。為了更有效地利用Pull-down技術(shù)，可以將待純化的蛋白以融合蛋白的形式表達(dá)，即將“誘餌蛋白”與一種易于純化的配體蛋白相融合。

在Pull-down中用的比較多的有GST Pull-down。當(dāng)GST融合蛋白在經(jīng)過固定有谷胱甘肽GSH的色譜柱時(shí)，就可以通過GST與GSH的相互作用而被吸附。當(dāng)再有細(xì)胞抽提物過柱，就可以得到能夠與“誘餌”蛋白相互作用的興趣蛋白。一般來說，GST Pull-down可用于兩個(gè)方面：一是鑒定能與已知融合蛋白相互作用的未知蛋白質(zhì)；二是鑒定兩個(gè)已知蛋白質(zhì)之間是否存在相互作用。

除了GST以外，類似的融合蛋白很多，如與葡萄球菌蛋白A融合的“誘餌蛋白”可以通過固定有IgG的色譜柱進(jìn)行純化；與寡聚組氨酸肽段融合的“誘餌蛋白”可以通過結(jié)合Ni2+ 的色譜柱進(jìn)行純化；與二氫葉酸還原酶融合的“誘餌蛋白”可以通過固定有氨甲蝶呤的色譜柱進(jìn)行純化等等。

參考：

[1] 知乎-免疫沉淀（IP）的原理和應(yīng)用

[2] 知乎-IP，Co-IP，GST-Pull Down傻傻分不清楚？

[3] 知乎-pull-down、ip、co-ip以及chip概念區(qū)別

[4] 知乎-免疫沉淀和Pulldown，這些方法原理你弄懂了嗎？

[5] 知乎-Pulldown與免疫共沉淀（CoIP）實(shí)驗(yàn)

[6] 優(yōu)寧維生物-免疫沉淀與分子間相互作用

[7] 金開瑞-簡(jiǎn)要區(qū)分EMSA、染色質(zhì)免疫共沉淀、免疫共沉淀、免疫沉淀、pull-down實(shí)驗(yàn)

[8]?丁香園論壇-一篇文章，幫你搞懂免疫沉淀和免疫共沉淀的區(qū)別