阿茲卡班的囚徒故事一共分為四個部分：第一個部分是對哈利的麻瓜世界惡劣生長環(huán)境的結(jié)束。第二部分是新學(xué)期學(xué)院里學(xué)習(xí)情況和校園生活展現(xiàn)。第三部分是故事主線的推進(jìn)和發(fā)展，真相的展現(xiàn)。第四部分是反轉(zhuǎn)的揭露和故事的最終結(jié)局。阿茲卡班的囚徒是此類魔幻體量系列中最佳之一，是后面系列向更沉重主題發(fā)展的一個過渡，與前幾部不同的是，從這一部開始影片進(jìn)入了成人黑暗階段。

第一部分：在來訪德思禮一家的瑪姬姑媽侮辱哈利雙親的情況下，哈利終于有了勇氣和行動力，非常解氣而且瀟灑的擺脫了一直以來非常惡劣的家庭生長環(huán)境，這也是系列書中關(guān)鍵的一個轉(zhuǎn)折點，從類似兒童文學(xué)成長到更深層的成人階段，也是第一次在情節(jié)上表現(xiàn)出哈利在漸漸的長大了。經(jīng)過一段魔幻而驚險的魔法巴士旅途，哈利來到了新的住處破釜酒吧，在這里遇見了好友羅恩和赫敏，并且知道了小天狼星布萊克被通緝的事情。擺脫了惡劣的生長環(huán)境對每個年輕人來說都是很重要的，第一部分上來就干凈利落漂亮的解決了。

第二部分：新的學(xué)期開始了，三人開心的坐上了開往學(xué)校的火車，但火車上還是驚險的遇見了抓捕通緝犯的披著黑色斗篷的巨大魔怪?jǐn)z魂怪，在新任的黑魔法防御課盧平教授幫助下才逼走了攝魂怪。而海格成為了這個學(xué)期新任的保護(hù)神奇動物課老師，在神奇動物學(xué)課上海格向?qū)W生們展示了擁有鷹頭鷹翅馬身體的神奇動物巴克比克，哈利成功贏得了巴克比克的信任并騎著它在霍格沃茨的上空飛了一大圈，再一次的劇情表現(xiàn)了哈利成長的內(nèi)心世界。在周末穿著隱身斗篷的哈利偷偷通過密道去了霍格莫德村，在三把掃帚酒館偷聽到小天狼星布萊克原來是自己父母的好友，可他卻出賣了哈利的父母和另一個好友小矮星彼得，并且布萊克還是自己的教父。

第三部分：寒假結(jié)束以后，盧平教授成功教會了哈利高級咒語守護(hù)神咒。哈利三人想去解救被馬爾福父子陷害要被處刑的巴克比克，羅恩卻被一只黑狼拖進(jìn)打人柳下的樹洞里，哈利二人為救羅恩也沖了進(jìn)來，通過密道來到尖叫棚屋里，見到了抓羅恩過來的黑狼居然就是小天狼星布萊克，要發(fā)生沖突之際盧平教授忽然出現(xiàn)，說出了真相，哈利父母不是布萊克害死的，而是小矮星彼得。而小矮星彼得正是羅恩的寵物斑斑，此時出現(xiàn)被二人抓個正著，哈利建議帶回學(xué)院一并處置。出了打人柳樹洞休整之際滿月卻出現(xiàn)了，盧平教授變身為了狼人，小矮星彼得逃跑，小天狼星變成黑狼卻不敵變?yōu)槔侨说谋R平教授，最終狼人狀態(tài)的盧平教授被密林深處的狼叫聲引走，哈利急忙去湖邊查看小天狼星，但此時小天狼星已經(jīng)被攝魂怪發(fā)現(xiàn)并包圍，哈利使出高級咒語守護(hù)神咒，卻收效甚微，最后還是神秘出現(xiàn)的鹿型守護(hù)使出的神咒驅(qū)散了攝魂怪，二人得救并昏倒。

第四部分：在醫(yī)院醒來的哈利被赫敏告知小天狼星被抓了，在院長的提示下，二人使用了赫敏的時間轉(zhuǎn)換器，這是赫敏特別申請同時上好幾堂同一時間選修課的魔法道具。二人回到了幾小時前，救走了要被處刑的巴克比克，赫敏還模仿了狼叫引來了變身的盧平教授并被巴克比克趕走，接著趕到湖邊哈利發(fā)出了比之前都要強(qiáng)大的守護(hù)神咒驅(qū)散了攝魂怪，然后二人騎著巴克比克救出了被囚禁的小天狼星，最后趕回了時間轉(zhuǎn)換的節(jié)點。