在安東尼·畢沃爾所寫的書中表示佛朗哥隨后的白色恐怖至少處決20萬人，而紅色恐怖處決了38,000人。朱利葉斯·魯伊茲（Julius Ruiz）認(rèn)為，在共和區(qū)約有37,843人被處死，而在國民軍區(qū)則最多有15萬人被處死（包括戰(zhàn)后的5萬人）。塞薩爾·維達(dá)爾（César Vidal）提出共和派遇害者約有110,965人。2008年，西班牙社會(huì)黨的巴爾塔薩·加爾松展開調(diào)查，認(rèn)為1936年7月17日至1951年12月期間，有114266人被處決或下落不明，其中還有費(fèi)德里戈·加西亞·洛爾卡（西班牙詩人、劇作家，西班牙內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)初期，他支持第二共和國的民主政府，反對(duì)法西斯主義叛軍，后在西班牙格拉納達(dá)省遭弗朗哥的軍隊(duì)殘忍殺害并將尸體拋入一個(gè)廢棄的墓穴。佛朗哥當(dāng)權(quán)后，在20世紀(jì)70年代以前他的作品一直在西班牙遭禁，后來佛朗哥雖然允許他的作品出版，但他的生平以及同性戀身份在佛朗哥去世前一直是被禁止討論的話題。）被殺害的發(fā)現(xiàn)。 必須強(qiáng)調(diào)的一點(diǎn)是，交戰(zhàn)雙方在戰(zhàn)爭(zhēng)期間都有戰(zhàn)爭(zhēng)暴行發(fā)生，這與這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)強(qiáng)烈的黨派與政治立場(chǎng)對(duì)立有關(guān)。 國民軍在戰(zhàn)后大量削除了有關(guān)其暴行的紀(jì)錄，在內(nèi)戰(zhàn)期間曾大量殺害學(xué)校的教師、和他們抓獲的平民（如工會(huì)人員、非戰(zhàn)斗人員，或是對(duì)共和派的同情者），1936年的巴達(dá)霍斯大屠殺是較有名的一例。另外還有對(duì)各城市的轟炸行動(dòng)，如馬德里、巴塞羅那、巴倫西亞、格爾尼卡以及其他城市。 共和軍在內(nèi)戰(zhàn)中約將55,000名國民軍派人士處決，其中最有爭(zhēng)議的是共和派民眾攻擊天主教教會(huì)，神職人員約有7000人被殺害。在國民軍起先發(fā)動(dòng)叛亂時(shí)，共和派民眾逮捕許多國民軍將領(lǐng)和右翼保守派民眾，將其殺害、獄中服刑的囚犯也在受到虐待后被處決。馬德里約有11705人因此而死。共產(chǎn)黨員圣地亞哥·卡里略與部屬執(zhí)行了帕拉庫埃略斯和阿爾多斯附近的屠殺，數(shù)千人罹難（包括婦人與孩童），是戰(zhàn)爭(zhēng)期間最大規(guī)模的屠殺行動(dòng)，但是由誰負(fù)責(zé)此行動(dòng)也有爭(zhēng)議。另外，共和軍也有對(duì)共產(chǎn)黨員的處決行動(dòng)，安德烈·馬蒂（André Marty）殺害了5000多名國際縱隊(duì)的士兵。共產(chǎn)黨內(nèi)的斯大林主義者也殺害了國際縱隊(duì)內(nèi)部的部分人士，如親托洛茨基主義的馬克思主義統(tǒng)一工人黨相關(guān)人士，包括領(lǐng)袖安德烈斯·寧。約有6832名神父、修女和僧侶遭到共和派軍民殺害，其中有13名主教、4172名教區(qū)司鐸（diocesan priest）、2364名修士和283名修女被殺害。 Men of la Mancha Defending the Republic: The García Atadell Brigade in Madrid, 1936