GAPIT的主頁(yè)：https://zzlab.net/GAPIT/index.html

主頁(yè)有官方詳細(xì)的使用手冊(cè)。

一、安裝前置包與GAPIT

首次使用需要運(yùn)行安裝前置包的部分，之后每次使用只需要運(yùn)行調(diào)用GAPIT的部分即可。

二、使用

方便起見(jiàn)可以將文件都存放在同一文件目錄下。

運(yùn)行過(guò)程中會(huì)輸出正在進(jìn)行的步驟，需要長(zhǎng)時(shí)間加載的步驟應(yīng)該是正在進(jìn)行時(shí)語(yǔ)句。如果卡在其他語(yǔ)句（如kinship created）說(shuō)明輸入文件或參數(shù)設(shè)置有誤，等待是沒(méi)用的，重啟吧。

基因型文件為hmp格式，表型文件為txt格式，讀入數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如下。