MEGA是多序列比對(duì)的軟件，并且可以進(jìn)行繪制系統(tǒng)發(fā)育樹。自1993年發(fā)布以來，MEGA共更新9個(gè)版本 (沒有第八、九版)，今年發(fā)布的MEGA 11為處理更大的數(shù)據(jù)集進(jìn)行了優(yōu)化。

軟件的下載：

根據(jù)使用電腦系統(tǒng)的情況，可支持Win、Mac和Linux系統(tǒng)。

下載鏈接如下：

https://www.megasoftware.net/

下載好的軟件圖標(biāo)

基本操作

數(shù)據(jù)導(dǎo)入

下載安裝好 MEGA 11 后，首先打開軟件。

在 MEGA 11首頁選擇"ALIGN"，點(diǎn)擊 "Edit/Build Alignment" ，會(huì)彈出一個(gè)對(duì)話框，選擇"Create a new alignment"，根據(jù)需要比對(duì)的序列 (氨基酸序列或核苷酸序列)，選擇"DNA"或"Protein"。（序列可以在NCBI下載一個(gè)）

點(diǎn)擊"Edit"，選擇"Insert Sequence From File"導(dǎo)入我們需要比對(duì)的序列，序列文件格式為.fasta格式的哦～

序列比對(duì)

對(duì)目標(biāo)序列進(jìn)行多序列比較，可以使用ClustalW和MUSCLE，這里選擇根據(jù)個(gè)人喜好和查閱相關(guān)的文件確定用什么算法進(jìn)行比對(duì)。

比較結(jié)果如圖所示：

最后點(diǎn)擊"Data"選擇"Save Session"，保存序列比對(duì)的結(jié)果。

系統(tǒng)發(fā)育樹

MEGA可以基于序列比對(duì)的結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步繪制發(fā)育樹。點(diǎn)擊"Data"，選擇"Phylogenetic Analysis"進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。

然后，返回主頁面，點(diǎn)擊"PHYLOGENY"，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹主要有三種方法，分別是最大似然法 (Maximum Likelihood)、鄰接法 (Neighbor-Joining) 和最小進(jìn)化法 (Minimum Evolution)。?

這里補(bǔ)充一下有關(guān)的算法的介紹：

在系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)中，常用的樹構(gòu)建方法包括最大簡(jiǎn)約法（Maximum Parsimony, MP）、最大似然法（Maximum Likelihood, ML）、貝葉斯方法（Bayesian Inference, BI）和鄰接法（Neighbor Joining, NJ）等。這些方法都有各自的優(yōu)點(diǎn)和局限性，下面簡(jiǎn)單比較一下它們的特點(diǎn)：

最大簡(jiǎn)約法（MP）：MP是一種基于字符分析的樹構(gòu)建方法，它假設(shè)在進(jìn)化過程中盡量減少進(jìn)化事件的數(shù)量。因此，MP方法的優(yōu)點(diǎn)是計(jì)算速度快，適用于小樣本和小數(shù)據(jù)集。缺點(diǎn)是對(duì)數(shù)據(jù)的缺失和多態(tài)性較敏感，而且在復(fù)雜模型中的應(yīng)用效果不如其他方法。

最大似然法（ML）：ML是一種基于模型的樹構(gòu)建方法，它利用概率模型計(jì)算數(shù)據(jù)的似然度，尋找最有可能產(chǎn)生觀測(cè)數(shù)據(jù)的樹。ML方法的優(yōu)點(diǎn)是對(duì)數(shù)據(jù)的缺失和多態(tài)性較為魯棒，而且在復(fù)雜模型中有較好的表現(xiàn)。缺點(diǎn)是計(jì)算復(fù)雜度高，需要較長(zhǎng)的運(yùn)行時(shí)間，且對(duì)于大數(shù)據(jù)集和復(fù)雜模型來說，可能會(huì)出現(xiàn)過擬合的情況。

貝葉斯方法（BI）：BI是一種基于概率的樹構(gòu)建方法，它使用貝葉斯統(tǒng)計(jì)學(xué)原理估計(jì)樹的后驗(yàn)概率。BI方法的優(yōu)點(diǎn)是可以有效處理多態(tài)性和缺失數(shù)據(jù)，并且可以提供樹的置信度。缺點(diǎn)是計(jì)算復(fù)雜度較高，需要長(zhǎng)時(shí)間的運(yùn)行，同時(shí)也需要選擇合適的先驗(yàn)概率分布。

鄰接法（NJ）：NJ是一種基于距離的樹構(gòu)建方法，它利用序列之間的距離計(jì)算樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。NJ方法的優(yōu)點(diǎn)是計(jì)算速度快、穩(wěn)定性高、適用于大樣本和大數(shù)據(jù)集。缺點(diǎn)是對(duì)于距離矩陣的錯(cuò)誤或偏差比較敏感，因此需要合理選擇距離計(jì)算方法。

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需要注意的是，不同的樹構(gòu)建方法可能會(huì)產(chǎn)生不同的樹結(jié)構(gòu)和分支長(zhǎng)度，因此選擇合適的方法需要根據(jù)實(shí)際情況來確定。同時(shí)，多種方法結(jié)合使用或?qū)Ρ确治隹梢愿玫靥岣叻治鼋Y(jié)果的準(zhǔn)確性。

一般我們?cè)贛EGA中選擇第二個(gè)鄰接法（Neighbor Joining, NJ）來繪制系統(tǒng)發(fā)育樹，設(shè)置參數(shù)設(shè)置，Bootstrap method，1000次。

等待完成后，可以在這個(gè)頁面進(jìn)行修改一些參數(shù)，

保存

點(diǎn)擊"Copy to Clipboard"可保存為多種圖片格式 (PDF、PNG、TIFF等)，還可以選擇"Copy to Clipboad"，直接復(fù)制到word中進(jìn)行圖片編輯(wps不可以)。

這樣我們就學(xué)會(huì)了用MEGA這個(gè)軟件啦，小伙伴們?nèi)绻惺裁磫栴}就和小云討論吧。