p?小云：主編大大，我看了這么多生信文獻，發(fā)現(xiàn)做干濕結合的文章越來越來了，之前只是高分文章會加實驗，現(xiàn)在很多3-5分文章都在加實驗了！

p?主編大大：確實是這樣的，現(xiàn)在生信發(fā)文已經(jīng)形成了“干濕結合”的趨勢，有些雜志都已經(jīng)明確表示不接受純生信文章，要求添加驗證實驗，這就是內卷啊~?~

p?小云：既然“干濕結合”已經(jīng)成為了生信發(fā)文大趨勢，剛好也有粉絲朋友私信咨詢“干濕結合類文章中驗證實驗該怎么設計？”，主編大大是不是得給粉絲朋友們分享一下呢？

p?主編大大：有粉絲咨詢，我肯定得來分享一下呀！

p 小云：有干貨出現(xiàn)，我就洗耳恭聽啦~?~

p?主編大大：首先要確定自己的文章需不需要做成干濕結合類的，如果能用純生信直接達到發(fā)文要求，那何必再去加實驗呢？在能滿足發(fā)文需求的前提下，我們肯定要做性價比最高的思路設計嘛！

p?小云：也是哦，咱們也推薦過很多高分純生信思路，那什么時候做純生信？什么時候又需要做成干濕結合呢？

p?主編大大：那就要看文章選題方向、分析思路的創(chuàng)新性如何了？如果創(chuàng)新性很高，那完全可以利用純生信發(fā)高分；如果創(chuàng)新性一般，還是建議加一些驗證實驗的。如果投稿時間不緊急的，也可以考慮先用純生信試投，審稿人要求補實驗了，再去按審稿意見補充驗證實驗，只是這樣投稿時間會拉長，粉絲小伙伴們可以根據(jù)自己的文章創(chuàng)新性和發(fā)文需求來綜合評估選擇。

p?小云：明白了，選題創(chuàng)新性一般就做干濕結合，具體該怎么設計呢？

p?主編大大：驗證實驗主要分為3大版塊：表達驗證、功能驗證、機制探索。

p 小云：最簡單的應該就是表達驗證了吧，我看文獻里做表達驗證的是最多的。那表達驗證都需要做哪些實驗呢？

p?主編大大：表達驗證是最基礎的驗證實驗，其中最簡單也是最常用就是qPCR驗證基因的mRNA表達水平?？梢栽谂R床樣本或細胞樣本上進行驗證，如果能收集到臨床樣本的話，優(yōu)先推薦??使用臨床樣本驗證，收集不到再考慮用細胞樣本或動物模型（一般用于非腫瘤疾病）。

p?小云：除了mRNA表達水平驗證，應該還有蛋白水平驗證吧？

p?主編大大：是的，蛋白水平驗證多用臨床病理切片IHC染色檢測某個蛋白的表達（有少數(shù)會做免疫熒光染色IF，與IHC類似），臨床病理切片可以自己收集，也可以購買組織芯片，有些非腫瘤疾病會用動物模型組織切片。此外，還可以用WB檢測組織或細胞中的蛋白表達。

p 小云：表達驗證完，再進一步就得做功能驗證了吧？

p?主編大大：對，看來我們小記者讀的文獻不少呀，也能總結出來一套設計方案了。下一步就是細胞功能驗證了，干擾或過表達目標基因，檢測細胞功能變化。

p?小云：嘿嘿，看的文獻多了就知道一些···那細胞實驗都需要做哪些呢？用什么實驗方法？

p?主編大大：腫瘤中細胞功能實驗一般會做細胞活力（增殖）、細胞凋亡、細胞遷移和侵襲等。除了以上常規(guī)實驗，有些文章會針對特定方向設計驗證實驗，比如干細胞方向會設計球體形成、干細胞標志物檢測等。非腫瘤疾病的細胞實驗需要建立細胞模型，再根據(jù)不同疾病特征設計功能實驗。我就分享一些腫瘤常規(guī)實驗的方法吧！細胞活力一般用CCK8或MTT實驗，CCK8使用頻率更高。細胞增殖可以用細胞活力實驗，也可以做EdU、克隆形成實驗。細胞凋亡實驗一般用?Annexin V-FITC/PI染色后流式細胞儀檢測凋亡細胞比例。細胞遷移一般用細胞劃痕或transwell實驗檢測，細胞侵襲一般用transwell實驗檢測。

p小云：這么多干貨，已經(jīng)拿小本本記下來啦！上面說的都是細胞實驗，還需要用動物模型來檢測基因功能嗎？

p?主編大大：動物模型實驗不是必須做的實驗，有些文章做的深入一些就會在動物模型中再驗證一下，多見于非腫瘤疾病。也是需要在動物模型中干擾或過表達目標基因，然后檢測動物中的功能指標變化。動物模型中的檢測方法多用組織染色，比如增殖用Ki67染色，凋亡用Tunel染色，轉移表型用EMT標記物檢測等等。

p?小云：我看大多數(shù)文獻中做到功能實驗就結束了，還需要繼續(xù)延伸做機制探索嗎？

p?主編大大：機制實驗屬于拔高階段，更多出現(xiàn)于高分文章中，一般3-5分文章做機制的還比較少見。并且，生信+驗證這類干濕結合思路，并不是以驗證實驗為主體，所以一般也不會做的很深入，即使涉及到一些機制也更多是簡單的通路驗證。比如前面生信篩選來一些感興趣的富集通路，那么就可以用實驗驗證通路中關鍵蛋白的表達；也可以在功能實驗中，目標基因干擾或過表達后，檢測通路中關鍵蛋白的表達變化以評估目標對通路的調控作用。以上基本上就是常見的驗證實驗啦，有問題還可以繼續(xù)溝通討論哦！

p?小云：感謝主編大大的分享，真的是干貨滿滿啊，小伙伴們快收藏起來吧！另外，小記者最后再提醒一下大家，還是要根據(jù)自己的目標期刊結合課題創(chuàng)新性以及實驗條件、經(jīng)費周期等情況來評估一下要不要加實驗，加哪些實驗。如果自己搞不定的話還可以找小云推薦思路喲~?~