一文了解RNA提取實驗操作步驟、注意事項
試劑:氯仿,異丙醇,75℅乙醇,無RNase的水或0.5℅SDS(溶液均需用DEPC處理過的水配制)。
操作步驟:勻漿處理
a、植物組織
以葉片RNA提取為例.取新鮮葉片在液氮中充分研磨或將葉片剪碎后直接在Trizol中研磨,研磨要迅速,最好不要超過1min.,大約100mg 葉片使用1 ml Trizol。
b、動物組織
以鼠肝臟RNA提取為例.取新鮮或-70℃凍存組織,每50-100mg組織加1ml Trizol,用勻漿儀進行勻漿處理.樣品體積一般不要超過Trizol體積的10%。
c、單層培養(yǎng)細胞
直接在培養(yǎng)板中加入Trizol裂解細胞,每10cm2面積加1ml Trizol.用取樣器吹打幾次.
注意:Trizol加量根據培養(yǎng)板面積決定,不是由細胞數決定.如果Trizol加量不足,可能導致提取的RNA中有DNA污染。
d、細胞懸液
離心取細胞,每5-10×106動物、植物和酵母細胞或每107細菌細胞加1ml Trizol。加Trizol前不要洗滌細胞,以免降解mRNA。一些酵母和細菌細胞可能需要勻漿儀處理。
e、血液處理
1.直接取新鮮的血液,加入3倍體積紅細胞裂解液,混勻后室溫放置10min,10 000rpm 離心1min。棄上清,收集白細胞沉淀。每1ml血液收集的白細胞沉淀中加入1ml Trizol。
2. 將勻漿樣品在15-30℃放置5mim,使得核酸蛋白復合物完全分離。
3. 可選步驟:4 ℃ 10 000rpm離心10min,取上清。
如果樣品中含有較多蛋白、脂肪、多糖或肌肉、植物結節(jié)部分等,可離心去除。離心得到的沉淀中包括細胞外膜、多糖、高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織樣品時,上層是大量油脂,應除去。取澄清的勻漿溶液進行下一步操作。
4. 每使用1ml Trizol加0.2ml氯仿,蓋好管蓋,劇烈震蕩15s,室溫放置3min。如不能渦旋混勻,可手動顛倒混勻2min代替。
5. 4 ℃ 10 000rpm離心10-15min,樣品會分成三層:紅色的有機相,中間層和上層無色的水相,RNA主要在水相中,把水相(約600ul,約為所用Trizol試劑的60%)轉移到新管中。(如要分離蛋白質和DNA,可保留黃色的有機相)
6. 在得到的水相溶液中加入等體積的異丙醇,混勻,-20℃ 放置20-30min。
植物或動物組織RNA提取中,容易沉淀出大量的蛋白等污染物,導致電泳檢測時看不到RNA??梢园匆韵虏襟E操作減輕污染:在上清中加入1/2體積的異丙醇,1/2體積的RNA助沉劑,然后進行以下操作。
7. 4 ℃ 10 000rpm離心10min,去上清。
離心前RNA沉淀經常是看不見的,離心后在管側和管底形成膠狀沉淀。
8. 加入1ml 75%乙醇(DEPC水處理過的水配制)洗滌沉淀。每使用1ml Trizol至少加1ml乙醇。
9. 4 ℃ 10 000rpm離心2min,棄上清;短暫快速離心,用移液器小心吸棄上清,注意不要吸棄沉淀。
10. 室溫放置晾干(不要晾得過干,RNA完全干燥后會很難溶解,大約晾干2-3min左右即可)。加入適量DEPC水(根據實驗需要,可加30-100ul水)或0.5%SDS,用槍頭吸打幾次,充分溶解RNA。如RNA用于酶切反應,勿使用SDS溶液。RNA也可用100℅ 的去離子甲酰胺溶解,-70℃保存。
注意事項
1. 從少量樣品中提取RNA(1-10mg組織或102-104細胞) :
加800ul Trizol,樣品裂解后加氯仿,分層,沉淀RNA前,加5-10ug RNase-free糖原,糖原會與RNA一同沉淀出來,糖原濃度不高于4mg/ml時不會影響反轉錄cDNA第一鏈的合成,也不影響PCR反應。
2. 勻漿后,加氯仿前,樣品可在-70 ℃放置一個月以上:
RNA沉淀可以保存在75%酒精中,2-8 ℃一個星期或-20 ℃一年以上。如果要長期保存,RNA可以溶解于100%去離子甲酰胺中,-70 ℃長期保存。
預防RNase污染,應注意以下幾個方面
1. 經常更換新手套。因為皮膚經常帶有細菌,可能導致RNase污染。
2. 使用無RNase的塑料制品和槍頭,避免交叉污染。
3. RNA在Trizol試劑中不會被RNase降解。但提取后繼續(xù)處理過程中應使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150 ℃烘烤4h,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10min,然后用水徹底清洗,再滅菌,即可去除RNase。
4. 配制溶液應使用無RNase的水(將水加入到干凈的玻璃瓶中,加入DEPC至中濃度0.1%(v/v),放置過夜,高壓滅菌。注:DEPC有致癌之嫌,需小心操作)。
不同組織或細胞RNA提取預期得率
植物葉片 100-200ug/g葉片
動物組織 200-400ug/g肝臟組織
動植物培養(yǎng)細胞 5-10ug/106細胞
大腸桿菌 2-10ug/mlDH5α過夜菌
血液 3-5ug/ml人全血