時空日報第1期。

《時空日報》是華大時空基于時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目，以實時、精準追蹤時空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時空知識，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。

2023年6月26日，追蹤到時空/單細胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計6篇。以下是應(yīng)用華大時空StereoCopilot生成的文章概要，輔以人工審核，供了解參考。

1：單細胞多組學(xué)時代的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷

Gene regulatory network inference in the era of single-cell multi-omics

Nature Reviews. Genetics; IF: 59.581; DOI: 10.1038/s41576-023-00618-5

內(nèi)容概要：回顧了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（gene regulatory network，GRN）的關(guān)鍵原則，包括來自轉(zhuǎn)錄組學(xué)和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子-基因相互作用，并重點討論了使用單細胞多模態(tài)數(shù)據(jù)的方法的比較和分類，強調(diào)了GRN推斷中的挑戰(zhàn)和使用其他數(shù)據(jù)模式的進一步發(fā)展。

2：脊髓損傷：分子機制和治療干預(yù)

Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions

Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: 38.104; DOI: 10.1038/s41392-023-01477-6

內(nèi)容概要：綜述了脊髓損傷（spinal cord injury，SCI）的流行病學(xué)和病理生理學(xué)，介紹了神經(jīng)再生和神經(jīng)回路重建的最新研究進展，并提出了SCI修復(fù)和臨床應(yīng)用的未來方向。

3：單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和表觀基因組學(xué)揭示單核細胞在神經(jīng)母細胞瘤骨髓轉(zhuǎn)移中的作用

Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis

Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-023-39210-0

內(nèi)容概要：應(yīng)用scRNA-seq和scATAC-seq分析來自11例受試者（涵蓋3種主要神經(jīng)母細胞瘤亞型）的骨髓抽吸物，并將其與5例年齡匹配且無轉(zhuǎn)移的骨髓進行比較，發(fā)現(xiàn)神經(jīng)母細胞瘤腫瘤細胞通過巨噬細胞遷移抑制因子和midkine信號重構(gòu)骨髓微環(huán)境，特別是單核細胞，其具有M1和M2特征，并表達腫瘤促進因子，類似于腫瘤相關(guān)巨噬細胞。

4：長鏈非編碼RNA MALAT1在腫瘤集體侵襲期間的前導(dǎo)細胞中受到動態(tài)調(diào)節(jié)

Long noncoding RNA MALAT1 is dynamically regulated in leader cells during collective cancer invasion

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: 12.779; DOI: 10.1073/pnas.2305410120

內(nèi)容概要：使用雙重鎖定核酸（locked nucleic acid，LNA）納米生物傳感器追蹤長鏈非編碼RNA（lncRNA）在單個活細胞中的動態(tài)變化，發(fā)現(xiàn)在腫瘤集體侵襲過程中，lncRNA轉(zhuǎn)移相關(guān)肺腺癌轉(zhuǎn)錄本1（MALAT1）在前導(dǎo)細胞中受到動態(tài)調(diào)節(jié)。

5：用于探索胃腸道組織轉(zhuǎn)錄組的空間單細胞技術(shù)

Spatial single-cell technologies for exploring gastrointestinal tissue transcriptome

Comprehensive Physiology; IF: 8.915; DOI: 10.1002/cphy.c210053

內(nèi)容概要：介紹了空間單細胞技術(shù)在探索胃腸組織轉(zhuǎn)錄組方面的應(yīng)用，總結(jié)了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域的最新進展，并討論了這些技術(shù)如何促進我們對胃腸道生理學(xué)的理解。

6：一種新的計算方法可以基于scRNA-seq數(shù)據(jù)實現(xiàn)人類造血過程中的RNA編輯模塊分析

A novel computational method enables RNA editome profiling during human hematopoiesis from scRNA-seq data

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-37325-4

內(nèi)容概要：開發(fā)了一種新的計算方法來系統(tǒng)地從scRNA-seq數(shù)據(jù)中識別細胞類型的RNA編輯位點，并將其應(yīng)用于人類造血干/祖細胞的scRNA-seq數(shù)據(jù)來研究RNA編輯對造血過程的影響，揭示了RNA編輯可能在造血過程中發(fā)揮多個調(diào)節(jié)模塊的作用。

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