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布魯克單晶數(shù)據(jù)還原操作步驟

2023-08-11 11:07 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

布魯克單晶數(shù)據(jù)還原操作步驟

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使用布魯克單晶儀經(jīng)單晶X射線衍射(SC-XRD, single-crystal X-ray diffraction)實(shí)驗(yàn)得到衍射照片(sfrm文件,請(qǐng)參閱《Bruker(布魯克)單晶儀測(cè)試得到什么文件》),需要使用APEX軟件(APEX II、APEX3或APEX4)進(jìn)行數(shù)據(jù)處理(data process)產(chǎn)生用于晶體結(jié)構(gòu)解析(crystal structure solution)的hkl、p4p和ins等文件。本文以實(shí)例數(shù)據(jù)為例介紹一下常規(guī)數(shù)據(jù)處理(所謂的數(shù)據(jù)還原)過(guò)程。

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數(shù)據(jù)所在文獻(xiàn):Sci. China Chem. 2023, 66, 117?126. (DOI: 10.1007/s11426-022-1396-x)

數(shù)據(jù)CCDC號(hào):2152655

數(shù)據(jù)代表結(jié)構(gòu)在論文中的名稱:S1

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一、衍射照片位置確定

1.1數(shù)據(jù)拷貝

SC-XRD實(shí)驗(yàn)所得原始衍射照片位于單晶衍射儀控制電腦(通常僅用于測(cè)試,而不用作數(shù)據(jù)處理)的存儲(chǔ)硬盤上,為防病毒,該電腦通常不連互聯(lián)網(wǎng),并且不允許通過(guò)移動(dòng)U/硬盤甚至是光盤直接從該電腦中進(jìn)行數(shù)據(jù)拷貝,而是通過(guò)局域網(wǎng)將數(shù)據(jù)拷貝至另一臺(tái)用于數(shù)據(jù)處理的電腦上,并在這個(gè)電腦中進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,或者從這個(gè)電腦上用光盤或U盤(格式化且無(wú)病毒)將處理后用于結(jié)構(gòu)解析的數(shù)據(jù)文件拷貝回個(gè)人電腦,如有需要,也可以將原始衍射照片拷貝留作備份(強(qiáng)烈建議拷貝原始衍射照片?。。。.?dāng)然,由于原始衍射照片數(shù)量較多(如本例共有1569張衍射照片,1.1.1),因此占有內(nèi)存較大(如本例1.55 GB,1.1.2)。如果由于科研需要,單晶數(shù)據(jù)量大,則可能需要準(zhǔn)備一個(gè)大內(nèi)存移動(dòng)硬盤(或由課題組準(zhǔn)備以存儲(chǔ)實(shí)驗(yàn)室單晶數(shù)據(jù))用于存放單晶數(shù)據(jù)。

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▲圖1.1.1 本案例數(shù)據(jù)的1569張衍射照片

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▲圖1.1.1 本案例數(shù)據(jù)所占內(nèi)存



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1.2數(shù)據(jù)位置

布魯克單晶儀測(cè)試所得原始衍射照片所在位置通常是某盤中的frames>>guest中具體數(shù)據(jù)文件夾,例如本案例數(shù)據(jù)位于“E:\frames\guest\20191118c”,如1.2.1所示。

▲圖1.2.1 數(shù)據(jù)文件夾20191118c所在位置



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二、打開軟件

雙擊桌面上的APEX軟件快捷圖標(biāo),本文以APEX4為例,如2.1所示。

▲圖2.1 桌面上的APEX4快捷圖標(biāo)



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打開的APEX4軟件初始界面如2.2所示。

▲圖2.2 APEX4軟件初始界面



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三、新建樣品

3.1新建樣品

新建樣品有兩種方式,其一為直接點(diǎn)擊樣品工具欄(Sample Toolbar)中的New Sample按鈕(3.1.1紅框按鈕),其二是點(diǎn)擊Sample下拉菜單中的New按鈕(3.1.2紅框按鈕)。

▲圖3.1.1 樣品工具欄中的New Sample按鈕



▲圖3.1.2 Sample下拉菜單中的New按鈕



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3.2選擇數(shù)據(jù)路徑

通過(guò)步驟3.1中的按鈕會(huì)彈出3.2.1所示的New Sample對(duì)話框。

▲圖3.2.1 New Sample對(duì)話框中文件夾按鈕(紅色方框)



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點(diǎn)擊New Sample對(duì)話框中文件夾按鈕(3.2.1中紅色方框),在彈出的Select Directory對(duì)話框中找到數(shù)據(jù)文件夾所在位置后,單擊點(diǎn)中數(shù)據(jù)文件夾(切勿打開該文件夾——此處要選擇的是文件夾,而不是衍射照片文件),然后點(diǎn)擊Choose按鈕,如3.2.2所示。

▲圖3.2.2 在Select Directory對(duì)話框中找到數(shù)據(jù)文件夾并選擇


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完成數(shù)據(jù)文件夾的選擇后,New Sample對(duì)話框中“Folder:”一欄中的內(nèi)容由原來(lái)的“E: \frames\guest\”(3.2.1)變?yōu)椤?/span>E: \frames\guest\20191118c”(3.2.3)。

▲圖3.2.3 已選數(shù)據(jù)文件夾的New Sample對(duì)話框



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當(dāng)然了,也可以直接將數(shù)據(jù)所在文件夾的路徑直接復(fù)制粘貼到New Sample對(duì)話框中的“Folder:”一欄。需要注意的是,如果要直接在“Folder:”一欄手動(dòng)輸入文件夾的名稱的話,要確保輸入的路徑正確,因?yàn)槭謩?dòng)輸入的路徑不正確的話,軟件會(huì)在輸入的路徑中新建所輸名稱文件夾,這個(gè)新建的文件夾里面沒(méi)有任何衍射照片,因而無(wú)法進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,則需要重新定位文件夾。

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3.3命名新建樣品

通常來(lái)說(shuō),樣品名稱一般采用數(shù)據(jù)文件夾的名稱,當(dāng)然,也可以使用不同的名稱。新建樣品的名稱在“Name:”一欄輸入即可(3.3.1)?!?/span>Name:”一欄中可手動(dòng)輸入樣品名稱,也可以將樣品名稱粘貼進(jìn)來(lái)(復(fù)制“Folder:”一欄中的文件名作為樣品名稱,如本例的20191118c)。通過(guò)點(diǎn)擊該對(duì)話框右上角的"?"按鈕后再點(diǎn)擊“Name:”一欄可知命名規(guī)則:相對(duì)于已存儲(chǔ)在數(shù)據(jù)庫(kù)中的其它樣品,樣品名稱必須是唯一的。樣品名稱中允許的字符有A-ZA-Z、0-9和下劃線("_")。

▲圖3.3.1 New Sample對(duì)話框

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名稱確定后,點(diǎn)擊New Sample對(duì)話框中的OK按鈕,APEX4界面變成如3.3.2所示,軟件頂部可以看到“Sample: 20191118c”字樣,并且軟件界面左側(cè)顯示出各項(xiàng)數(shù)據(jù)處理項(xiàng)目,而且Set Up項(xiàng)目已自動(dòng)展開。

▲圖3.3.2 確定樣品名稱后的APEX4軟件界面



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四、數(shù)據(jù)處理

4.1描述樣品

點(diǎn)擊Set Up中的第一個(gè)圖標(biāo)Describe Sample,該圖標(biāo)變大并且右側(cè)列出可填項(xiàng)目,如4.1.1所示。

▲圖4.1.1 Describe Sample展開項(xiàng)



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Describe Sample中,第一項(xiàng)Name為樣品名稱(本例為20191118c),不可更改,其它的選項(xiàng)均可填寫,Compound一欄填寫化合物名稱,Formula一欄填寫分子式(可以只填元素而不填原子數(shù)量,也可以都填寫),Crystal Color一欄填寫晶體顏色(在下拉菜單中選擇),Crystal Dimensions一欄填寫晶體物理尺寸,Crystal Shape一欄填寫晶體物理外形(在下拉菜單中選擇)。本例填好后如圖4.2.2所示。

▲圖4.1.2 Describe Sample填寫示例



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4.2確定晶胞

4.2.1進(jìn)入確定晶胞子程序

點(diǎn)擊Evaluate中第一項(xiàng)Determine Unit Cell(確定晶胞),APEX4界面變?yōu)槿?strong>圖4.2.1.1所示。

▲圖4.2.1.1 Determine Unit Cell展開項(xiàng)



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確定晶胞包括四個(gè)步驟(Harvest Spots、Index、BravaisRefine),如4.2.1.2所示。

▲圖4.2.1.2 確定晶胞的四個(gè)步驟



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將這四個(gè)步驟依次完成即可確定晶胞,這個(gè)過(guò)程有兩種方式:(1Automatic Mode(自動(dòng)模式)

和(2Manual Mode(手動(dòng)模式)。

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4.2.2自動(dòng)模式確定晶胞

Automatic Mode中,把Start at設(shè)置為Harvest Spots,而Stop after設(shè)置為Refine,然后點(diǎn)擊Run按鈕,如4.2.2.1所示。

▲圖4.2.2.1 自動(dòng)模式設(shè)置起止步驟



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運(yùn)行結(jié)果如4.2.2.2所示。

▲圖4.2.2.2 自動(dòng)模式確定晶胞運(yùn)行結(jié)果



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點(diǎn)擊4.2.2.2中的Close按鈕,界面回到前一頁(yè),如4.2.2.3所示。(注:由于自動(dòng)模式中選擇的起止步驟中間包括了Domains,因此在自動(dòng)模式中也執(zhí)行了Domains步驟。APEX3中此處沒(méi)有Domains選項(xiàng),因此在APEX3中執(zhí)行的是前述四個(gè)步驟。)

▲圖4.2.2.3 自動(dòng)模式確定的晶胞結(jié)果



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對(duì)于良好的單晶數(shù)據(jù),確定晶胞這一步驟可以采用自動(dòng)模式而無(wú)需進(jìn)行任何參數(shù)的更改。當(dāng)然,所有數(shù)據(jù)其實(shí)都值得嘗試一下自動(dòng)模式。

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4.2.3手動(dòng)模式確定晶胞

手動(dòng)模式下必須逐項(xiàng)進(jìn)行,在前一項(xiàng)未完成前,后面的選項(xiàng)均為不可點(diǎn)擊的灰色狀態(tài)(見(jiàn)4.2.1.2),而完成的選項(xiàng)則除了變成可點(diǎn)擊狀態(tài)之外,其選項(xiàng)前的灰色圓點(diǎn)會(huì)變成綠色(見(jiàn)4.2.2.3)。

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4.2.3.1收集衍射點(diǎn)

手動(dòng)模式下,點(diǎn)擊Harvest Spots(收集衍射點(diǎn))按鈕,APEX4界面變?yōu)槿?strong>圖4.2.3.1.1所示。

▲圖4.2.3.1.1 Harvest Spots步驟界面



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可通過(guò)衍射照片查看工具查看衍射照片,如翻頁(yè)、查看分辨率、查看單個(gè)衍射點(diǎn)情況等等。在參數(shù)設(shè)置區(qū)域可以根據(jù)需要設(shè)置各種參數(shù),例如選取收集衍射點(diǎn)的第一張衍射照片(First Image)、數(shù)據(jù)輪數(shù)(Number of Runs)、每輪數(shù)據(jù)中選取的照片數(shù)量(Images per Run)以及最小信噪比(Min. I/sigma(I))等。在Excluded Shells中可以設(shè)置將某些分辨率殼層的數(shù)據(jù)排除在外。

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通常情況下,使用默認(rèn)設(shè)置即可,點(diǎn)擊參數(shù)設(shè)置區(qū)域底部的Harvest按鈕開始收集衍射點(diǎn)。界面出現(xiàn)一個(gè)彈窗進(jìn)度條,其中顯示了收集衍射點(diǎn)的進(jìn)度,包括數(shù)量和百分比進(jìn)度以及一個(gè)Stop按鈕,如4.2.3.1.2所示。Harvesting Spots (154)括號(hào)中的154表示當(dāng)前已收集到154個(gè)衍射點(diǎn),62%表示Harvest Spots過(guò)程的進(jìn)度,如果覺(jué)得154個(gè)衍射點(diǎn)已經(jīng)足夠,可以點(diǎn)擊Stop按鈕終止Harvest Spots進(jìn)程。(注:APEX3Harvest Spots進(jìn)度對(duì)話框,但對(duì)話框中沒(méi)有衍射點(diǎn)數(shù)量和Stop按鈕。)

▲圖4.2.3.1.2 Harvest Spots進(jìn)度對(duì)話框



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Harvest Spots步驟完成后,Harvest Spots按鈕前的灰色圓點(diǎn)變?yōu)榫G色,Index選項(xiàng)則由不可點(diǎn)擊的灰色變?yōu)榭牲c(diǎn)擊的黑色狀態(tài),如4.2.3.1.3所示,Reflections一欄中顯示的Group 0: 252 reflections表示本次衍射點(diǎn)收集共收集到了252個(gè)衍射點(diǎn)。

▲圖4.2.3.1.3 Harvest Spots步驟完成后的界面



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4.2.3.2指標(biāo)化

完成衍射點(diǎn)收集后,點(diǎn)擊Index按鈕進(jìn)入指標(biāo)化設(shè)置界面,如4.2.3.2.1所示。Reflections中可以選擇使用哪些分組的衍射點(diǎn)進(jìn)行指標(biāo)化,對(duì)于一般的單晶數(shù)據(jù),此處無(wú)需修改。最小信噪比(Min. I/sigma(I))通常也不需要修改。分辨率(Resolution)按默認(rèn)設(shè)置即可。再往下是對(duì)衍射點(diǎn)的限定,默認(rèn)情況下勾選第一個(gè)選項(xiàng)。Reflection must be isolated表示用于指標(biāo)化的衍射點(diǎn)必須是孤立的(即重疊的衍射點(diǎn)不用于指標(biāo)化);Reflection must span images表示只有處于兩個(gè)相鄰衍射照片的衍射點(diǎn)將被用于指標(biāo)化;Reflection must be whole表示僅在衍射點(diǎn)收集范圍的第一張或最后一張照片上部分采集的衍射點(diǎn)不會(huì)用于指標(biāo)化。這三個(gè)選項(xiàng)中,第一項(xiàng)是默認(rèn)勾選的,后兩項(xiàng)可根據(jù)需要進(jìn)行勾選,通常勾選第二項(xiàng)會(huì)扣除較多衍射點(diǎn),一般可勾選第一項(xiàng)和第三項(xiàng),如果三項(xiàng)都勾選后還有相當(dāng)多的衍射點(diǎn)(至少100以上),則可考慮將三個(gè)選項(xiàng)均勾選。Methods中有三個(gè)計(jì)算晶胞的方法:Difference Vectors(差分向量)、Fast Fourier Transform(快速傅里葉變換)和Least Squares(最小二乘),默認(rèn)情況下勾選前兩個(gè)方法。當(dāng)前兩個(gè)方法無(wú)法計(jì)算出晶胞時(shí),可嘗試最小二乘法。

▲圖4.2.3.2.1



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作為對(duì)比,將這三個(gè)方法都勾選后,點(diǎn)擊4.2.3.2.1中底部的Index按鈕,計(jì)算結(jié)果如4.2.3.2.2所示。藍(lán)色背景的結(jié)果為程序所選結(jié)果(本例中為Difference Vectors方法的結(jié)果)。程序一般選擇Score值高的結(jié)果。

▲圖4.2.3.2.2 指標(biāo)化結(jié)果



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確認(rèn)晶胞后,點(diǎn)擊4.2.3.2.2底部的Accept按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)至晶胞精修界面,如4.2.3.2.3所示,點(diǎn)擊Refine按鈕進(jìn)行精修(點(diǎn)一次Refine按鈕精修一次),一直精修到兩個(gè)RMS值不變或幾乎不變?yōu)橹埂?/span>RMS XY [mm]表示XY平面上可觀測(cè)光斑和預(yù)測(cè)光斑位置之間偏差的均方根,RMS angle [°]表示光斑穿過(guò)愛(ài)瓦爾德衍射球時(shí)沿軌跡的偏差的均方根。

▲圖4.2.3.2.3 晶胞精修界面



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晶胞精修完成后,點(diǎn)擊4.2.3.2.3底部的Accept按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)如4.2.3.2.4所示

▲圖4.2.3.2.4 指標(biāo)化完成后的界面



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4.2.3.3確定布喇菲晶格

完成指標(biāo)化后,Index選項(xiàng)和Domains選項(xiàng)(僅APEX4)前灰色圓點(diǎn)均變?yōu)榫G色,并且Bravais選項(xiàng)由不可點(diǎn)擊的灰色狀態(tài)變?yōu)榭牲c(diǎn)擊的黑色狀態(tài),點(diǎn)擊Bravais按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)如4.2.3.3.1所示。本例中程序默認(rèn)選擇Monoclinic P,其FOMfigure of merit,診斷指標(biāo))為0.96。一般來(lái)說(shuō)選擇FOM值高的晶格,如本例中除了Monoclinic PTriclinic P以外的其它所有選項(xiàng)的FOM值均小于或等于0.03

▲圖4.2.3.3.1 布喇菲晶格確定界面



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4.2.3.4精修

完成布喇菲晶格的確定后,點(diǎn)擊4.2.3.3.1底部的Accept按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)如4.2.3.4.1所示,Bravais選項(xiàng)前灰色圓點(diǎn)變成綠色,并且Refine選項(xiàng)由不可點(diǎn)擊的灰色狀態(tài)變?yōu)榭牲c(diǎn)擊的黑色狀態(tài)。

▲圖4.2.3.4.1 布喇菲晶格確定后的界面



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點(diǎn)擊Refine按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)如4.2.3.4.2所示,點(diǎn)擊Refine按鈕進(jìn)行精修,直至兩個(gè)RMS值不變或幾乎不變?yōu)橹埂?/span>

▲圖4.2.3.4.2 晶胞精修界面



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精修完成后,點(diǎn)擊4.2.3.4.2底部的Accept按鈕,頁(yè)面跳轉(zhuǎn)如4.2.3.4.3所示

▲圖4.2.3.4.3 全部晶胞確定步驟完成后的界面



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4.3還原數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊Reduce Data(還原數(shù)據(jù))中第一個(gè)圖標(biāo)Integrate Images(積分圖像),如4.3.1所示。在Resolution Limit [?]一欄可以設(shè)置分辨率上限(數(shù)值越小,分辨率越高)。

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▲圖4.3.1 Integrate Images界面



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Refinement Options中可以進(jìn)行各種設(shè)置(4.3.2),不過(guò)一般這里采用默認(rèn)設(shè)置即可。

▲圖4.3.2 Refinement Options對(duì)話框



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Integration Options中可以進(jìn)行各種設(shè)置(4.3.3),Background Subtraction(背景扣除)可以嘗試更改方法。這里基本上也都按默認(rèn)設(shè)置即可。

▲圖4.3.3 Integration Options對(duì)話框



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點(diǎn)擊Find Runs按鈕,在彈出的Select Runs對(duì)話框中選擇要進(jìn)行積分的數(shù)據(jù)輪數(shù),如4.3.4,需要排除的數(shù)據(jù),將其前面的勾去掉即可,選好后,點(diǎn)擊Choose按鈕。

▲圖4.3.4 選擇要積分的照片



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要積分的照片列表被導(dǎo)入,確定后點(diǎn)擊界面右下角的Start Integration按鈕開始積分,如圖4.3.5所示。

▲圖4.3.5 開始積分



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▲圖4.3.6 積分過(guò)程



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積分完成后,界面中左下角有“End global unit cell refinement ========================= 08/09/2023 14:47:40”,右上角有Integration Finished以及右下角的Stop Integration灰色狀態(tài)等提示,如4.3.7所示,否則就是還在積分中。

▲圖4.3.6 積分完成



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積分完成后,在數(shù)據(jù)所在文件夾20191118c中由APEX4新建的work文件夾(見(jiàn)4.3.5Output Filename路徑)產(chǎn)生一些文件,如_ls、p4p、raw等。每輪數(shù)據(jù)未經(jīng)吸收校正的衍射文件(raw)用編號(hào)區(qū)分,如第一輪衍射照片經(jīng)積分后得到的未經(jīng)吸收校正的衍射文件為mo_20191118c_01.raw,第二輪為mo_20191118c_02.raw,以此類推。其中mo_20191118c_0m.raw為合并的raw文件(m表示merged)。如4.3.7所示。

▲圖4.3.7 積分完成后產(chǎn)生的文件



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4.4吸收校正

積分完成后,點(diǎn)擊Reduce Data中第三個(gè)圖標(biāo)Scale,界面如4.4.1所示,程序默認(rèn)選擇mo_20191118c_0m.raw作為吸收校正的起始文件。如果在進(jìn)入此界面時(shí),Input File(s)處沒(méi)有任何文件,則請(qǐng)點(diǎn)擊Input Folder最右側(cè)的文件夾按鈕,從work文件夾中選擇相應(yīng)文件。

▲圖4.4.1 Scale初始界面



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正常情況下,也可以選擇每輪數(shù)據(jù)的raw文件,點(diǎn)擊Input Folder最右側(cè)的文件夾按鈕,在彈出的Open File對(duì)話框中,找到數(shù)據(jù)所在work文件夾,選擇其中一輪數(shù)據(jù)的raw文件(如mo_20191118c_01.raw),然后點(diǎn)擊Open按鈕,如圖4.4.2所示。

▲圖4.4.2 選擇raw文件



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此時(shí)每輪數(shù)據(jù)的raw文件作為吸收校正的起始文件。如4.4.3所示。

▲圖4.4.3 每輪數(shù)據(jù)的raw文件作為吸收校正的起始文件



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選擇好raw文件后,點(diǎn)擊圖4.4.1中右下角的Start按鈕,界面跳轉(zhuǎn)如4.4.4所示。

▲圖4.4.4 Scale步驟中Refine界面



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點(diǎn)擊4.4.4中右下角Refine按鈕,彈出精修進(jìn)度條,如4.4.5所示。

▲圖4.4.5 精修進(jìn)度條



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精修完成后結(jié)果如4.4.6所示。

▲圖4.4.6 精修完成結(jié)果Parameter Refinement界面



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4.4.6中上面的曲線為Mean Weight(平均權(quán)重),平均權(quán)重應(yīng)當(dāng)增加并收斂,它給出數(shù)據(jù)質(zhì)量(data quality)或正確勞厄群(Laue group)的反饋信息,其值小于0.7是可疑的,應(yīng)當(dāng)仔細(xì)檢查數(shù)據(jù)。下面的曲線為R值(R(incid)R(diffr)),R值應(yīng)當(dāng)迅速降低并收斂至相似的值。4.4.6中右上角的各項(xiàng)參數(shù)可以進(jìn)行調(diào)整,調(diào)整參數(shù)后再次點(diǎn)擊Refine按鈕,使平均權(quán)重增大,R值降低。

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點(diǎn)擊Next按鈕進(jìn)入下一步,如4.4.7所示。紅框是主要的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(左側(cè)是柱形圖),可以看到每輪數(shù)據(jù)的各項(xiàng)參數(shù),例如Rint值(R(int)):每輪數(shù)據(jù)的衍射強(qiáng)度與基于勞厄群/點(diǎn)群的對(duì)稱獨(dú)立衍射點(diǎn)的平均強(qiáng)度相比的一致性因子。Number of Reflections:柱高表示每輪數(shù)據(jù)的總衍射點(diǎn)數(shù)量。深色部分表示衍射強(qiáng)度低于2 I/sigma(I)的衍射點(diǎn)數(shù)量。K:標(biāo)準(zhǔn)不確定度的比例因子。如有需要,可以調(diào)整4.4.7右上方的各項(xiàng)參數(shù)并點(diǎn)擊底部的Error Model進(jìn)行更正。

▲圖4.4.7 Error Model界面



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最后,點(diǎn)擊界面右下角的Finish按鈕,完成吸收校正,界面跳轉(zhuǎn)至診斷(Diagnostics)界面,如4.4.8所示。

▲圖4.4.8 Diagnostics界面



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檢查診斷圖,在診斷界面底部有關(guān)于數(shù)據(jù)的各種診斷圖,例如Scale Variations(比例變化)圖,如4.4.9所示。比例變化圖展示了單張衍射照片的ScaleR(int)的總體變化。Scale圖應(yīng)當(dāng)是平坦的(對(duì)于強(qiáng)吸收、不規(guī)則外形晶體,它應(yīng)當(dāng)為正弦曲線),R(int)圖應(yīng)當(dāng)沒(méi)有大的變化(超過(guò)2%)。

▲圖4.4.9 Scale Variations圖



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吸收校正完成后,產(chǎn)生記錄吸收校正信息的absmo_20191118c.abs)文件和吸收校正后的衍射數(shù)據(jù)文件hklmo_20191118c_0m.hkl),如4.4.10所示。

▲圖4.4.10 吸收校正后產(chǎn)生的abs和hkl文件



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mo_20191118c_0m.hkl是吸收校正后產(chǎn)生的原始衍射數(shù)據(jù)文件,該文件末尾記錄了吸收校正信息和晶胞參數(shù)信息,如4.4.11所示。

▲圖4.4.11 mo_20191118c_0m.hkl文件末尾的吸收校正和晶胞參數(shù)信息



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可直接用該文件作為結(jié)構(gòu)解析與精修的衍射文件(做好備份以便重頭再來(lái)),也可以用xprep重新生成一個(gè)衍射文件。

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根據(jù)個(gè)人習(xí)慣進(jìn)行數(shù)據(jù)整理,例如編者習(xí)慣僅保留如4.4.12所示的文件。

▲圖4.4.12 刪減后的文件



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需要提醒的是,cht文件(chart file)的名稱與步驟3.3命名新建樣品Name:”一欄輸入的內(nèi)容完全一致,而其它文件則具有標(biāo)識(shí)輻射光源的前綴mo/或其它后綴。

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五、確定空間群

點(diǎn)擊Examine Data下第二個(gè)圖標(biāo)Analyze Data,在彈出的Select Files For XPrep對(duì)話框中選擇P4P文件(mo_20191118c_0m.p4p)和HKL文件(mo_20191118c_0m.hkl),如5.1所示。

▲圖5.1 為xprep選擇輸入文件



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點(diǎn)擊OK按鈕后,彈出xprep程序界面,如5.2所示。

▲圖5.2 xprep初始界面



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本案例數(shù)據(jù)的空間群確定比較容易,按默認(rèn)選項(xiàng)一路回車,空間群確定為P21/c,如5.3所示。

▲圖5.3 空間群的確定



在步驟4.1描述樣品中已輸入Formula,因此到了輸入元素這一步時(shí),已有元素(由于前面輸入的分子式包含原子數(shù)量,因此這里也有原子數(shù)量),如5.4所示。如需進(jìn)行修改,則輸入F并回車,然后輸入新的元素(及其數(shù)量)即可。

▲圖5.4元素的輸入



因?yàn)樵趯懻撐牡臅r(shí)候,將該化合物命名為S1,所以在到了Output file name這一步時(shí)輸入S1,如5.5所示。

▲圖5.5 命名文件名(數(shù)據(jù)名)



最終生成了三個(gè)新的文件(S1.hkl、S1.insS1.pcf),如5.6所示。

▲圖5.6 xprep生成的三個(gè)新的文件


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最后,使用S1.hklS1.ins文件進(jìn)行結(jié)構(gòu)解析和精修即可。本次數(shù)據(jù)處理后,結(jié)構(gòu)解析與精修的結(jié)果如5.7所示。

▲圖5.7 結(jié)構(gòu)解析與精修結(jié)果



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在步驟4.1描述樣品中填寫的晶體顏色描述的clearlight倆個(gè)形容詞沒(méi)有讀取進(jìn)來(lái),只有colorless被讀取進(jìn)來(lái)了,晶體尺寸和形狀描述也都有讀取進(jìn)來(lái),如5.7所示。實(shí)際上在數(shù)據(jù)處理過(guò)程中如果想偷懶的話,可以省略步驟4.1描述樣品,而在最終結(jié)構(gòu)精修的時(shí)候再填寫。

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布魯克單晶數(shù)據(jù)還原操作步驟的評(píng)論 (共 條)

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