吳鞠通《溫病條辨》確立了“治上焦如羽，非輕不舉”，“治中焦如衡，非平不安”，“治下焦如權(quán)，非重不沉”的三焦溫病治療原則，正式形成三焦辨證的辨證綱領(lǐng)，為溫病的辨證論治及處方選藥提供了理論依據(jù)和臨床范例。 亦有醫(yī)家融合各家辨證方法，如俞根初《通俗傷寒論》所述“以六經(jīng)鈐百病，為確定之總訣”，“以三焦賅疫證，為變通之捷訣"的觀點(diǎn)，熔六經(jīng)、衛(wèi)氣營(yíng)血、三焦臟腑辨證于一爐，主張“寒溫統(tǒng)一” 論治疫病。 王孟英《溫?zé)峤?jīng)緯》所載“傷而即病者為傷寒，不即病者為溫?zé)帷?，指出溫病新感、伏氣并存，在認(rèn)識(shí)上不可偏廢；而對(duì)伏氣溫病的臨床特點(diǎn)及其治法，王氏也有許多精辟論述。 在《溫疫論》的影響下，溫疫學(xué)說得以深入發(fā)展。戴天章《廣瘟疫論》卷四確立治療溫疫“汗、下、清、和、補(bǔ)”五大治法。再如余霖《疫疹一得》中強(qiáng)調(diào)溫疫以清為主，治宜清熱解毒、涼血滋陰為法，創(chuàng)制清瘟敗毒飲治疫病，為溫疫病的治療開拓了新境地。 此外，劉奎《松峰說疫》記載“凡瘟疫之流行，皆有穢惡之氣……試觀人瘟疫之鄉(xiāng)，是處動(dòng)有青蠅”，認(rèn)為蒼蠅是傳播疫病的重要媒介，首次創(chuàng)立“瘟疫統(tǒng)治八法”，總結(jié)中國(guó)古代預(yù)防溫疫之法，撰為“避瘟方”，并提到許多具體防疫措施。 晚清楊栗山《傷寒溫疫條辨》明確指出，空氣和水是導(dǎo)致溫疫流行的重要環(huán)節(jié)，創(chuàng)立以中焦病變?yōu)橹行?、以疫熱怫郁為病機(jī)關(guān)鍵、以中焦傳上下表里為傳變形式的理論體系，治療上以“逐穢”為第一要義，貫穿著宣、清、通三大治則，自創(chuàng)以升降散為總方的方劑治療疫病。 綜上所述，中醫(yī)學(xué)中的疫病學(xué)說與溫病學(xué)說是經(jīng)過歷代無數(shù)醫(yī)家與疫病、溫病進(jìn)行頑強(qiáng)而艱苦的抗?fàn)幉胖饾u形成的。由于這些著作論述的病種較局限，難以形成完整的理論體系，但為溫病學(xué)說的形成發(fā)展、深化奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)，為后世瘟疫的治療提供了臨床借鑒。