????沒錯，這是真的，沉積十年之后，多樣性研究中最經典的16S數(shù)據(jù)庫——Greengenes數(shù)據(jù)庫，竟！然！更！新！了！驚不驚喜！意不意外！??

????遙想當年小編還是一個小白研究生的時候，被師兄帶入門接觸到多樣性研究，Greengenes數(shù)據(jù)庫還是當時最火最核心的數(shù)據(jù)庫，結果后繼無力，被后浪拍在了沙灘上……時隔十年，本次更新的Greengenes2 2022.10版本數(shù)據(jù)庫提供了Qiime2兼容插件以及分析流程，最重要的是它還將繼續(xù)更新，快用起來呀！

????微生物多樣性16s rRNA物種注釋常見的數(shù)據(jù)庫有Silva數(shù)據(jù)庫、RDP數(shù)據(jù)庫以及Greengenes數(shù)據(jù)庫。其中，Silva數(shù)據(jù)庫因其擁有高質量的序列數(shù)據(jù)、廣泛的物種覆蓋范圍、更新頻率快等優(yōu)勢，近些年來被科研人員廣泛使用。但是，由于缺乏標準化的分類系統(tǒng)，注釋結果中經常會出現(xiàn)注釋錯誤或注釋信息不準確的現(xiàn)象，使得結果的比較和解釋具有一定的困難性。

????而在這點上，Greengenes數(shù)據(jù)庫使用了一套標準化的分類系統(tǒng)，可以使得不同研究之間的微生物分類結果更加一致和可比較，使不同研究之間的微生物分類結果更加可靠和可重復。但是由于其更新頻率太低，更新持續(xù)停留在2013年5月更新的gg_13_5版本，讓無數(shù)科研人員愛而不得，望眼欲穿！

????但是，今年它終于更新了?。?！數(shù)據(jù)庫全新升級，稱之為Greengenes2，并且相關介紹已見刊于《nature biotechnology》。

????全新升級之后的Greengenes2數(shù)據(jù)庫，依然保留了GTDB的分類系統(tǒng)，包括其多系標簽。宏基因組學和16S rRNA擴增子廣泛用于微生物組研究，但兩種方法之間缺乏標準化結果難以調和，限制了微生物組對可重復生物標志物發(fā)現(xiàn)的效用。本次更新后的Greengenes2數(shù)據(jù)庫允許直接整合16S rRNA和宏基因組數(shù)據(jù)集，將其統(tǒng)一在一個參考樹中，分析結果表明，由相同樣本生成的16S rRNA和宏基因組數(shù)據(jù)在主坐標空間、分類學和表型效應大小方面一致。

????Greengenes2的系統(tǒng)發(fā)育覆蓋率遠大于過去的資源（圖1b），如SILVA、Greengenes和GTDB。過去在比對16s和宏基因組數(shù)據(jù)集上進行的努力仍然導致分布不重疊，只有像Procrustes分析這樣的技術才能顯示結果之間的關系，而Greengenes2樹和UniFrac（一種系統(tǒng)發(fā)育的方法）一起使用提供了更好的一致性（圖1f）。

????此外，對于16S rRNA基因V4區(qū)域的研究，可以直接從系統(tǒng)發(fā)育中獲得分類結果，無需使用樸素貝葉斯方法，并且可能產生更高的分辨率結果。同時，相較于Silva數(shù)據(jù)庫，Greengenes2在屬水平（Pearson r = 0.85）和物種水平上（Pearson r?=?0.65）提供了良好的一致性（圖2）。

????綜上所述，時隔多年，重新回歸的Greengenes2更加全面，使用一致的、綜合的分類資源顯著提高了使用不同數(shù)據(jù)類型的微生物組研究的可重復性，并允許在不同人群中可靠地確定影響微生物組變化的變量，這將會更加滿足科研人員的需求。

參考文獻

[1] Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree. nature biotechnology, 2023.